Церковь имела некоторую автономию в сфере управления и суда. Это было как бы государство в государстве, возглавляемое высшими иерархами. Патриарх, митрополиты и архиепископы имели своих дворян и детей боярских, свою поместную систему, белые слободы (не облагаемые налогами) в городах, свой суд, а патриарх – высшие учреждения – приказы. Власть патриарха опиралась на церковные учреждения, особый статус монастырей, являвшихся крупными землевладельцами, на участие представителей Церкви в сословно-представительных органах власти и управления. Церковные приказы, ведавшие вопросами управления церковным хозяйством и служащие в них люди, составляли бюрократическую основу этой власти. Высший церковный орган – Освященный собор в полном составе входил в «верхнюю палату» Земского собора. Духовенство, как особое сословие наделялось рядом привилегий и льгот: было освобождено от податей, телесных наказаний и повинностей.
Прежде все дела по церковному управлению митрополиты поручали вести разным доверенным лицам. Теперь место этих лиц заступают целые учреждения – приказы наподобие царских, состоявшие каждый из боярина, дьяков и подьячих, решавших дела. Таких приказов в течение почти всего XVII века было три. Судный или разряд, заведовавший судебной частью – после 1667 года в нем образовалось отделение специально для духовного суда под именем духовного приказа, состоявшее под начальством доверенного духовного лица или судьи. Казенный, ведавший всякие церковные сборы патриарха. Дворцовый приказ, заведовавший вотчинами и домовым хозяйством патриаршего дома. К концу XVII века появился еще четвертый приказ – церковных дел – по делам церковного благочиния. По примеру патриарха стали заводить у себя приказы и другие архиереи; но в епархиях заводились обыкновенно только по два приказа – духовный для епархиального управления и суда и казенный, сосредоточивавшийся около личности архиерейского казначея.
После заключения в 1654 российско-украинского политического договора встал вопрос о переходе Киевской митрополии из-под юрисдикции Константинопольского патриарха в Московский патриархат. Такая перспектива устраивала далеко не всех иерархов. Одних беспокоила вероятность потери Украинской Православной Церковью национальных особенностей, другие больше склонялись к союзу с Польшей, третьи считали невозможным решать такие вопросы помимо воли Константинопольского патриарха. Но в 1685 году на православном соборе в Киеве Луцкий епископ Гедеон Четвертинский, при поддержке гетмана Ивана Самойловича, был избран митрополитом Киевским, который присягнул на верность Московскому патриархату. Годом позже Константинополь согласился на переход Киевской митрополии под юрисдикцию Московского патриархата.
В мае 1686 году, сразу после заключения «вечного мира» между Россией и Речью Посполитой, положившего конец многовековой вражде Варшавы и Москвы за обладание исконными русскими землями, константинопольский патриарх Дионисий IV дал согласие на подчинение Киевской митрополии Московскому патриархату. В результате чего Киевская митрополия Православной Церкви Константинопольского патриархата, созданная на территории Малороссии в 1458 году, вскоре после подписания Флорентийской унии по сугубо политическим мотивам, прекратила свое существование.