При перечислении своих титулов Маргарита не называет себя графиней д'Арманьяк, поскольку её будущий муж тоже претендовал на эти земли, но в следующей статье контракта она передаёт ему свои права на графства Родд, де Фезенсак, де Пердрейк и де л'Иль, а также на виконтства Ломень, Овийяр, Жизмуа, и Авен. Принцесса также отказывается от доходов графства Перш и баронств Шатонеф и Сенонш, пожизненно предоставленных ей матерью в качестве свадебного подарка, от своего контроля над доходами герцогства Алансонского, и от своего наследства в размере 10 000 турских ливров, которыми она пользовалась как вдова герцога Алансонского. Маргарита дарит королю Наварры свою золотую и серебряную посуду на сумму в 45 000 ливров, доставшуюся ей от сестёр и сонаследниц герцога Алансонского, и оставляет за собой единоличный контроль над доходами и управлением «герцогства Беррийского, города и графства Бурж, а также владений Иссуден, Меан-сюр-Эвр, Дун-Леруа, Вьерзон с их поместьями и землями, их податями и доходами, которые король с момента своего радостного вступления на престол даровал своей сестре своей королевской властью». Король Наварры, со своей стороны, выделяет ей вдовью долю в размере 20 000 ливров от поместий в Беарне, и «обещает, кроме того, подарить мадам Маргарите богатые кольца и драгоценности сверх того, чем она владеет сейчас, на сумму в 10 000 экю». В случае кончины супруга принцесса должна была оставаться единственной воспитательницей и опекуном всех их детей, которых она могла бы ему родить, и регентшей королевства, княжеств, земель и сеньорий Наварры и Беарна до совершеннолетия своего старшего сына или дочери. Брачный контракт был засвидетельствован Жаном де Бриноном, канцлером герцогства Алансонского и Беррийского, сеньором де Форсом, верховным бейлифом Берри, и сеньорами Валлемером, Лестангом и Шастовье, должностными лицами, назначенными самой Маргаритой. В документе, подписанном, кроме короля, герцогиней Ангулемской и её секретарём Даррехери, также говорится, что герцогине Алансонской, как королевской сестре, присваивается титул «de France» (дочери Франции).
Церемония бракосочетания Маргариты и Генриха д’Альбре состоялась 24 января 1527 года в Сен-Жерменен-Лейе, в той самой часовне, где когда-то Франциск венчался с принцессой Клод. Из-за пленения юных принцев и «бесчестного» нарушения Мадридского договора, это событие не было отмечено какими-либо чрезвычайными торжествами. Правда, Франциск устроил грандиозный пир и великолепный турнир, который продолжался около восьми дней, после чего гости разъехались.
Тем не менее, второй брак Маргариты был воспет в прозе и стихах поэтами и учёными людьми Европы. Жан Дора, наставник королевских пажей, сочинил латинскую аллегорическую поэму, в которой рассказывает о том, как в раковине, поддерживавшей лучезарную фигуру Венеры, поднявшейся из недр волн, образовалась чистая и прекрасная жемчужина. Это была случайная капля благоухающей небесной росы, из которой выросла богиня. Однажды во время беременности Луиза Савойская, поедая устрицы, случайно проглотила этот бесценный драгоценный камень, и, таким образом, дочь, которую она родила несколько дней спустя, унаследовала божественную природу богини Венеры и была названа Маргаритой («Жемчужиной»).
Иоахим дю Белле, племянник знаменитого кардинала дю Белле, задаёт в своём сочинении вопрос: чем отныне должны вдохновляться музы, если сама Добродетель собирается замуж? А поэт Клеман Маро исчерпал все ресурсы своего поэтического воображения, восхваляя свою покровительницу и выражая свой восторг по поводу её брака.
Судьба два раза предоставляла Маргарите случай стать во главе могущественных государств, когда она могла бы серьёзно и глубоко влияла на все европейские события. Но ей не суждено было стать ни германской императрицей, ни английской королевой. Её союз с Генрихом д’Альбре принято называть «браком по любви», так как зачем иначе принцессе понадобилось выходить замуж за короля незначительного государства, большую часть которого оккупировали испанцы?
Тем не менее, А. М. Петрункевич, автор книги «Маргарита Ангулемская и её время», утверждает:
— …нельзя сказать, чтобы этот брак был создан только личными отношениями Маргариты и Генриха. Несомненно, что он имел за собой серьёзные политические соображения, поскольку для Франции было далеко не безразлично, кого изберёт себе в супруги молодой король Наваррский.
Несмотря на то, что королевство Генриха д’Альбре было небогато, его географическое положение придавало ему особое значение, сделав яблоком раздора между Францией и Испанией.
После замужества Маргариты город Нерак с замком, где находился наваррский королевский двор, постепенно превратился в центр литературы, науки и искусства Западной Европы.