Новый Успенский собор вскоре превратился в место проведения самых важных в стране событий: венчания на престол, бракосочетания великокняжеских особ, расширенных заседаний Боярской думы.
Переделки требовал и придворный Благовещенский собор, возведенный некогда Василием I. Для его реконструкции пригласили псковских мастеров, чьи творения очень понравились Софье во время поездки из Рима в Москву. Они не стали кардинально менять прежний храм, а лишь расширили его площадь за счет пристроек и открытой галереи. Кроме того, увеличили его в высоту. В итоге внутри даже сохранились древние хоры и алтарное помещение. Крытые переходы соединили собор с великокняжеским дворцом. В высоком каменном подклете появилось помещение для казны. Вся работа продолжалась пять лет.
Софья Фоминична посоветовала мужу соорудить специальное здание с глубокими подвалами для великокняжеского имущества, ведь, как уже говорилось, во время частых пожаров деревянные постройки сгорали дотла. Его возвели между Благовещенским и Архангельским соборами и стали называть Казенным двором. В глубоких белокаменных погребах можно было вполне надежно хранить любые ценности.
Вскоре в Москву по приглашению великого князя и «грекини» хлынули из Европы самые различные специалисты: архитекторы, строители, живописцы, ювелиры, оружейники, мастера монетного дела и лекари. Всем находилась работа в заново отстраиваемой столице. Но Софье Фоминичне этого было мало. По ее просьбе в Италию и Римскую империю одно за другим отправлялись посольства для вербовки тех, кто желал бы служить при московском дворе. Призыв нашел отклик не только у мастеров, но и у греческой знати, которая осталась не у дел после захвата Константинополя турками.
Первыми осели на русской почве родственники Палеологов — греческие князья Траханиоты, братья Юрий и Дмитрий Мануйловичи. Они приехали вместе с Софьей и сначала входили в ее окружение. Потом Юрий, получивший прозвище Старый, стал видным дипломатом и неоднократно отправлялся с посольствами к германскому императору и принимал ответные миссии. Дмитрий остался боярином в свите великой княгини. Его сын Юрий, получивший прозвище Малый, служил постельничим у старшего сына Софьи Фоминичны, Василия. После его вокняжения Траханиоты заняли при дворе ведущее место и стали главными советчиками государя.
Около великой княгини обосновались и другие греки: Ласкиревы, Ангеловы, Ховрины, Головины. Видный дипломат Федор Дмитриевич Ласкирев не раз ездил в Италию с различными поручениями. Мануил Ангелов занял должность печатника и секретаря. Ховрины, потомки выехавших из Сурожа (Судака) купцов, стали членами двора бывшей византийской царевны. Владимир и Иван Головины руководили постройкой Успенского собора, отвечая за финансовую сторону. Позднее они, как и их потомки, получили должности казначеев.
Новая греческая знать существенно потеснила московских бояр, вызвав у последних глухое недовольство и обвинения во всем «грекини».
Вскоре по желанию Софьи Фоминичны началась коренная перестройка великокняжеского дворца. Центральной его частью становится Грановитая палата — каменное здание, отделанное снаружи граненым камнем и имевшее внутри лишь одно огромное помещение. Его величественные своды поддерживал единственный столп в центре. Подняться в палату можно было по красивой парадной лестнице, названной Красным крыльцом.
Четыре года возводили Грановитую палату итальянские зодчие Марко Руффо и Пьетро Антонио Со-лари. Она была готова в 1491 году и произвела на современников огромное впечатление. С той поры именно в этом помещении стали проходить встречи иностранных послов, всевозможные парадные приемы и пиры.
На месте златоверхого терема Евдокии Дмитриевны, изрядно пострадавшего после многочисленных пожаров, соорудили новые пока деревянные палаты для Софьи Фоминичны. Затем весь старый деревянный дворец был разобран, а великий князь с семьей переехал на новый двор Патрикеевых. Все надеялись, что в скором времени удастся справить новоселье в великолепных белокаменных покоях, однако из-за опустошительного пожара Софье Фоминичне так и не удалось пожить в задуманном ею дворце. Он был завершен уже при правлении ее сына Василия.