Отзывы современников говорят о патриархе Ермогене как о человеке выдающегося ума и начитанности: «государь велика разума и смысла и мудра ума», «чуден зело и многого рассуждения», «зело премудростию украшен и в книжном учении изящен», «о Божественных словесех присно упражняется и вся книги Ветхаго Завета и Новыя благодати, и уставы церковные и правила законные до конца извыче». Действительно, святитель Ермоген занимался в монастырских библиотеках и, между прочим, в богатейшей библиотеке Московского Чудова монастыря, записывал сам или приказывал записывать замечательные события и интересовавшие его устные предания. Помянутые уже творения святителя Ермогена, относящиеся к церковной жизни Казанского края, легли в основу летописных записей христианской Казани, положили начало ее письменной истории: Можно думать, что святой Ермоген и сам составлял летописи. В сочинениях святого Ермогена и его архипастырских грамотах встречаем ссылки на Священное Писание и примеры, взятые вообще из истории, что свидетельствует о начитанности святителя в тогдашней церковной письменности, обращавшейся на Руси. С этой начитанностью патриарх Ермоген соединял и выдающиеся способности проповедника и учителя. Даже люди, неблагоприятно настроенные к патриарху, признают, что он «бысть словесен муж и хитроречив». К сожалению, проповедническим способностям патриарха не соответствовал его голос, несколько глухой и недостаточно сильный. Отзывы тех же современников столь же привлекательными чертами обрисовывают и нравственный облик патриарха Ермогена, как «мужа благочестиваго», «известнаго чистаго жития», «истиннаго пастыря стада Христова», «неложнаго стоятеля по вере христианской», «разумнаго и твердаго адаманта», «человеколюбиваго отца», «кроткаго Учителя-Христа кроткаго ученика».
Посвящение митрополита Казанского Ермогена в сан патриарха совершено было к Успенском соборе 3 июля 1603 года. Первенствовал при поставлении патриарха старейший среди русских иерархов Новгородский митрополит Исидор. Вместе с царем Василием он сидел на особо уготованном месте среди собора, когда святитель Ермоген читал перед ними «его рукою написанное исповедание православныя веры». В положенное время митрополит Исидор вручил патриарху посох святителя Петра, а царь подарил ему панагию, осыпанную драгоценными камнями, белый клобук и жезл. После Литургии у царя был стол. Среди стола был перерыв, во время которого новопоставленный патриарх с воздвизальным крестом в руках совершил шествие на осляти «вокруг старого города». Во время этого шествия патриарх сошел на заранее уготованном месте с осляти, прочел молитву о благоденствии города, царя и царства, осенив затем честным крестом и покропив святой водой на все четыре стороны Руси Православной.
О чисто церковной деятельности святого Ермогена в сане патриарха сохранилось очень мало известий.
При нем начаты изданием и были отпечатаны Евангелие, «Месячныя Минеи» за сентябрь (1607 г.), октябрь (1609 г.), ноябрь (1610 г.) и первые двадцать дней декабря, напечатан «Большой церковный устав» (1610 г.). При этом святой Ермоген не ограничивался только тем, что благословлял печатать книги, но и «свидетельствовал печатные переводы», то есть наблюдал за исправностью их текста. По указанию святителя Ермогена переведена с греческого на русский язык полная служба апостолу Андрею Первозванному и восстановлено торжественное празднование его памяти в Успенском соборе. По ходатайству патриарха царь Василий сделал новую «штанбу» для печатания богослужебных книг и новый «превеликий дом» для типографии, но все это сгорело во время страшного пожара 1611 года, когда Москва была подожжена поляками. Теми же заботами о соблюдении богослужебного чина вызвано и «Послание наказательно» патриарха Ермогена «ко всем людям, паче же к священникам и диаконам о исправлении церковного пения». Послание обличает священников в неуставном совершении церковных служб, в так называемом многогласии, а мирян — в попустительстве неисправностям духовенства и даже поощрении такого невнимательного, неблагоговейного отношения к богослужению в храме. И в сане первосвятителя в Церкви Русской патриарх Ермоген не оставлял трудов литературных; он написал «Краткое слово» об обретении «честных и многоцелебных мощей во святых отца нашего Алексия, митрополита Киевского и всея России чудотворца».
Наконец, сохранились, правда очень скудные, известия о борьбе патриарха с латинством.