В патриаршество св. Иова Русская Церковь заметно укрепилась, что отразилось в ее епархиальном устроении. Учреждение патриаршества и возвышение митрополита на степень патриарха потребовало умножения епархий и возведения некоторых из них на высшие степени. Помимо уже существовавших в Русской Церкви до учреждения патриаршества 4 митрополий, 5 архиепископий и 2 епископий, при Иове появляются 3 новые кафедры. Это было для Руси явлением весьма редким, так как иногда в продолжение нескольких столетий в Русской Церкви не учреждалось ни одной новой епархии. В 1589 году была образована Псковская епископия, в 1591 году – епископия Карельская и Орешская в 1602 году была создана Астраханская архиепископия. Новгородская, Казанская, Ростовская и Крутицкая епархии были возведены на степень митрополий. Суздальская, Рязанская, Тверская, Вологодская и Смоленская объявлены архиепископиями. Кроме того, было предписано открыть еще шестую архиепископию в Нижнем Новгороде, но в 1589 году она не была еще открыта. Число епископий положено довести до восьми, но фактически их было только 3 – старая Коломенская и новые – Псковская и Карельская. Последняя из них просуществовала лишь до 1611 года, когда Ижорская и Карельская земля были оккупированы шведами, и кафедра прекратила свое существование. Тогда же отошла к Польше одна архиепископия – Смоленская. За всю первую половину XVII века открыты были всего только две епархии – Астраханская в 1602 году и Сибирская (Тобольская) в 1620 году. При Алексее Михайловиче опять возвращена была от Польши Смоленская епархия и в 1657 году открыта новая Вятская, но зато закрыта Коломенская. На соборе 1667 года было предложено в дополнение к 13 существовавшим епархиям открыть еще до 10 епархий, увеличив при этом число митрополий до 8. На деле ограничились только восстановлением Коломенской епархии, возведением в сан митрополита архиепископов астраханского, рязанского и сибирского, открытием новой митрополии в Белгороде и переименованием в архиепископа епископа псковского. В 1672 году была открыта еще новая митрополия в Нижнем.
Против увеличения числа епархий были и патриарх, и другие архиереи, потому что это повело бы за собой невыгодное для них дробление их обширных епархий. Царь Феодор Алексеевич, ввиду сильного распространения раскола и разных церковных беспорядков, снова поднял тот же вопрос об умножении архиерейских кафедр на соборе 1682 года. Он представил собору обширный проект, по которому все епархии распределялись по митрополичьим округам, число митрополий доводилось до 12, а епископий – до 72, с подчинением епископов окружным митрополитам.
Собор иерархов постарался уменьшить планируемое число епархий с 72 до 34, потом в следующем году понизил ее еще сначала до 22, потом до 14, ссылаясь на недостаток местных средств для содержания большего числа кафедр. На подчинение же епископов митрополитам не согласился вовсе, дабы не допустить в архиерейском чине распрей и превозношения. Но после собора не были открыты и те 14 епархий, на которых он дал согласие. Были открыты только четыре: Устюжская, Холмогорская, Воронежская и Тамбовская. К концу XVII века (после возвращения Киевской митрополии под юрисдикцию Московской патриархии) на территории России находились 24 кафедры – одна патриаршая, 14 митрополичьих, 7 архиепископских и 2 епископских.
В местном самоуправлении большую роль играл церковный приход, который в большинстве случаев совпадал территориально с волостью. Приходские священники назначались соответствующим епископом, но, как правило, кандидаты на вакантное место избирались прихожанами. Священнослужители (поп, дьякон) и церковнослужители (пономари, сторожа, певчие) полностью зависели от мира, который выделял земли, другие угодья, иногда материальное вознаграждение. В попы часто избирались не духовные лица, а грамотные крестьяне или посадские, в результате чего функции местных гражданских и церковных властей тесно переплетались и даже объединялись.