Учреждение в России патриаршества было признано Восточной православной церковью с полным соблюдением всех формальностей. На состоявшемся в Константинополе в феврале 1593 года Соборе Восточных Патриархов Мелетий Александрийский, председательствовавший на заседаниях, выступил за Патриаршество Московское. На Соборе еще раз со ссылкой на 28 правило Халкидонского Собора было подтверждено, что Патриаршество на Москве, в городе православного царя, целиком законно, и что в дальнейшем право избрания Московского Патриарха будет принадлежать российским архиереям.
Учреждение в России Патриаршества было очень важным деянием, в силу того, что тем самым наконец-то был окончательно исчерпан вопрос об автокефалии Русской Церкви: Константинопольский Собор признал ее законной. Но третьего места Московскому Патриарху все же не предоставили. Собор 1593 года подтвердил только пятое место Русского Первосвятителя в диптихах. Таким образом, учреждение Патриаршества в Москве завершило растянувшийся на полтора века период обретения Русской Церковью автокефалии, которая теперь уже становилась канонически совершенно безупречной.
Волна нестроений и упадка началась по смерти царя Федора 7 января 1598 года, и продолжалась еще в течение некоторого времени после избрания царем Михаила Федоровича Романова в 1613 году. Политический кризис, упадок и разруха русской государственности привели к упадку и нестроению Русской Церкви. Церковь оказалась во власти политических интриг и интриганов. Храмы служили конюшнями для лошадей; перед алтарями кормили собак; блудницы пользовались священными сосудами для обмываний; иконы осквернялись; монахинь заставляли есть мясо во время поста; священники подвергались оскорблениям и пыткам, а верующие, изгнанные в необитаемые места, умирали без исповеди. Со времени татарского нашествия Россия не переживала потрясений, подобных эпохе Смутного времени. С самого начала события приняли форму всеобщего крушения государства, Церкви, нравов и бытовых устоев, что сопровождалось ужасающей материальной разрухой. Вслед за борьбой боярских кланов за трон вскоре пошли народные восстания против бояр, усугубившиеся внутренними мятежами и вторжениями чужеземцев. Вся страна от южных границ до крупных городов на Севере, от Пскова и Новгорода до Урала, попала в этот водоворот. Оказались затронутыми все социальные группы, либо как действующие лица, либо как жертвы событий.
Всеобщность катастрофы поражала человеческие умы, ставила проблемы перед мыслителями и налагала на сознательных людей определенные обязанности. Теперь трудно представить себе, в каком опустошении находилась в то время большая часть Руси. В истории городов и монастырей эти годы характеризуются ужасными разрушениями и убийствами. По словам одного летописца, в Угличе было сожжено 12 монастырей, 150 церквей, 12 000 домов и было убито, повешено и утоплено 40 000 человек. В Спасо-Прилуцком монастыре 18 декабря 1612 года было убито 200 человек, из них 59 монахов, которых сожгли в самой трапезной; в феврале 1614 года татары, посланные на защиту остатков монастыря, опустошили его, а в 1619 году он сгорел дотла.
В сентябре 1612 года на Вологду нападают «поляки, литовцы, черкесы, казаки и русские отряды»: они убивают жителей города, оскверняют церкви, поджигают город и его окрестности. Теперь, как пишет архиепископ Сильвестр, Вологда представляет собой не что иное, как дымящиеся угли. Все это произошло из-за небрежности местного правителя Одоевского. Слишком поздно приезжает на место воевода Образцов со своей ратью; никто не повинуется, стоит сплошной грабеж. Вообще, все происходит из-за пьянства – пьянство воевод погубило Вологду.
Сама вера в Святой Руси, с гордостью провозгласившей себя преемницей Рима и Византии, была подорвана. Был такой момент, когда налицо было четыре патриарха: Иов, свергнутый Лжедмитрием; Игнатий, изгнанный после падения узурпатора; Филарет, вначале принятый царем Василием; наконец, Гермоген, законным образом принявший власть! Царь, и особенно царица, которая предалась латинской ереси, угрожали самому православию. А потом поляки заняли Москву и самый Кремль. В часы своего досуга священник Иван Савельевич Наседка, бывший свидетелем этих печальных картин и впоследствии возвратившийся в Троице-Сергиев монастырь для служения в монастырской церкви, предоставленной в распоряжение жителей взамен разрушенных приходских церквей, размышлял так: «Некогда латиняне отошли от православия, а затем все страны Запада впали в лютерскую ересь. Православие умерло и у нас на Руси, покоренной еретиками». И он в отчаянии плакал. Авраамий Палицын, келарь Троице-Сергиевого монастыря, писал в 1615 году: «Не было никогда еще таких бедствий и никогда не будет»