Из-за разгрома Петербургского партийного комитета РСДРП и его военной организации Е.Н. Шорникова была вынуждена перейти на нелегальное положение. Однопартийцы снабдили её паспортом на другое имя и посоветовали уехать за границу. Но денег на поездку не дали. О сложившейся ситуации она сообщила подполковнику Еленскому и попросила денег для выезда за пределы Российской империи, поскольку она была объявлена в розыск как беглая социал-демократка. Куратор денег ей тоже не дал. Тогда она решила обратиться к генералу Герасимову. Это намерение, видимо, насторожило жандарма. «После этого подполковник Еленский, — вспоминала она на встрече с генералом Джунковским, — дал мне 35 рублей и сказал, чтобы я уезжала куда угодно. Не имея денег ни от организации, ни от охранного отделения, я должна была выехать на родину»[381]
. Так она оказалась на своей малой родине в Казани.Полиция в соответствии с запросом следственных органов, разосланном в начале августа 1907 года, сразу же приступила к её розыску на всей территории Российской империи. Правоохранительные органы настойчиво искали члена петербургской организации РСДРП Е.Н. Шорникову, имевшую партийный псевдоним «Ирина». В разыскных документах были изложены её приметы, привычки и возможные прежние связи.
В Казани ей удалось устроиться в местную общину Красного Креста, где она и была вскоре обнаружена казанскими жандармами. Поняв всю сложность ситуации, Екатерина Николаевна сама явилась 21 сентября 1907 года в Казанское ГЖУ и заявила о том, что она является секретным сотрудником столичного охранного отделения. При этом Шорникова, рассказав о том, что она устроилась в общине Красного Креста, попросила дать о ней благоприятный отзыв на случай запроса из общины относительно её политической благонадёжности.
Главный жандармский начальник из Казани полковник К.И. Калинин телеграммой сообщил об этом начальнику Петербургского охранного отделения генерал-майору А.В. Герасимову. После обсуждения возникшей ситуации на уровне руководства Департамента полиции были приняты решения, которые, как покажет время, оказались недостаточными и носили промежуточный характер, поскольку сама проблема с секретным сотрудником Е.Н. Шорниковой сохранилась. При этом достоверность сведений, полученных от агента «Казанской», и саму личность Екатерина Николаевны генерал Герасимов подтвердил, заверив коллегу в её политической благонадёжности, и указал, что ей следует выдать соответствующее свидетельство. При этом полковник Калинин, после общения со столичным коллегой, сообщил Шорниковой, что ему поручено организовать её охрану.
В казанской общине Красного Креста Шорникова могла, при поддержке Департамента полиции и местного охранного отделения, состоять в качестве сестры милосердия в период с августа 1907 до начала марта 1908 года. Полицейское ведомство за неё вносило даже некий денежный залог, закрепляя её пребывание в общине Красного Креста.
Понимая, что ей по-прежнему угрожает опасность и со стороны социал-демократов, и со стороны следственных органов империи, в поиске выхода из сложившейся ситуации Шорникова в начале марта 1908 года оказалась в столице. В Департаменте полиции её принял чиновник Пешков. Выслушал, посочувствовал, но денег не дал. После этого её вызвал к себе подполковник Еленский. Он ей сообщил, что её могут арестовать в С.-Петербурге и что денег она не получит. Она попыталась вновь обратиться к чиновнику Пешкову, но тот вновь отказал ей в деньгах. Ничего не добившись от своего прежнего начальства, она вернулась в Казань. Кстати, она никогда и ничего не сообщала о том, где были в то время её родители. Неизвестно также, где проживал её муж.
Владея навыками конспирации, она пыталась направить погоню по ложному пути. С этой целью она отправилась в Самару к заведующему Поволжским районным охранным отделением полковнику А.П. Критскому. Попросила у него новый паспорт на другую фамилию, но он ей отказал. Хотя, с её слов, отнёсся к ней хорошо.
Затем секретный агент Шорникова решила поискать для себя новые возможности в других городах. «Я поехала в Уфу, — рассказывала она позже, — где меня устроил на должность ротмистр Остромысленский»[382]
. При этом она не сообщила, о какой должности шла речь. Скорее всего, именно в это время среди уфимских социал-демократов появилась новая партийная работница, а в местном охранном отделении начала работать секретный агент под псевдонимом «Эртель». Во всяком случае, бывший директор Департамента полиции С.П. Белецкий сообщил об этом на допросе в мае 1917 года[383]. Однако спустя некоторое время она решила, что в Уфе, в которой сложилось «целое гнездо революции», её дальнейшее пребывание становится опасным.