Затем масла в огонь подлило письмо наркома здравоохранения НА Семашко от 21 мая об итогах 2-го Всероссийского съезда врачебных секций Всероссийского медико-санитарного общества. Съезд выявил "опасные" тенденции: врачи хвалили земскую медицину, требовали полной демократии, стремились издавать свой печатный орган. Ленин направил письмо Семашко Сталину с предложением секретно показать его Дзержинскому и заняться выработкой мер против оппозиции. В мае-июне вопрос обсуждался в Политбюро. Наметили систему мер. Наркомздраву совместно с ГПУ надлежало заняться составлением списков врачей, подлежащих высылке, и следить за их реакцией на большой судебный процесс над эсерами, намеченный на лето 1922 года. Репрессии против беспартийной интеллигенции откладывались до его окончания.
Готовило высылку, разумеется, ГПУ. Одновременно в мае стали создавать секретные "бюро содействия" его работе при важных государственных учреждениях, наркоматах и университетах. Их членами становились партийцы со стажем, которых обязывали собирать сведения о контрреволюционных элементах в учреждениях. В недрах ГПУ было создано "особое бюро по административной высылке антисоветской интеллигенции". Для состаапения характеристик подозрительных интеллигентов опрашивали руководителей наркоматов, секретарей партийных ячеек, партийных литераторов, известных деятелей большевистского движения. 1 июня ГПУ подало в Политбюро обстоятельную записку "Об антисоветских группировках среди интеллигенции", подписанную Я.С. Аграновым. Уже в июне 1922 состоялась первая высылка: за границу отправили находившихся до того в ссылке в Тверской губернии бывших руководителей Всероссийского комитета помощи голодающим С.Н. Прокоповича и Е.Д. Кускову. Группу оппозиционно настроенных врачей решено было арестовать и выслать в отдаленные голодающие губернии.
Списки на высылку готовились и утрясались. Тем временем Ленин, лечившийся в Горках после первого инсульта, торопил и понукал. 16 июля он писал Сталину: "Эта операция, начатая до моего отпуска, не закончена и сейчас... Комиссия... должна представить списки, и надо бы несколько сот подобных господ выслать за границу безжалостно. Очистим Россию надолго".
Списки были утверждены 10 августа. Тогда же ВЦИК принял декрет о высылке. Теперь надо было подготовить общественное мнение. И на XII Всероссийской партийной конференции в резолюции по докладу Г.Е. Зиновьева говорилось, что "нельзя отказаться" от репрессий против верхушки буржуазной интеллигенции, для которой "подлинные интересы науки, техники, педагогики, кооперации и т.д. являются только пустым СЛОВОМ, политическим прикрытием". Резолюцию поместили в газетах. Теперь можно было действовать.
Ночами 16—18 августа прошли массовые аресты среди интеллигенции. Одних заключили в тюрьмы, других оставили под домашним арестом. В списки попали известнейшие философы, историки, писатели, врачи, деятели кооперативного движения, экономисты и финансисты, ученые-есгественники, инженеры. Всех допросили об отношении к советской власти. Надо сказать, что ответы некоторых оказались яркими. Философ С.Е. Трубецкой сообщил: "На структуру Советской власти и на созданное ею пролетарское государство я смотрю с большим интересом как на совершенно новое для мира историческое явление", а Н.А. Бердяев заявил: "По убеждениям своим я не могу стоять на классовой точке зрения и одинаково считаю узкой, ограниченной и своекорыстной и идеологию дворянства, и идеологию крестьянства, и идеологию пролетариата, и идеологию буржуазии. Стою на точке зрения человека и человечества".
С арестованных взяли подписки с обязательством выехать за границу и не возвращаться в советскую Россию. За самовольное возвращение по ст.7 Уголовного кодекса РСФСР обещали карать расстрелом. Исключение из общего порядка высылки делалось для врачей: их решили отправить не за границу, а в голодающие губернии для спасения населения.
Одни ехали за свой счет, другие за казенный. Была составлена смета государственных расходов на всю эту операцию. Для высылки одного человека из Москвы в Берлин надо было оплатить визу, дорогу, продовольствие в пути и месячный прожиточный минимум в Берлине. Высьишись с семьями, с собой разрешалось взять крайне ограниченные денежную сумму и набор личных вещей, буквально две смены белья, зимнее и летнее пальто, немного носильных вещей, из ценностей — только обручальные кольца, а вот нательные кресты из драгоценных металлов брать не разрешалось. Всего по смете планировалась высылка 217 человек, в их числе из Москвы — 67 человек, из Петрограда — 53, с Украины — 77.
Затем началась утряска и перетряска списков. За многих из предназначенных к высылке вступались видные большевики и руководство ведомств, не хотевшее терять высокопрофессиональных специалистов. Некоторые фамилии из списков исключили, например, экономиста Н.Д. Кондратьева, писателя Е.И. Замятина. Перед лицом множества ходатайств 24 августа Политбюро разрешило Дзержинскому самостоятельно вносить изменения в списки с последующим докладом Политбюро.