В 1872 году Мусоргский представил на суд дирекции переработанную версию «Бориса Годунова». Композитор ввел в свое сочинение в качестве главной женской роли образ знатной полячки Марины и добавил сцену народного восстания в лесу, которой не было у Пушкина. Но репертуарный комитет опять отклонил оперу. Однако к тому времени новое произведение завоевало многих сторонников. Три сцены из него были с успехом поставлены в Мариинском театре в 1873 году. В годы, прошедшие между созданием первой и второй редакций, Мусоргский приступил к работе над другими сочинениями, в том числе и над своей второй оперой «Хованщина» на сюжет из истории Московии семнадцатого столетия.
Мусоргскому исполнилось тридцать три года. Его противоречивая натура то восхищала, то отталкивала людей. Жена Римского-Корсакова считала, что его лицо не было очень выразительным, но отражало скрытую в нем тайну. Манеры Мусоргского подчас были элегантными, а пение — восхитительным; он был великолепным пианистом. Композитор мог исполнять партию Ивана Грозного или Бориса Годунова с глубоким драматическим чувством. Он не выносил рутину и банальность в любом их проявлении. Может показаться странным, но несмотря на любовь к крестьянской жизни, он «ненавидел обыкновенные простые слова». Мусоргский часто искажал имена людей. Его письма бывали остроумными и шутливыми, но иногда проявления гениальности сочетались в нем с некоторой наигранностью. Работа композитора постоянно прерывалась тяжелыми приступами мрачной тоски и глубокими запоями.
В такие моменты друзьям не удавалось сдерживать Мусоргского. Один из них, художник Илья Репин, с грустью писал: «В самом деле невероятно, что этот превосходно воспитанный гвардейский офицер с прекрасными светскими манерами, остроумный собеседник в дамском обществе, неисчерпаемый каламбурист… опускается на самое дно». Стасов неоднократно отправлялся на поиски композитора в кабаки, где Мусоргский проводил ночи, пьянствуя с грубыми собутыльниками, и находил его в потрепанной одежде, обрюзгшим от пьянства. Безуспешно Стасов пытался уговорить его поехать в Германию и встретиться с Листом. Мусоргский отказывался покидать Санкт-Петербург.
Наконец, как говорили, по настоянию ведущей солистки, имевшей право выбрать новую оперу и угрожавшей отставкой в случае, если «Борис Годунов» будет отклонен, 27 января 1874 года состоялось первое представление оперы — в костюмах и с декорациями, взятыми из оригинальной драматической постановки Пушкина. Мусоргский сам провел несколько репетиций. Несмотря на язвительные замечания профессоров Консерватории и критиков, которые не могли простить ему отсутствие музыкального образования, спектакль имел необыкновенный успех. Однако опера была настолько новаторской, что последующие события развивались неблагоприятно. Сначала в спектакле сделали купюры, затем его стали показывать на сцене все реже и реже, и после всего лишь пятнадцати постановок опера «Борис Годунов» совершенно исчезла из репертуара. После первого успеха автор стал высокомерным и слишком требовательным, а когда оперу перестали исполнять, он почувствовал себя раздавленным.
Неудача, постигшая композитора с оперой «Борис Годунов», привела к полному разрушению личности Мусоргского. Он пил ночи напролет, и его запои становились все более частыми. Стасов писал: «Мусоргский изменился полностью… его лицо опухло и потемнело, глаза стали тусклыми, и он проводит вечера в петербургском ресторане с проклятой компанией пьяниц». В эти последние, нелегкие для него годы композитор сопровождал в качестве аккомпаниатора известную певицу Д. М. Леонову, обладавшую красивым контральто, во время ее гастролей, и усиленно пытался продолжать работу над «Хованщиной». В 1880 году у него началась белая горячка. Друзья поместили его в Сухопутный госпиталь, где после нескольких недель лечения композитору, казалось, стало лучше. Близкие пытались поднять его настроение: они приносили ему книги и газеты, а Кюи оставил ему свой любимый халат. Когда Мусоргского пришел навестить Илья Репин, он сделал грустный портрет, беспристрастно отражавший падение композитора; тот изображен с безумным взглядом, нечесаными волосами и всклокоченной бородой, с лицом, отекшим от пьянства. В последние недели жизни Мусоргский разговаривал иногда связно, а иногда бредил. Однажды раздался крик, и он упал. Модест Мусоргский умер утром 16 марта 1881 года, через неделю после того, как ему исполнилось сорок два. Его последними словами были: «Все кончено! Ах, я несчастный!»