Новая газовая горелка, которую, регулируя расход горючего газа и воздуха, можно было заставить гореть практически бесцветным пламенем, оказалась полезной для идентификации неорганических веществ по окраске пламени горелки их солями (карминово-красные, малиново-красные и кирпично-красные оттенки, которые должны знать и участники школьных химических олимпиад, и те, кто их к этим олимпиадам готовит). В 1859 году друг Бунзена, физик Густав Кирхгофф посоветовал ему модифицировать новый аналитический подход, применяя призму для разложения излучения горелки в спектр. Опять же, как это было и с горелкой, попытки создать спектроскоп делались и до судьбоносного разговора Бунзена с Кирхгофом. Попытки использовать спектральный анализ в химии предпринимали Уильям Волластон (1766–1828), Йозеф Фраунгофер (1787–1826) и сын открывшего планету Уран астронома Уильяма Гершеля — химик и физик Джон Гершель (1792–1871). Однако первыми, кто стал использовать спектральный анализ и спектрометры систематически, стали именно Бунзен и Кирхгофф, попутно разрекламировав потенциал спектрального анализа, открыв с помощью спектроскопа два новых элемента — рубидий и цезий, оба из которых были названы в честь преобладающих в их спектре линий. С рубидием моим современникам, надеюсь, понятно, его основная спектральная линия — рубиново-красная. Цезий же получил своё название за наличие в спектре двух ярких синих линий (от лат. caesius — небесно-голубой).
Во времена, когда Кирхгоф и Бунзен работали над конструкцией своего спектрометра, многие учёные (например, «ставшие единицами измерения» Георг Стокс и Андерс Ангстрем) теоретически рассуждали о том, что спектр элемента может содержать информацию о строении атома этого элемента. Другие учёные умы им возражали, в том числе утверждая, что атомы и элемента являются хорошей абстракцией для представлений о веществе, но вряд ли существуют в реальном мире. Надежды тех, кто полагал существование связи между спектром элемента и строением его атома, были верными, но преждевременными: лишь спустя полвека теория Нильса Бора позволила объяснить причины появления спектральных линий. Любопытно, что ни Бунзен, ни Кирхгофф в этих теоретических дискуссиях не участвовали, но при этом сделали для становления спектроскопии гораздо больше других. Как так получилось? Если говорить о Бунзене, то он считал теоретизирование чем-то отвлекающим его от приключений в лаборатории или за её стенами, каковыми он точно считал эксперименты. По отзывам современников, Бунзен радовался как дитя хорошим экспериментальным результатам, оставляя разработки гипотез и теорий мыслителям-теоретикам и сторонникам «чистого разума в науке».
Одной из последних тем исследований Бунзена снова стала работа с опасными веществами, включая дымный и бездымный пороха. Он изучал ряд реакций, протекающих со взрывом, пытаясь отследить их развитие с помощью стробоскопа, но при этом достиг лишь умеренного успеха. В 1868 году с металлами платиновой группы он чудом выжил во время еще одного взрыва. Российский императорский монетный двор в Санкт Петербурге использовал разработанную российскими учёными методику выделения чистой платины из руды, однако палладий, иридий, рутений и осмий оставались в отходах производства. Бунзен искал методы экстракции этих металлов, разработав при этом более эффективную систему фильтрования осадков, которую вскоре стали использовать и другие химики (фильтрование под вакуумом с воронкой Бюхнера и колбой Бунзена). Однажды, когда Бунзен выделил смесь иридия и родия в виде мелко размолотого порошка, этот порошок самопроизвольно воспламенился со взрывом. В письме Энфилду Роско Бунзен писал:
Взрыв не смог повлиять на решение Бунзена довести исследование до конца, и он разработал способ выделения всех платиновых металлов в чистом виде, продолжая при этом и другие химические исследования (но уже без взрывов и опасности для себя и окружающих). Бунзен завершил работу преподавателя и исследователя, уйдя в отставку в 1889 году, но до самой смерти в 1899 году он продолжал интересоваться новыми веяниями в химии.
Несмотря на интенсивную исследовательскую работу, Бунзен никогда не пренебрегал занятиями со студентами. Кафедра химии в Гейдельберге оказала огромное влияние на развитие не только немецкой химии, но и химии мировой, в частности — Российской. Среди тех, кто учился и работал у Бунзена, были Д. И. Менделеев, К. А. Тимирязев, Д. А. Лачинов, А. Г. Столетов, Ф. Ф. Бейльштейн и многие другие российские учёные. Один из учеников Бунзена вспоминал в мемуарах: