В Московской Руси в первой половине XVII века не существовало специальных семинарий и школ, в которых осуществлялась бы образовательная подготовка священников. Приход мог сам избирать себе священника, нередко из своей среды (известны священники, бывшие ранее земскими старостами, стрельцами, крестьянами), а для того, чтобы им стать, такому человеку нужно было лишь сдать экзамен на чтение Псалтыри. Нередко практически не обладая знаниями в области литургики и Священного Писания, такие священники не могли произносить проповеди и учить народ религиозной вере. Вызывал недовольство и их моральный облик. Судебно-следственные дела XVII века показывают, что попы были нередкими участниками драк, имущественных споров и прочих разбирательств со своими прихожанами. Общественные представления о духовенстве отразились в произведениях так называемой «городской демократической сатиры». Например, в известном сочинении середины XVII века «Калязинской челобитной» в сатирической форме передается жалоба монахов патриарху на своего игумена, который, вопреки традиции, заставляет их молиться, поститься и трудиться, запрещая пить вино и пиво.
Церковь в Московском государстве выступала носителем духовных ценностей и национальной идеологии. Начиная со второй половины XIV века, после проведения монастырской («общежитийной») реформы митрополита Алексия, Русская Церковь превратилась в крупнейшего земельного собственника, чьи богатства, несмотря на политику жестких ограничений Ивана IV, ещё более возросли в XVI веке. Светская власть неоднократно пыталась прибрать к рукам огромные земельные богатства Церкви, но даже Ивану Грозному не удалось решить эту проблему. При нем лишь частично были ограничены налоговые («тарханные») привилегии Церкви, а также наложен жесткий запрет на свободное приобретение монастырями новых земель без доклада царю. В середине XVII века крупнейшим монастырям (Троице-Сергиев, Соловецкий, Иосифо-Волоцкий, Кирилло-Белозерский) принадлежала треть всей пахотной земли, что во многом определяло политический вес Русской православной церкви не только в церковных и религиозных, но и сугубо светских государственных делах. Однако большая часть монастырей и церковных приходов были безземельными и получали на свое содержание «царскую ругу».
Государева администрация строго следила за ограничением церковных владений: приток новых земель и крестьян в них практически прекратился. В 1584 году был принят соборный приговор об отмене податных привилегий монастырей и иерархов (тарханов). Было подтверждено запрещение расширять церковные земли путем покупок и вкладов, держать крестьян-закладчиков.
Учреждение в России патриаршества усилило притязания Русской Церкви на политическую власть. В дальнейшем эти притязания вылились в конфликты патриарха Никона с царем Алексеем Михайловичем, а на более широком уровне – в расколе, столкновении старых и новых политических позиций Церкви. Несмотря на ликвидацию Монастырского приказа, Церковь во все большей мере попадала в прямую зависимость от государства.
Русская Церковь в лице своих учреждений являлось субъектом земельной собственности, вокруг которой уже с XVI века разгорелась серьезная борьба. С этой собственностью было связано большое число людей: управляющих, крестьян, холопов, проживающих на церковных землях. Все они подпадали под юрисдикцию церковных властей. До принятия Соборного Уложения 1649 года все дела, относящиеся к ним, рассматривались на основании канонического права и в Церковном суде. Под эту же юрисдикцию подпадали дела о преступлениях против нравственности, бракоразводные дела, субъектами которых могли быть представители любых социальных групп. Однако, в церковном управлении и суде на епархиальном уровне не было полного единообразия, хотя оно строилось в соответствии с каноническими требованиями.
Соборное Уложение пошло в наступление на эти права. Оно установило светский суд для духовенства, лишив Церковь одной из важных статей дохода в виде судебных пошлин. В городах были конфискованы белые слободы и промыслово-торговые заведения. Это сильно подорвало могущество Церкви, ибо ей принадлежало ранее не менее 60 % всех свободных от налогов городских имуществ.
Но ещё более сильный удар по экономическому могуществу Русской Церкви был нанесен запретом передачи ей земельных вотчин, как родовых, так выслуженных и купленных. Запрет касался всех форм отчуждения (покупки, заклада, на помин души и пр.). На помин можно было дать деньги – цену вотчины, проданной на сторону или родичам. Нарушение закона влекло за собой конфискацию вотчины в государственный фонд («безденежно») и раздачу её челобитчикам – доносчикам.