Первым патриархом Московским и всея Руси стал Иов, в миру Иоанн, был обладателем выдающихся качеств, как священнослужитель. Но боевых и волевых свойств в его характере не было. Это определило весь его жизненный путь в трагический момент колебания и падения русской государственности. Еще в молодости Иов был замечен Иоанном Грозным. Будущий патриарх пользовался огромным авторитетом и у Феодора Иоанновича. Иов имел приятную наружность – был высок, отличался правильными чертами лица. Он был человеком выдающихся способностей, был весьма начитан, отличался огромным умом и великолепной памятью, которая изумляла современников. Он знал наизусть Евангелие, Псалтирь и Апостол, помнил множество молитв, в том числе – все тексты литургий Иоанна Златоуста и Василия Великого, которые он совершал без Служебника, наизусть. Причем, все это сочеталось с глубоко духовным устроением души святителя. Но даже если предположить, что проводя Иова в митрополиты, а затем и в патриархи, Борис Годунов действовал по политическим соображениям, это отнюдь не бросает тени на св. Иова. Ведь Борис выступал за утверждение патриаршества в Москве, усиление престижа Русской Церкви и Русского государства. Иов несомненно был человеком святой жизни. То, что Русская Церковь причислила Иова к лику святых в 1989 году, когда праздновалось 400-летие Московского Патриаршества, – это, конечно, не случайность, связанная с юбилеем. Канонизация Иова готовилась еще в середине XVII века, при первых Романовых, не любивших Годунова, при котором их род сильно пострадал.
17 января 1589 года царь созвал боярскую думу совместно с Освященным собором: в Москву прибыли 3 архиепископа, 6 епископов, 5 архимандритов и 3 соборных старца монастырских. Феодор Иоаннович объявил о том, что Иеремия не желает быть Патриархом во Владимире, а свести ради него с Московской кафедры такого достойного Митрополита, как Иов, невозможно. Государь предложил обратиться к Иову, спросив митрополита, как он размыслит относительно всего дела с учреждением Патриаршества. Иов ответил, что он вместе со всеми архиереями и Освященным собором «положили на волю благочестивого государя царя и великого князя, как о том благочестивый государь, царь и великий князь Феодор Иоаннович произволит».
Прошло полгода со времени приезда Иеремии в Москву, прежде чем все дело установления Русского Патриаршества успешно завершилось. В Успенский собор 23 января 1589 года прибыли Иеремия и члены Освященного собора. Здесь в Похвальском приделе – традиционном месте избрания кандидатов в митрополиты, было совершено избрание кандидатов на Патриаршество. Решено было избрать трех кандидатов, на которых указали власти: Александра, архиепископа Новгородского, Варлаама, архиепископа Крутицкого и Иова, митрополита Московского и всея Руси. Наречение Иова в патриархи было произведено в царских палатах, а не в Успенском соборе, как ранее планировал Иеремия, а само поставление совершено в Успенском соборе Московского Кремля 26 января 1589 года.
Следующим шагом утверждения авторитета Московского патриархата должно было стать внесение его в Патриаршие диптихи на определенное место, соответствующее положению России, достаточно высокое. Русь претендовала на то, чтобы имя Московского патриарха поминалось на третьем месте, после Константинопольского и Александрийского, перед Антиохийским и Иерусалимским. Для этого необходимо было оформить документ об учреждении Патриаршества на Москве.
В итоге была приготовлена т.н. «уложенная грамота». Характерным моментом этой грамоты, составленной в царской канцелярии, является упоминание о согласии всех Восточных Патриархов на учреждение в Москве Патриаршества, что вообще-то пока не соответствовало действительности. Лишь после подписания грамоты обласканный и щедро одаренный царем Иеремия уехал в мае 1589 года домой. По дороге он устраивал дела Киевской митрополии, и лишь весной 1590 года вернулся в Стамбул.
В мае 1590 года в Стамбуле (Константинополе) был собран Собор. На нем предстояло задним числом утвердить патриаршее достоинство Московского Первосвятителя. На этом Соборе в Константинополе было только три Восточных патриарха: Иеремия Константинопольский, Иоаким Антиохийский и Софроний Иерусалимский. Сильвестр Александрийский был болен и к началу Собора скончался. Замещавший его Мелетий Пигас, вскоре ставший новым Александрийским Папой, Иеремию не поддерживал, а потому не был приглашен. Но зато на Соборе было 42 митрополита, 19 архиепископов, 20 епископов, т.е. он был достаточно представителен. Естественно, что Иеремия, совершивший такой беспрецедентный в каноническом отношении акт, должен был оправдывать свои совершенные в Москве действия. Отсюда его ревность в защите достоинства Русского патриарха. В итоге Собор признал патриарший статус за Русской Церковью в целом, а не за одним лишь Иовом персонально, но утвердил за Московским патриархом только пятое место в диптихах.