Летом 1616 года, за две недели до свадьбы, «нареченную царицу» лишили имени Анастасия и увезли в далекую ссылку, в Тобольск. Родственники невесты высланы из Москвы. Заметно было, что молодой государь повержен был в «печаль и скорбь великую».
Тревожные события на время заставили забыть о неудачной свадьбе: в 1618 году к Москве с полками подошел польский королевич Владислав, пушечный гром потрясал кремлевские терема. Нашествие отбили и подписали «худой мир». Вернулись пленники, в их числе — государев отец, митрополит Филарет, который без промедления поставлен в патриархи. Управление государственными и домашними делами переходило в руки царского отца. Год прошел, другой, и послали грамоту местным властям сибирским: Хлопову с родственниками «с бережением» отпустить в Нижний Новгород! К сему добавлено: «Бысть Настасье Хлоповой (так!) в Нижнем до особого государева указа.»
Приводя в порядок дела, Филарет столкнулся с неизменным желанием сына: «Обручена мне Хлопова, кроме ея, не хочу взять иную!» Приказал провести следствие: допросили отца и дядю невесты; призвали «дохтура и лекарей». Для «распросу и сыску здоровья и болезни Хлоповой» в Нижний Новгород послан ближний боярин Федор Шереметев. Сопровождали боярина придворные врачи. Было указано: «Смотреть их дохтурскими науками, действительно ли Марья во всем здорова?»
Чтобы понять дальнейшие события, вернемся назад, к осенней ночи 1600 года, когда сотня стрельцов с горящими факелами окружила боярский двор в Москве на улице Варварке. Польские послы слышали выстрелы. «Дом, в котором жили братья Романовы, — отмечено в их донесении, — был подожжен, некоторые убиты, а некоторых арестовали и увели». Написали в донесении, что известные в Москве Романовы подвергнуты заключению по обвинению в колдовстве, «порче царя».
Слуга Александра Никитича Романова подал «извет», донос: видел в доме волшебные «коренья», чтобы «испортить царскую семью». После взятия боярского дома, настоящей крепости, патриарший двор гудел, как встревоженный улей. Боярская дума и высшее духовенство явились «корешки смотреть». Вышел царь Борис Годунов, «повелел коренья из мешка выкласть». Недруги Романовых «аки звери кричали». Старший в семье, известный московский щеголь боярин Федор Романов, пострижен в «иноческий чин». Стал Филаретом, отправлен в заключение в монастырь. Иные братья закованы в железо и увезены в ссылку. В Москве волновались: «Хотели Романовы царство достать ведовством и кореньем!» «Романовы были страшилищем для Борисова воображения», — замечал Н.М. Карамзин. Видел «внутреннюю угрозу» для новой династии, для юного сына.
«Очерк московских суеверий» рассыпается, если присмотреться к свидетельствам. Тюремщики-приставы следили за опальными Романовыми и посылали отчеты. Иван Никитич по дороге в ссылку спрашивал брата о «ведовстве кореньями». Отвечал брат Василий, «подсмехаясь», показывая руки в железных цепях: «Когда добро даешь, пусть левая рука не слышит, что делает правая». Отличался дерзким нравом: на переправе через Волгу ключ от кандалов выкрал; когда заметили, бросил в реку. А Федор-Филарет тогда говорил: «Недруги искали-де голов наших, научили на нас говорить людей наших.» Иван Никитич, отправленный в ссылку с братом, захворал — «колени сволокло», перестал рукой владеть и языком. Возможно, перенес инсульт. (Что не помешало прожить еще почти 40 лет.)
Вместе с Романовыми опале подверглись влиятельные родственники. После ночного пожара на Варварке и перестрелки польские послы решили, что состояние здоровья Бориса Годунова резко ухудшилось. «Никитичи Романовы, кровные родственники умершего царя Федора, предполагали взять правление в свои руки и собрали достаточно людей, но ночью на них напали.» Среди участников заговора выделяли Александра Романова: введен в Боярскую думу Годуновым, но «смотрел выше». О заговоре знал Василий, стольник государя. Следствие продолжалось девять месяцев, до июня 1601 года. «Если находка «кореньев», — находим в исследовании, — не вызывала сомнений в злоумышлении Александра Никитича, чем занималось следствие столь долгое время?» До конца следствия Василий был на свободе, отправлен в ссылку внезапно. Двор Романовых на Варварке взят в казну и отдан для размещения новой царской стражи, «немцев из Лифляндии».
Александр, Михаил и Василий Романовы скончались в ссылке. Пострижение старшего из братьев, Федора, болезнь неженатого и бездетного Ивана позволили Годунову полагать, что Романовы выбыли из политической жизни. Судьба распорядилась иначе; но все тяготы, которые обрушились на Романовых, заставляют понять поведение «старицы» Марфы перед свадьбой ее сына.