Это посещение Стойко села Арбанаси в марте 1794 г. придало совершенно неожиданный оборот всей его жизни. Тырновский митрополит — грек Матфей решил предложить вакантную и обнищавшую Врачанскую епархию болгарскому священнику Стойко в расчете на денежный выкуп. После некоторых колебаний Стойко принял предложение Матфея и согласился на выплату непомерно большого выкупа в размере 27 500 грошей, достаточного для покупки 11 000 овец. Эту сумму Стойко надеялся возместить из будущих доходов со своей епархии. Впоследствии он не без горькой иронии вспоминал о том, как хитро провел («габосал») его лукавый Матфей.. Стойко был рукоположен в епископы 17 сентября 1794 г. в Тырново и стал именоваться Софронием по монашескому своему имени. В течение трех месяцев оставался в Арбанаси до получения утверждавших его в новом сане и должности патриаршей грамоты из Константинополя и султанского указа. В декабре 1794 г., в лютую стужу и снег, Софроний смог отправиться наконец в свою епархию в надежде быть во Враце на праздник рождества (25 декабря).
Достигнув города Плевена, Софроний был смущен вестью о столкновении мятежного видинского феодала Пазвандоглу с его двумя местными противниками и о военных событиях во врачанских селах. Тем не менее Софроний и его спутники, сопровождаемые стражем-турком, достигли благополучно Врацы, при входе в которую были встречены вооруженными врацкими жителями. Убогий вид епископского дома, похожего на тюрьму, удручил Софрония. Но радостный прием, оказанный Софронию болгарами, никогда не слышавшими проповеди на родном языке и видевшими в нем «некоего философа», вдохнул в него силы и бодрость. Обойдя Врачанский округ для сбора церковной подати, Софроний намеревался собрать ее и в Плевене. Однако вспыхнувшая там распря из-за главенства между двумя мелкими феодалами-турками заставила его отправиться ради безопасности в Арбанаси. В епархии появилась «божиим попущением» чума, и Софроний вынужден был провести в Арбанаси «в страхе смертном» четыре месяца. Счастливая случайность избавила его от заражения чумой, которую он мог получить от поцеловавшего ему руку заболевшего священника.
Годы 1796—1798 оказались для Софрония особенно тревожными и скитальческими. Это были годы осады войсками румелийского Мустафа-паши крепости Видина, которую захватил и оборонял Пазвандоглу. В 1797 г. отряды Пазвандоглу и кырджалиев напали на Врацу, что принудило Софрония ночью бежать в придунайское местечко Рахово (Раховец). Оттуда более спокойным путем он пошел в Арбанаси и, дождавшись там ухода кырджалиев из Врачанской епархии, к осени 1797 г. вернулся во Врацу. Передвижения правительственных войск во главе с капуданом-пашой Хаджи Мустафой, направленных для борьбы с Пазвандоглу, заставили однажды Софрония искать спасения в овчарне и темной январской ночью 1798 г. лесом пробираться в Тетевен.
В том же 1798 г. Арбанаси подверглось нападению кырджалиев из войск капудана-паши Хюсейна, шедших на Видин. Разграблен был и дом Софрония вместе с его «бумагами». Его сын, невестка и внуки спаслись бегством в Котел, а оттуда перешли в придунайский город Свиштов, где Софроний застал их раздетыми и разутыми.
Только в августе 1798 г. Софроний смог попасть во Врачанскую епархию для сбора подати по селам, которые подверглись грабежу турок-делибашей. В конце октября Софроний добрался до Врацы. Но при известии о походе на Врацу войск Али-паши глубокой ночью он снова пустился в путь в поисках убежища в Черепишском монастыре. Монастырь оказался пустым, и Софроний нашел приют в горах в пещере (называемой и поныне Софрониевой), в которой вместе с бежавшими из монастыря монахами прожил более трех недель. Затем по труднопроходимой дороге Софроний двинулся дальше — в монастырь «Семь престолов» Софийской епархии, откуда через две недели направился в свою епархию, преодолев расстояние до Врацы, равное десяти часам обычного пути, за три дня (из-за глубокого снега). Там ему посчастливилось прожить спокойно десяток дней. Однако мирное его житие было нарушено приходом десяти дружин албанцев, занявших все дома, в том числе и епископский. В поисках более надежного жилища Софроний пошел к «татар-аге» — начальнику почтарей-татар, принявшему его по надетой им зеленой шапке-чалме за врача.