20 июня 1768 года Адмиралтейств-коллегия определила Чичагова главным командиром Архангельского порта. Он должен был возглавить сложные работы — постройку кораблей для средиземноморских эскадр. Впоследствии в Русско-турецкой войне 1768–1774 годов благодаря этим кораблям флот будет побеждать. И сам он тоже. До окончания войны он успеет принять участие в боевых действиях как флагман действующей эскадры Донской (Азовской) флотилии. С тремя фрегатами и двумя «новоизобретенными» кораблями 9 июня 1774 года флагман отгонит от Керченского пролива численно превосходящую турецкую эскадру, а затем своими небольшими силами преградит вход в пролив. И опять почти без потерь русские моряки защитят вход в
Азовское море. Это был первый пример тактики Чичагова, которая позднее ярко проявится в Русско-шведской войне 1788–1790 годов.
Между войнами В.Я. Чичагов командовал эскадрами на Балтике и Средиземном море, заседал в Адмиралтейств-коллегии, наконец, был произведен в адмиралы.
Когда началась Русско-турецкая война 1787–1791 годов, из лучших кораблей Балтийского флота сформировали Средиземноморскую эскадру под руководством С.К. Грейга. Русский флот 6 июля у Гогланда нанес поражение шведскому флоту, однако морская победа не была поддержана на суше. А осенью Грейг внезапно умер от болезни.
В кампании 1788 года В.Я. Чичагов оказался не у дел и числился больным. Но 27 ноября Екатерина II назначила адмирала главным командиром Ревельского (Таллинского) порта и эскадры, а 31 марта 1789 года — командующим флотом. За весну 1789 года Чичагов принял ряд срочных мер по ремонту Ревельского порта и превращению его в базу флота. В начале мая эскадра вышла на рейд. Адмирал высылал отряды судов для опроса шкиперов встреченных судов. На маяке у Балтийского порта (Палдиски) был устроен пункт наблюдения, цепью постов связанный с Ревелем. Все эти меры позволяли следить за передвижениями неприятельского флота и не разрешить ему неожиданно атаковать ревельскую эскадру. 26 мая присоединилась кронштадтская эскадра, и Чичагову пришлось распределить своих опытных моряков по кораблям и заняться обучением команд.
Высланные Чичаговым отряды установили, что шведский флот еще готовится в Карлскроне, но шведы уже заняли и укрепили Гангут. Так как атака его грозила большими потерями, адмирал решил занять в Финляндии Паркалаудский пост, позволявший перехватывать шведские коммуникации не хуже, чем Гангутский. Пользуясь неготовностью противника, он не торопился приступать к активным действиям, добиваясь четкой координации действий и наблюдая с помощью отдельных отрядов за неприятелем.
Под разными предлогами Чичагов оттягивал время выхода главных сил, чтобы дать время командам для обучения. Лишь 2 июля, после неоднократных побуждений из Санкт-Петербурга, адмирал вывел в море 20 линейных, 2 бомбардирских корабля, 6 фрегатов и 7 меньших судов, оставив отряды для охранения Паркалаудского поста и Финского залива.
Утром 14 июля Чичагов узнает о появлении шведского флота. В течение дня оба флота маневрируют. Герцог Карл позднее оправдывал бездействие ветром, который кренил корабли и не позволял стрелять.
15 июля с утра флоты невдалеке от острова Эланда сближались и вели перестрелку на дальней дистанции. Чичагов не ввязывался в решительный бой, ожидая подкреплений. На шведских кораблях были замечены значительные повреждения, два корабля и фрегат вывели из боя на буксире. После двух суток сражения флоты оставались вблизи друг от друга. 20 июля шведы, узнав наконец о подкреплении — приближении Т. Г. Козлянинова, — ушли в Карлскрону. 22 июля Чичагов, присоединив копенгагенскую эскадру, с 31 кораблем и 10 фрегатами пошел к главной базе шведов и убедился, что противник не собирается выходить из-под прикрытия береговых батарей. И опять малой кровью он добивается поразительных результатов — соединился с Козляниновым и нейтрализовал неприятельский флот.
Однако императрица осталась недовольна неопределенным исходом Эландского сражения и потребовала разбора дела адмирала. Но Государственный совет пришел к выводу, что инструкцию Чичагов выполнил, а то, что не рисковал без надобности, так ведь это — благо, а не позор. Екатерина сменила гнев на милость. Она приказала 23 лучших корабля оставить наблюдать за неприятельским флотом, а остальными силами занять Гангутский пост.
Зимой 1789–1790 годов Балтийский флот вновь был разделен на кронштадтскую и ревельскую эскадры. А уже 6 марта два шведских фрегата совершили набег на Балтийский порт, высадили десант, уничтожили запасы и ушли ранее, чем прибыли подкрепления из Ревеля. Это предупреждение Чичагов воспринял весьма серьезно, ибо Ревельский порт не имел защиты, кроме боевых кораблей. Адмирал принял меры к отражению возможного нападения. Посты на маяках, высланные в море отряды предупредили о приближении противника, и когда 1 мая шведский флот появился у Ревеля, Чичагов был готов к встрече.