Иеремия поначалу заявил о своем нежелании давать Москве Патриаршество, но потом начал говорить, что если русские захотят, то он сам останется здесь патриархом. Едва ли самому Иеремии принадлежала идея остаться в Москве навсегда. Скорее всего – это был хитроумный план Годунова, в основе которого лежала мысль о том, что дело следует начать с предложения Иеремии самому остаться в России. Иеремия, по словам укорявшего его за это Иерофея, увлекся этим предложением и, не посоветовавшись с другими греками, действительно решил остаться в России. Но патриарх обманулся приманкой – на деле то была лишь затравка, с которой начались уже настоящие переговоры не о переезде в Москву патриарха из Стамбула, а об учреждении нового Патриаршества – Московского и всея Руси. Хотя, быть может, москвичи в качестве запасного варианта все же были готовы и на то, чтобы Константинопольский патриарх остался жить в Москве. Такой вариант мог оказаться очень ценным и для Москвы, и для Православия в целом. Москва получила бы фактическое подтверждение своего преемства от Царьграда и буквальное основание для именования Третьим Римом. При этом Западная Русь, находившаяся в юрисдикции Константинополя, автоматически переходила бы в ведение патриарха, переезжавшего в Москву. Тем самым создавалась реальная основа для воссоединения воедино двух половин Русской Церкви. Москва в данном случае могла бы полностью подтвердить свое реальное первенство в православном мире, получив первое место в диптихах патриархов.
Но у этого проекта были и отрицательные стороны, которые в конце концов перевесили его преимущества и заставили Годунова добиваться создания нового, именно Русского Патриархата в Москве, а не довольствоваться переносом патриаршей кафедры из Стамбула. Во-первых, неизвестно было, как на все это отреагируют турки и греки: вполне возможно было, что почин Иеремии не нашел бы отклика в Стамбуле (Константинополе), и там могли просто избрать на его место нового патриарха. Россия при таком повороте событий осталась бы ни с чем. Во-вторых, сказывалось уже ставшее на Руси традицией подозрительное отношение к грекам, истоки которого восходили к Флорентийской унии. При всем уважении к достоинству Восточных Патриархов русские по-прежнему не доверяли грекам.
Поначалу Иеремия, которому через посыльных от царя и Годунова настойчиво предлагали идею Русского патриаршества, наотрез отказывался, говоря, что без соборного обсуждения сам он такого важного вопроса решить не может. Но томление в «золотой клетке» стало сказываться, и патриарх ответил, что он, впрочем, мог бы учредить на Москве такую автокефалию, какую имела Охридская архиепископия. При этом от москвичей требовалось поминать Константинопольского патриарха за богослужением и брать от него Святое Миро. Понятно, что такое предложение в Москве всерьез воспринимать не могли: уже полтора века Русская Церковь была полностью автокефальной, и времена были не те, чтобы получать от греков подобные подачки. Но изменения произошли не только в Стамбуле, но и в Москве. К этому времени конфликт между Годуновым и митрополитом Дионисием закончился в 1587 году низложением последнего. Дионисий ввязался в боярский заговор и вместе с другими противниками Годунова выступил перед царем Феодором с безнравственным предложением развестись с Ириной Годуновой по причине ее бесплодия. На место Дионисия был возведен Ростовский архиепископ Иов, которому и суждено будет стать первым русским патриархом.
Годунову нужен был свой патриарх, для собственных целей. Им должен был стать митрополит Иов. Сразу же после ответа Иеремии было заявлено об этом боярам от царского имени: «Мы помыслили было, чтобы святейшему Иеремии быть в нашем государстве на патриаршестве Владимирском и всея России, а в царствующем граде Москве быть по-прежнему отцу нашему и богомольцу митрополиту Иову. Но святейший Иеремия на Владимирском патриаршестве быть не хочет, а соглашается исполнить нашу волю, если позволим ему быть на патриаршестве в Москве, где ныне отец наш митрополит Иов.
И мы помыслили, что то дело не статочное: как нам такого сопрестольника великих чудотворцев Петра, и Алексия, и Ионы, и мужа достохвальнаго жития, святаго и преподобнаго отца нашего и богомольца митрополита Иова изгнать от пречистыя Богородицы и от великих чудотворцев и учинить греческаго закона патриарха?!
И ныне, – объявлялось царское решение, – еще бы посоветоваться с патриархом о том, чтобы он благословил и поставил на патриаршество Владимирское и Московское из российскаго собора отца нашего и богомольца Иова митрополита по тому чину, как поставляет патриархов Александрийскаго, Антиохийскаго и Иерусалимскаго».