По вступлении на кафедру митрополит Ермоген призывал новокрещеных инородцев в соборную церковь и поучал их, наставляя в жизни христианской. Но миссионерская деятельность архипастыря встречала настолько холодное и слепое равнодушие в казанских воеводах, что святитель вынужден был писать царю и патриарху об упадке миссии и слабости новокрещенцев в вере Православной. Многие из новокрещеных татар и других инородцев, только видимым образом приняв христианство, в душе оставались магометанами. Живя среди татар, чувашей, черемис и вотяков, новообращенные вели прежний, не свойственный христианам образ жизни: они не ходили в храм Божий, не носили на себе крестов, не держали в домах честных икон, не призывали к себе священников в дом, отцов духовных не имели, детей не крестили, венчались по-татарски, даже и после венчания в церкви кроме жен держали наложниц, постов не соблюдали, «да и многие другие обычаи сохраняли бесстыдно и в христианстве не навыкали». Наблюдая неверие новообращенных, татары не только не крестились, но прямо ругались над христианством; мало этого, многие и из русских, живя у зажиточных магометан, отпадали от Православия; другие, служившие у переселенных после Ливонской войны в Казанскую область немцев, добровольно или за деньги принимали то католичество, то протестантство, оставляя веру отцов своих. Причину таких печальных явлений святитель Ермоген видел, кроме соседственного общения новых христиан с неверными, в отсутствии нужного числа храмов, тогда как мечети ставились татарами даже вблизи Казанского посада — «всего как из лука стрельнуть», — чего не было прежде. В ответ на это донесение святителя Ермогена получена царская грамота (от 18 июля 1593 года) на имя казанских властей о выселении новокрещеных в новую слободу в Казани с наделением их землей из ближайших к Казани дворцовых земель, с запрещением строить мечети и с приказанием уничтожить построенные «по оплошке» светской власти. На будущее время татарам и немцам запрещено было держать у себя в услужении русских людей.
В тех же целях укрепления начал Православия в сознании пасомых и духовного объединения митрополии с коренными русскими областями святитель Ермоген извлекает из забвения память о мучениках, борцах и тружениках за веру православную и землю Русскую в Казанском крае.
9 января 1592 года святой Ермоген писал патриарху Иову, что в Казани доселе не совершается особого поминовения православных воевод и воинов, умерших на поле брани под Казанью и в пределах Казанских, «на костях которых встала христианская и русская Казань». Митрополит просил установить для их поминовения определенный день, чтобы по всей Казанской митрополии петь по них панихиды и служить обедни. Вместе с тем святой Ермоген писал патриарху о забытых тех мучениках, приявших в Казани смерть за исповедание имени Христова. Святитель собирал о них сведения путем чтения записей, существовавших до него в Казани, и путем опроса достоверных лиц; из этих мучеников один — Иоанн — был русский, из Нижнего Новгорода, взятый в плен татарами, а двое — Стефан и Петр — из новообращенных татар. Святитель Ермоген скорбел, что эти мученики не вписаны в синодик, который читается в неделю Православия, и им не поется вечная память. Вскоре от патриарха Иова получена была святым Ермогеном ответная грамота. В ней патриарх благословлял по всем православным воинам, убитым под Казанью и в ее пределах, совершать панихиду по всей Казанской митрополии в первый субботний день после Покрова Пресвятой Богородицы и вписать их в большой синодик, читаемый в неделю Православия; в этот синодик патриарх приказал вписать и имена трех Казанских мучеников; день же поминовения их патриарх предоставил назначить самому митрополиту Ермогену. Объявляя патриарший указ по епархии, святитель Ермоген от себя лично предписал, чтобы литургии и панихиды по Казанским мученикам по всем церквям совершались 24 января — в день мученической кончины Иоанна.