По свидетельству современника патриарх Гермоген «бысть словесен муж и хитроречив, но не сладкогласен; о божественных же словесех всегда упражняшеся и вся книги Ветхаго Завета и Новые Благодати и Уставы церковные и Правила законные до конца извыче».
В 1606 году патриарх Гермоген начал рассылать по России свои миротворные грамоты, убеждая в них верить не сказкам, а действительным фактам. В этих грамотах были описаны обстоятельства гибели Лжедимитрия, открытие мощей подлинного царевича Димитрия и чудеса от них, воцарение В. Шуйского, «царя благочестивого и поборателя о православной вере». А вот нашлись изменники, стоящие уже в Коломенском под Москвой. В посланиях Гермогена предписывалось, чтобы духовенство многократно прочитывало темному народу эти грамоты и пело молебны о здравии и спасении Богом венчанного Государя, а не слушало воров и разбойников. Лишь постепенно служилые и торговые люди осознали гибельность призваний Болотникова, и начали снова переходить в стан царя Василия Шуйского.
После захвата Москвы поляками в 1611 году патриарх был взят под домашний арест в его палатах и окружен польским караулом. К Москве подошло 100-тысячное русское ополчение, и с пасхального понедельника началась ее осада. Салтыков и Гонсевский опять донимали патриарха под угрозой голодной смерти отдать приказ ратным русским людям отступить прочь. Гермоген неизменно повторял: «Не угрожайте, боюсь я только Бога. Если вы уйдете из Москвы, я благословлю ополчение отступить. Если остаетесь, благословляю всех стоять против вас и умереть за православную веру». Но в русском стане шли свои раздоры и свое разложение. Прокопия Ляпунова убили. Казачий вождь Заруцкий поднял опять знамя Самозванчества во имя сына Марины, еще ребенка.
В августе 1611 года Гермоген нашел пути передать свои указания. Его конспиративное письмо к нижегородцам звучит так: «Пишите в Казань к митр. Ефрему. Пусть пошлет в полки к боярам и к казацкому войску учительную грамоту, чтобы они стояли крепко за веру и не принимали Маринкина сына на царство. Я не благословляю. Да и в Вологду пишите к властям о том, и к Рязанскому владыке. Пусть пошлет в полки учительную грамоту к боярам, чтобы унимали грабеж, сохраняли братство и, как обещались, положить души свои за дом Пречистой и за чудотворцев и за веру, так бы и совершили. Да и во все города пишите, что сына Маринкина, отнюдь, не надо на царство. Везде говорите моим именем». Это были последние распоряжения святителя Ермогена. Он скончался 17 января 1612 года. Ослабевшее после убийства Ляпунова ополчение еще не смогло освободить Москвы и патриарха. Уже современники событий начали понимать героичность поведения святителя Гермогена.
При патриархе Никоне мощи патр. Гермогена из Чудова монастыря были перенесены в Успенский собор, где они и оставались до его канонизации в 1913 году по случаю трехсотлетия дома Романовых.
В конце июня 1620 года отец царя, Филарет, митрополит Ростовский, находившийся до тех пор в плену у поляков, прибыл в Москву, чтобы занять пост патриарха, который для него берегли в течение семи лет. Филарет (Федор Никитич Романов 1554 или 1555–1633) был боярином, которого сделали церковным деятелем помимо его воли.
«Выстрадав в Польше восемь долгих лет, Филарет вынес из плена острую ненависть к католичеству и глубокое недоверие ко всему тому, что могло бы перенестись в Москву из области латинства. Благодаря ему чувство озлобления, порожденное или оживленное эпохой Смутного времени, перерождается уже в определенные действия, которые потом становится трудно ввести в определенные берега без острого столкновения с общественным мнением»[40]. При всяком проявлении ереси Филарет подавлял ее. Но, в то время как он систематически преследовал влияние католиков вплоть до их религиозных истоков, он никогда не принимал радикальных мер против влияния протестантов. Но это объяснялось не религиозными, а политическими и экономическими соображениями. В противовес враждебно настроенной Польше московские правители проводили политику сближения со Швецией по широкому спектру взаимоотношений.