В 1592 году митрополит Ермоген принимает деятельное участие в прославлении памяти своего учителя и просветителя Казани архиепископа Казанского Германа, который был силою взят (в 1566 г.) на московский митрополичий престол, потом навлек на себя несправедливый гнев Иоанна Васильевича Грозного и по его приказанию изгнан из митрополичьих палат: святой Герман скончался в Москве 6 ноября 1567 года во время моровой язвы и «погребен в чину святительском» у храма святого Николая Мокрого. Жители города Свияжска, в котором святой Герман подвизался до возведения в святительский сан и основал славный миссионерской деятельностью Успенский Богородичный монастырь, просили царя Феодора Иоанновича и патриарха Иова дозволить им перенести мощи архипастыря в свой город. Это ходатайство перед властями усиленно поддерживал святой Ермоген. Разрешение было дано, и по благословению патриарха митрополит Ермоген встречал мощи святого Германа в Свияжске, видел и осязал их, а затем «честно» предал погребению в Успенском монастыре. В 1595 году, во время перестройки Казанского Спасо-Преображенского монастыря, при копании рвов для закладки нового каменного храма обнаружены были гробы святителей Казанских: Гурия, первого архиепископа Казани, и Варсонофия. Придя со всем освященным собором, митрополит Ермоген открыл сначала гроб святого Гурия, а потом — святого Варсонофия: тела угодников Божиих оказались нетленными. Святитель Ермоген переложил мощи в ковчеги и поставил над землей для поклонения. При обретении мощей святых Гурия и Варсонофия митрополитом Ермогеном обретены были и потом снова преданы земле останки учеников святого Гурия иноков Ионы и Нектария, в миру бояр из фамилии Застолбских. По приказанию царя и благословению патриарха митрополитом Ермогеном было составлено житие Гурия и Варсонофия, Казанских чудотворцев. Вероятно, тогда же святым Ермогеном составлена и служба на обретение мощей.
Останавливая для назидания внимание паствы на славных лицах и событиях из недавнего прошлого в церковной жизни Казанского края, митрополит Ермоген усиленно строил храмы. Этим удовлетворял он острую нужду в храмах, которых было очень мало в недавно завоеванном крае, и сверх того стремился показать пасомым наглядным, осязательным образом силу и величие Православия.
Находясь в Москве для поставления в чин митрополита, святой Ермоген лично ходатайствовал перед благочестивым царем Феодором Иоанновичем о том, чтобы на месте явления Казанской иконы Божией Матери устроить каменный храм, а честную икону достойно украсить. Горя духом теплой веры, царь пошел навстречу ходатайству. По его повелению в 1594 году, 14 апреля, был заложен «предивный каменный храм» в честь Пресвятой Богородицы, с двумя приделами — Успения Богоматери и святого Александра Невского. Храм был освящен 27 октября следующего (1595) года. Царь снабдил новый храм Казанской обители всем необходимым: книгами, ризами, местными иконами; среди последних выделялся образ «Деисус», обложенный серебром. Самая же явленная икона Владычицы была богато украшена из царских сокровищ золотом, драгоценными камнями и крупным жемчугом. Из царской же казны выданы были деньги, хлеб и «все потребное» для шестидесяти инокинь-стариц обители. При содействии святителя Ермогена, по приказанию царя и благословению патриарха был воздвигнут величественный каменный храм в честь Преображения Господня в Спасо-Преображенском монастыре. В 1601 году митрополит Ермоген из архиерейских земель уступил городу Казани для расширения посада Забулачную слободу; находившихся в ней митрополичьих людей он переселил в деревню Кульмаметеву, преобразовав последнюю в село Архангельское. Святитель построил здесь храм во имя Архистратига Михаила; причем как самый храм, так и вся его утварь и все церковное строение, между прочим келлии для нищих, были созданы на средства митрополичьей казны. Святителем же Ермогеном был выстроен на окраине города, в Ягодной слободе, храм во имя святого Димитрия Солунского. Главный храм Казани в честь Благовещения Пресвятой Богородицы при митрополите Ермогене обогатился иконами «Деисуса», праздников и пророков; иконы эти были обложены серебром в «басму». Ко времени управления святителя Ермогена Казанской митрополией относят основание в Казани мужского (ныне женского) Феодоровского монастыря.