Как известно, правление Марии Терезии осложнялось еще и тем, что Бавария и Пруссия после смерти ее отца не признали Прагматическую санкцию и пожелали получить долю своего наследства. Воспользовавшись сложными обстоятельствами, с которыми Габсбурги столкнулись в вопросе престолонаследия, прусский король Фридрих Великий (1712–1786) еще в год смерти Карла VI начал военные действия в Силезии. Война за австрийское наследство длилась с 1741 по 1748 год. Пруссия в ней претендовала на Силезию, а от Пруссии не отставали Франция и Бавария, докучавшие Австрии на западе.
Однако из всех противников самым главным для австрийской императрицы оставалась именно Пруссия. Марии Терезии пришлось удвоить численность своей армии, введя с этой целью дополнительные налоги. Она также объединила правление Австрией и Богемией. Поскольку утрата Силезии никак не давала ей покоя, в 1756 году императрица уже сама начала войну с Пруссией, во главе которой по-прежнему стоял король Фридрих Великий. Война продлилась долгих семь лет, но вернуть Силезию так и не удалось. Императрица тяжело переживала эту потерю.
В 1772 году Мария Терезия приняла участие в первом разделе Польши и получила Галицию. В 1775 году она угрозами заставила Османскую империю уступить ей Буковину. А в 1778 году заявила о притязании на «баварское наследство»: столкновение было закончено Тешинским миром, после которого Австрия получила область Инне с центром в городе Браунау-на-Инне.
Царствование Марии Терезии считается временем просвещения и активных реформ. До нее Австрия была одной из самых отсталых во всех отношениях стран Европы. Школы и печать всецело находились во власти иезуитов. Боясь затронуть устаревшие порядки в администрации, суде и финансовом ведомстве, правительство сквозь пальцы смотрело на злоупотребления чиновников. Оставаясь ревностной католичкой и противницей реформаторских идей XVIII века, Мария Терезия была вынуждена осуществить в подвластных ей областях необходимые реформы, коснувшиеся в основном чешско-германских наследственных земель и не затронувшие Венгрии, так как последняя обеспечила себе сохранение старых порядков. В этой реорганизации главными помощниками Марии Терезии были граф Гаугвиц, впоследствии известный как князь Кауниц, и граф Хотек. Феодальная власть помещиков была ограничена и подчинена государственной власти. Также Мария Терезия уделяла много внимания улучшению земледелия (введению новых культурных растений, например картофеля), поддержанию ремесел и промыслов, развитию фабричного производства, расширению внутренней и внешней торговли, открытию новых консульств, портов и т. д.
Мария Терезия также заботилась о процветании наук и искусств: она учреждала университеты, высшие школы живописи и архитектуры, реформировала гимназии, положила начало образованию простого народа, основала публичные библиотеки в Праге и Инсбруке, превосходные обсерватории в Вене и Граце. Под влиянием князя Кауница она ограничила влияние церкви на народное просвещение и усилила влияние в этой области государственной власти.
Благодаря императрице Марии Терезии в Австрии закончились пытки и гонения на ведьм, именно она учредила Верховный суд. Заботясь о грамотности подданных, императрица ввела обязательное образование: учиться должны были все дети в возрасте от 6 до 12 лет — независимо от их социального положения. В Вене до сих пор функционирует учрежденное Марией Терезией учебное заведение Терезианум, где обучаются будущие дипломаты. А в нижнеавстрийском городе Винер-Нойштадт в 1751 году она открыла Терезианскую военную академию. Придавая большое значение дипломатии, австрийская императрица укрепила союзы с Великобританией, Россией и Францией, что положительно повлияло на экономику страны.
Император Франц I — муж Марии Терезии — скончался 18 августа 1765 года в Инсбруке, куда он приезжал с женой на свадьбу своего сына, эрцгерцога Леопольда. Эта была огромная потеря для Марии Терезии: она так тяжело переживала кончину мужа, что еще пятнадцать лет, до конца своих дней, не снимала траура. Ведь их брак, несмотря на то что император любил приударить за придворными дамами, вызывая ревность Марии Терезии, все же можно было назвать счастливым.
После смерти мужа императрица правила вместе со своим сыном Йозефом II, ставшим императором в двадцать четыре года. По сути, Мария Терезия правила сама, ограничив деятельность сына придворными, финансовыми и военными делами, но даже в этом не давая ему полной самостоятельности. Кстати, Йозефу не повезло с женитьбой — брак его оказался неудачным, да и все дети, умерли в юном возрасте. После ранней кончины жены Йозеф снова женился, однако и в этом браке дети не выживали.
Покидая бренный мир, Мария Терезия оставила свое государство более сильным, со значительно возросшей в Европе репутацией. Энергичная, деятельная и умная, эта женщина обладала большим тактом и обаянием, буквально очаровывая окружающих. «Мало зная сама, она умела окружать себя способными людьми, руководившими ее политикой» — так писал о ней историк Ж. Мишле.