В 1853 г., когда Софье было три года, Россия оказалась втянута в Крымскую войну. Формально причиной конфликта были права христианских меньшинств в Святой земле, но Франция и Великобритания были полны решимости не дать России взять под свой контроль земли слабеющей Османской империи. К 1856 г., после осады Севастополя, альянс Франции, Великобритании, Сардинии и турок нанес России поражение. Такое унижение стало поводом для массового общественного недовольства в России. Крестьяне и либералы восставали против жестокой государственной системы, в которой они чем дальше, тем больше видели лишь коррупцию и некомпетентность. Правительство отвечало цензурой и репрессиями царской тайной полиции. Многие аристократы в России владели обширными сельскими поместьями, но редко бывали там, предпочитая Санкт-Петербург, где бурлила политическая жизнь и светские развлечения. Теперь же благоразумие требовало, чтобы даже люди с либеральными наклонностями больше времени проводили в деревне и больше внимания обращали на жалобы и обиды своих работников. Так что в 1858 г. генерал Корвин-Круковский сообщил жене, что долг требует переехать в имение.
Поначалу Софью и ее старшую сестру Анюту не загружали учебой; они гуляли, исследовали местность и частенько попадали в различные неприятные истории. Но, после того как они умудрились попробовать какие-то несъедобные ягоды и несколько дней провалялись больные, отец нанял им наставника-поляка Йозефа Малевича и строгую английскую гувернантку Маргариту Смит, которую девочки сразу же невзлюбили. Малевич дал Софье основы образования, приличествующего молодой женщине, включая арифметику, а дядя Петр познакомил ее с кое-какими тайнами более продвинутой математики: он говорил с ней о таких вещах, как квадратура круга (построение квадрата той же площади, что у заданного круга; на самом деле это невозможно сделать при помощи традиционных геометрических инструментов, линейки и циркуля) и асимптоты (прямые, к которым кривая может подойти бесконечно близко, но так никогда и не достигнет). Эти концепции будили воображение девочки.
Со временем мисс Смит уволилась, и в семье Корвин-Круковских воцарился мир. В 1864 г. Анюта направила два рассказа Федору и Михаилу Достоевским; рассказы были напечатаны в их журнале «Эпоха». Анюта начала тайную переписку с Федором; отец сначала возражал, но потом смягчился, и Федор Достоевский стал вхож в семью. Софья погрузилась в водоворот светской жизни, где можно было встретить и других известных людей. Какое-то время она даже испытывала к Достоевскому девическую влюбленность, и, когда Федор сделал предложение Анюте, Софья пришла в ярость – тем более что сестра ему отказала.
Примерно в это же время Софья погрузилась и в математические загадки обоев своей детской спальни – и одна из нитей ее будущей жизни определилась. Сосед Корвин-Круковских Николай Тыртов, профессор физики в Военно-морской академии Санкт-Петербурга, принес ей свой учебник по вводному курсу физики. Не владея тригонометрией, Софья сражалась с непонятными формулами, пока не нашла интуитивно более понятную геометрическую аппроксимацию – по существу, все тот же классический вариант с хордой окружности. Такая демонстрация способностей произвела на Тыртова большое впечатление, и он попытался убедить генерала, чтобы тот позволил дочери изучать высшую математику.
В то время в России женщинам не разрешалось учиться в университетах, но, имея письменное согласие отца или мужа, они могли учиться за границей. Поэтому Софья заключила «фиктивный брак» с Владимиром Ковалевским – молодым студентом-палеонтологом. Такой фокус – брак по договоренности без реальных близких отношений – был довольно распространен в то время среди образованных русских женщин как способ добиться некоторой свободы. К досаде Софьи, отец предложил отложить свадьбу. С типичным для нее упрямством девушка дождалась, когда в доме соберутся к обеду известные гости, и потихоньку улизнула, оставив записку; в ней говорилось, что она отправилась одна к Владимиру на квартиру и останется там, пока они не получат разрешения на брак. Чтобы избежать светского скандала, отец на все согласился и, как положено, представил дочь и жениха гостям. Софья планировала выйти замуж, затем бросить Владимира и жить собственной жизнью, но Владимир без памяти влюбился в свою будущую жену (и в ее социальный круг) и вовсе не хотел расставаться с ней. Они поженились в 1868 г., когда Софье было 18 лет; с этого момента она стала Софьей Ковалевской.