Как правило, сограждане верили своему главнокомандующему и не сомневались в правильности его действий. Но однажды, когда Перикл в Народном собрании провел постановление о войне с Самосом, чтобы заставить самосцев прекратить войну с союзным Милетом, афиняне долго сопротивлялись. Многие были уверены в том, что стратег хочет идти в Самос, чтобы угодить милетянке Аспасии, которая стремилась облегчить участь родного города. И все же Перикл добился своего. Флот к Самосу был отправлен, и город пал после тяжелой и кровопролитной войны, в которой были применены неизвестные ранее афинянам осадные машины. Стены Самоса были разрушены, его флот конфискован. Жители были вынуждены заплатить огромную контрибуцию. По свидетельству Дурида Самосского, явно заинтересованного в очернении врага, Перикл и его воины проявили страшную жестокость к побежденным. Якобы начальники самосских кораблей были привезены в Милет, там их привязали к доскам и выставили на площади для обозрения. Когда же несчастные утратили остатки сил, их убили ударами палок по голове, а тела бросили без погребения. Однако об этом ничего не сообщали ни Фукидид, ни Аристотель, много внимания уделившие Периклу. Это, впрочем, ничего не доказывает: оба автора отличались симпатиями к афинянину и, возможно, просто не хотели чернить его имя. Перикл же, в свою очередь, вполне мог отомстить самосцам за издевательства над своими согражданами, попавшими в плен к врагу (им на лбу ставили клеймо в виде совы).
Перикл был доволен. Возвратившись в Афины, он устроил торжественные похороны воинов, павших на войне. Вместо их праха по обычаю несли пустые урны. Голову Перикла увенчали венком. Но одна из женщин подошла к нему и сказала: «Да, Перикл, твои подвиги достойны восторга и венков: ты погубил много добрых граждан наших не в войне с финикиянами и мидянами… а при завоевании союзного и родственного нам города».
В 444 г. до н. э. Перикл был избран стратегом – главнокомандующим афинским войском и фактически единоличным правителем города-государства. Этот пост издавна был ключевым в Афинах. Стратеги избирались ежегодно. Несмотря на это великий афинянин сумел удержаться на этом посту вплоть до самой смерти.
Перикл не раз бывал в сражениях и проявил себя как храбрый, но осторожный военачальник, не склонный жертвовать жизнями сограждан понапрасну. Он никогда не вступал в бой, если благополучный исход казался сомнительным. В то же время Плутарх свидетельствует, что правитель всегда «в походах был храбр и искал опасностей».
Умный и широко образованный, Перикл в отличие от своих предшественников и вопреки общепринятым суевериям не обращал внимания на различные приметы и предзнаменования. Широко известно, например, что афинский стратег Клеон под Сиракузами по требованию своих воинов отсрочил отплытие флота на родину, испугавшись лунного затмения 27 августа 431 г. до н. э. В результате все войско погибло. В отличие от Клеона Перикл в том же году не убоялся даже солнечного затмения и сумел поддержать спокойствие среди воинов, объяснив им естественные причины явления. Причем, как свидетельствует Плутарх, сделано это было достаточно оригинально. Перикл не взывал к патриотизму, не пугал сограждан опасностью промедления. Он закрыл лицо испуганного кормчего своим плащом и спросил того: «Наводит ли это на тебя страх и ужас?» Когда же услышал отрицательный ответ, то добавил: «А какое же различие между сейчас бывшим явлением и этим [т. е. затмением], кроме того, что предмет, произведший солнечное затмение, гораздо больше моего плаща».
Интеллект и образованность позволили Периклу превратить Афины не только в мощнейший политический и военно-стратегический центр Эллады, но и достичь невиданного уровня развития культуры, ставшего эталоном вплоть до нашего времени. Его усилиями Афины украсили Парфенон, Акрополь, статуя Афины Промахос (Защитницы) и др. Здесь работали великий греческий скульптор Фидий, архитекторы Иктин и Калликрат, творили Софокл, Сократ, Анаксагор, Геродот и множество других великих умов Греции.