В 1767 году Новиков был в числе молодых людей, которым было поручено ведение протоколов в комиссии депутатов для сочинения проекта «Нового уложения». В 1768 году именным указом он был выпущен из гвардии в армию поручиком с назначением в Муромский пехотный полк Севской дивизии, однако продолжал служить при комиссии. В 1769 году по завершении работы комиссии Новиков вышел в отставку и стал издавать еженедельный сатирический журнал «Трутень», где критиковал крепостное право, коррупцию, несправедливые судебные решения, затрагивая высокие придворные сферы. Но уже в следующем году издание пришлось прекратить под угрозой закрытия. В 1772 году удалось наладить издание другого сатирического журнала – «Живописец». Новиков также издал «Опыт исторического словаря о российских писателях» (1772), серию «Древняя Российская вивлиофика» (1773–1776) – издававшиеся ежемесячно памятники русской истории, а также в серии «Древняя Российская идрография» (1773) – описание Московского государства, составленное при царе Фёдоре Алексеевиче, и другие исторические материалы. В 1778 году издавал журнал «Утренний свет».
С 1779 года Новиков переехал в Москву, где взял в аренду университетскую типографию и издавал «Московские ведомости». За три года он напечатал больше книг, чем вышло в университетской типографии за предыдущие 24 года. Новиков наладил московскую книготорговлю и продавал в год до 200 тысяч экземпляров книг.
В 1781 году Новиков женился на племяннице князя Трубецкого – Александре Егоровне Римской-Корсаковой, которая 10 лет спустя умерла.
В 1785 году вышло распоряжение составить изданиям Новикова опись и передать их на рассмотрение московского архиепископа Платона, который должен был также испытать в вере самого Новикова. В своём донесении он разделил издания Новикова на три разряда: одни считал весьма полезными при бедности нашей литературы; другие, мистические, он, по его словам, не понимал; третьи, составленные французскими энциклопедистами, считал зловредными. О вере Новикова архиепископ писал: «Молю всещедрого Бога, чтобы во всем мире были христиане таковые, как Новиков». Из 460 изданий лишь 23 были признаны «могущими служить к разным вольным мудрованиям». шесть из них как масонские были запечатаны, а 17 запретили продавать.
В 1787 году во время неурожая и возникшего вследствие этого массового голода Новиков помогал крестьянам своего имения Авдотьино и соседних деревень, потратив на это до 50 тысяч рублей.
13 апреля 1792 года московскому главнокомандующему князю Александру Прозоровскому послан был указ расследовать, не печатает ли Новиков, в противность закону, книг церковной печати. 22 апреля в спальню Новикова ворвались гусары и провели обыск, невзирая на то что хозяин был болен. Они перевернули дом вверх дном, но никаких подозрительных книг или писем не нашли. Новикова вытащили из постели, посадили в кресло и перенесли в карету. По указу императрицы его без суда заключили на 15 лет, так как никаких улик против него найдено не было. Новиков просидел лишь 4,5 года и был освобожден по восшествии на престол императора Павла. За время заключения все его имущество было продано с аукциона. Новикову удалось добиться возвращения лишь имения Авдотьино, которое тут же пришлось заложить за неимением средств. Оставшиеся годы больной Новиков прожил там, более никакой общественной деятельностью не занимаясь. Он построил для крестьян четырёхквартирные кирпичные дома, которые называл «домами связи». Такое название было дано, потому что Новиков считал, что цивилизация разрушила былую естественную связь между людьми. Он мечтал возродить связь человека с природой, занимался садоводством, разбил в имении фруктовый сад, много времени проводил в парке. 31 июля (12 августа) 1818 года 74-летний Николай Иванович Новиков умер от инсульта.
Новиков первоначально в 1775 году вступил в елагинскую систему масонства, в ложу «Астрея», но в конце концов предпочел ей систему Райхеля, в которой, как полагал Новиков, «было все обращено на нравственность и самопознание». Он был сразу принят в четвертую степень масонства, поскольку его считали полезным для масонского дела как просветителя. Елагинская система не нравилась Новикову, так как там слишком много ели и пили на заседании ложи, а не работали над собой. Вместе с Райхелем Новиков в 1776 году основал новую ложу, главной задачей которой должно было явиться нравственное совершенствование. Работой новой ложи должно было стать искание света, тогда как в елагинских ложах искали разгадки масонской тайны. «Душа и дух да будут единственными предметами нашими», «величие человеческой личности, его преизящество и благородство», «противодействие модным философам, подобным блеску сусального золота» – так Новиков понимал основные задачи масонов. Он был убежден, что «истинное масонство – в том просвещении, к которому можно прийти, идя по стезям христианского нравоучения», и всю жизнь следовал этому принципу.
Иоганн Георг фон Гердер
(1744–1803)