Весной 1813 г. по настоянию окружного прокурора Джона Рэндолфа Граймза губернатор Луизианы Уильям Клейборн согласился предъявить обвинение братьям Лафитт в суде штата, но те не явились в зал заседания, укрывшись в Баратарии. Тогда губернатор 24 ноября объявил награду в 500 долл. тому, кто передаст Жана Лафитта в руки шерифа Нового Орлеана. Через два дня в городе появилась листовка такого содержания: «Жан Лафитт предлагает награду в 5000 долл. тому, кто доставит к нему губернатора Уильяма С.С. Клейборна. Баратария, 26 ноября 1813 года». Ответ пирата губернатору весьма позабавил новоорлеанцев.
15 января 1814 г. в Баратарии проходила распродажа рабов и награбленных товаров. Таможенное ведомство отправило 12 солдат во главе с лейтенантом Стаутом для конфискации нелегального товара, но по прибытии на место отряд был атакован, Стаут убит, а двое солдат ранены. Спустя два месяца окружной прокурор докладывал губернатору штата, что за полгода пиратами было завезено в Баратарию товаров на 1 млн. долл. По меньшей мере, 7io часть жителей Нового Орлеана была связана с нелегальной торговлей, и в иные дни в пиратском логове собиралось до 500 скупщиков краденого.
3 сентября в Баратарию прибыл британский бриг под командованием капитана Локкайера. Последний передал Жану Лафитту письмо генерала Николса, командующего английскими войсками во Флориде. Шла война между Британией и США, и англичане хотели использовать флибустьеров Баратарии в качестве лоцманов. Лафитту предлагали чин капитана 1-го ранга и 30 тыс. долл., но он отказался сотрудничать с англичанами, о чём уведомил губернатора Луизианы. Последний простил пирату его прошлые прегрешения и закрыл глаза на бегство Пьера Лафитта из городской тюрьмы. В то же время коммодор американского флота Дэниэл Т. Паттерсон и командир 44-го пехотного полка полковник Т. Росс, имея инструкции морского министра атаковать пиратскую базу в Баратарии, 11 сентября подготовили против флибустьеров карательную экспедицию. 16 сентября американские солдаты атаковали Баратарию, захватили стоявшие там суда и взяли в плен 80 пиратов, в том числе старшего брата Лафитта — Доминика по прозвищу Капитан Доминго. Укрепления Баратарии были срыты, дома разрушены.
17 декабря, в связи с угрозой британского вторжения в Луизиану, генерал Джексон приказал выпустить из тюрьмы баратарийцев, изъявивших желание сражаться против англичан, и обещал передать президенту прошение о помиловании бывших пиратов. 23 декабря началось сражение за Новый Орлеан. Все попытки англичан захватить город были отбиты, баратарийцы, охранявшие форт Сент-Джон на северной окраине, проявили невероятную стойкость. В первых числах января 1815г. англичане отступили. Генерал Джексон официально поздравил экс-флибустьеров Капитана Доминго и Рене Белюша, командовавших 3-й и 4-й батареями, и отметил «мужество и верность» братьев Лафиттов. В середине марта того же года из Вашингтона в Новый Орлеан доставили декрет о прощении баратарийцев. Документ был подписан президентом США Мэдисоном.
Хотя братья Лафитты получили амнистию, их имущество было конфисковано. Чтобы поправить дела, они решили снова заняться незаконным промыслом — контрабандной торговлей и пиратством. 23 марта 1817 г. братья прибыли на шхуне «Кармелита» к о. Галвестон в Техасе, где вели переговоры с французским корсаром Луи д’Ори и мексиканским партизаном Франсиско Миньей. 7 апреля флотилии д’Ори и Минья отплыли из Галвестона на освобождение Мексики, а Жан Лафитт приступил к оборудованию на острове своей базы.
Летом 1818 г. американский госсекретарь вручил президенту Монро меморандум, в котором говорилось: «...так как территория между реками Сабина и Рио-Браво является Луизианой, Галвестон принадлежит нам. Прекрасным случаем подтвердить наш суверенитет была бы посылка экспедиции против Лафиттов». Монро начертал на полях меморандума: «Согласен, но действуйте без ажиотажа. Уведомите Лафиттов, что им надлежит убраться». Приказ очистить бухту и о. Галвестон был вручён Жану Лафитту в конце лета. Лафитт сделал вид, что готов подчиниться, но в действительности продолжал использовать Галвестон в качестве своей главной базы. Весной 1819 г. республиканское правительство Мексики официально назначило его губернатором острова.
3 января 1821 г. в Галвестон прибыла американская военная шхуна «Энтерпрайз» под командованием капитан-лейтенанта Кирни. Последний передал Лафитту ультимативное требование правительства США ликвидировать галвестонскую базу. 2 марта того же года оно было выполнено.