Монастырь неоднократно разорялся в эпоху Смутного времени, французами в 1812 г., а особенно пришедшими к власти большевиками. Он был закрыт в начале 1920 г., часть территории была отведена под детскую колонию. С 1922 г. здесь прожил оставшиеся два года жизни патриарх Тихон (Белавин), где он и был погребен. Теперь чтимая святыня — рака с мощами святителя Тихона, канонизированного в 1989 г., находится в Малом соборе монастыря. Здесь же чудотворные святыни, списки икон Богоматери — Донской, Феодоровской и Курской Коренной. В 1934 г. монастырь был передан Музею архитектуры, который во многом сумел сохранить его уникальное наследие; сюда свозились фрагменты многих разрушенных московских храмов. В 1946 г. возобновились богослужения в Малом соборе, где также была устроена и мироваренная печь для изготовления мира для всей Русской церкви. В 1991 г. монастырь был передан Московскому Патриархату.
Особой ценностью обладает некрополь Донского монастыря, ставший до революции главным кладбищем для русской знати и богатого купечества. Здесь же нашли упокоение выдающиеся деятели культуры, науки, Белого движения. Сюда же недавно перезахоронили прах А.И. Деникина и И.А. Ильина. И здесь нашел упокоение выдающийся наш современник — писатель А.И. Солженицын.
Новодевичий Богородице-Смоденский монастырь
История основания знаменитого женского монастыря непосредственно связана со Смоленской иконой Божией Матери, во имя которой был возведен главный собор обители. Но задолго до начала этого строительства ему предшествовали многие исторические события.
Дочь литовского князя Софья Витовтовна при замужестве за великого князя Московского Василия I (1389 г.) получила в дар от отца древнюю реликвию — Смоленскую икону Богородицы Одигитрию (Путеводительницу), которая была помещена в иконостас великокняжеского домового Благовещенского собора Московского Кремля. По преданию, написанная святым евангелистом Лукой, икона попала на Русь в 1046 г. из Византии вместе с царевной Анной Мономах, супругой черниговского, а потом киевского князя Всеволода Ярославовича. После его смерти она оказалась у его сына Владимира Всеволодовича Мономаха, который, построив в 1101 г. собор в Смоленске, помещает туда чудотворную икону, получившую название «Смоленской».
Великий князь литовский Витовт, через 15 лет после замужества дочери, несмотря на родственные отношения и отцовскую любовь, отвоевывает град Смоленск у своего зятя, оторвав его надолго от Руси. Уже при Василии II Темном из Польши прибывает коронационное посольство в Москву (1447 г.), по случаю восшествия на трон Казимира IV, в составе которого был смоленский епископ Михаил. Он упросил великого князя Московского милостиво возвратить чтимую икону в родной город, и князь согласился удовлетворить его просьбу. После изготовления списка, оставленного в Москве, икона возвращается в Смоленск (1456 г.), слезно провожаемая многочисленной процессией горожан. Через 58 лет, в 1514 г., великий князь Василий III решает возвратить Смоленск, утраченный его дедом, и дает обет возвести монастырь в честь чудотворной иконы, если удастся взять город, на том самом месте, где Москва простилась с ней. Штурм начался на следующий день после праздника в честь Смоленской иконы Божией Матери, которой долго молились воины о даровании победы над литовцами. Скоро град был сдан на милость победителей. Строительство обещанного монастыря в Москве началось через девять лет на Самсоновом лугу (Девичье поле), прозванного так за печальную память, когда татарские баскаки собирали несчастных девушек, угоняемых в уплату дани в Орду. Монастырь также вошел в оборонительный пояс города, перекрывая подступы к Москве с запада и юга, и контролировавший три важнейшие переправы через Москву-реку: Крымский брод, у Воробьевых гор и у Дорогомилово.
Главный собор обители строился в течение 14 месяцев, освященный в день престольного праздника 28 июля 1525 г. Пятиглавый, шестистолпный храм, возведенный по подобию Успенского собора в Кремле, размерами 21 х 25 м, сохранился до наших дней практически в первозданном виде. Его возведение стало великим символом национального подъема и олицетворением объединительного начала Московского государства. Стены собора были украшены фресковой росписью, дошедшие до нашего времени, а в иконостасе установлен список Смоленской иконы Богоматери. Сам подлинник остался в Смоленске.
Монастырь был назван «Пречистой Одигитрии Новым девичьим монастырем», в отличие от Стародевичьей Вознесенской обители в Московском Кремле.