В 1504 г. при игумене Митрофане, духовнике Ивана III, в Андрониковом монастыре была возведена каменная одностолпная трапезная, третья по величине после Грановитой палаты и трапезной Иосифо-Волоцкого монастыря. Позднее ее переделали. В 1691 г., по желанию царицы Евдокии Лопухиной, первой жены Петра I, к ней пристроили храм в стиле нарышкинского барокко, где на третьем ярусе учредили церковь Святого Алексея-митрополита, а на среднем — церковь Михаила Архангела. Нижний ярус был отведен под фамильную усыпальницу Лопухиных, где упокоились отец и мать царицы, а позднее и многие из ее рода. Тогда же у Святых ворот монастыря поставили настоятельский корпус и отстроили братские корпуса. В 1747–1756 гг. монастырь был обнесен каменными стенами с бойницами и башнями. По проекту архитектора Казакова над Святыми воротами воздвигли новую колокольню (1795–1803 гг.) высотой 73 м, соперничавшую с колокольней Ивана Великого.
Монастырь не раз подвергался разорениям от иноверцев: литовцев в 1368 и 1371 гг., диких татарских орд Тохтамыша, Едигея, Сеид-Ахмета, Девлет-Гирея, поляков в Смутное время. Во время французского нашествия 1812 г. огромный пожар нанес обители также многие невосполнимые утраты: сгорели многие постройки, был уничтожен архив монастыря, полностью выгорел иконостас Спасского собора, а его купол обрушился от огня. Лишь через два года обитель восстановилась. А через тридцать лет Спасский собор был значительно перестроен. В 1846–1850 гг. по проекту архитектора П.А. Герасимова с юга к собору был пристроен придел Успения Божией Матери, а с севера — Святого Андроника. Над собором возвели восьмигранный барабан с шатровым верхом, а закомары и кокошники спрятали под четырехскатнуто крышу. Искаженный переделками собор полностью утратил свой грациозный первоначальный вид, и лишь советские реставраторы вернули ему былую строгость в 1950—1960-х гг.
Монастырь не раз использовался как место заточения. В 1515 г. здесь за «ересь жидовствующих» содержались архимандрит новгородский Серапион и игумен Троице-Сергиевой лавры Иаков. В жаркое лето 1653 г. целый месяц в монастыре содержался под стражей неистовый проповедник старой веры протопоп Аввакум, отправленный потом в Андреевский монастырь на Воробьевых горах.
В XIX в. при Андрониковом монастыре действовали духовное училище и библиотека, а к 1917 г. проживало в нем 17 монахов и один послушник.
После революции монастырь был упразднен и передан в ведение Чрезвычайной Комиссии, где стали содержаться заключенные. В 1922–1928 гг. здесь расположилась колония для беспризорников, а в 1928 г. территория была передана заводу «Серп и Молот», где устроено жилье для рабочих. В это время была уничтожена колокольня монастыря, а также снесен монастырский уникальный некрополь, где были упокоены великий князь Владимирский и Московский Симеон Гордый с сыновьями, находились могилы известных дворянских родов — Толстых, Щербатовых, Баратынских, надгробия погибших во время Северной войны (1700–1721 гг.) и Отечественной войны (1812 г.), многих друзей А.С. Пушкина. Теперь сохранилось лишь два памятника, один из которых посвящен основоположнику русского театра Ф.Г. Волкову.
После Великой Отечественной войны инициативная группа во главе с академиком И.Э. Грабарем обратилась к правительству с просьбой о создании на территории монастыря Музея древнерусской живописи. Разрешение было получено, но лишь к 1960 г. удалось создать Музей древнерусского искусства им. Андрея Рублева, много сделавшего для сохранения культурного наследия. Теперь здесь хранится уникальное собрание иконописи различных школ XIII–XX вв. Здесь же выставлена и чудотворная икона святителя Николая Чудотворца — «Никола Зарайский».
В 1989 г. главная жемчужина Андроникова монастыря, собор во имя Нерукотворного образа Спаса, был передан Московской патриархии и в нем возобновлены церковные богослужения.
Новоспасский монастырь
Первой иноческой обителью в Москве был монастырь, основанный князем Даниилом Московским. Позднее он был переведен Иоанном Калитой в Кремль, пожелавший иметь монастырь рядом со своим дворцом. Но недолго просуществовал Спас-на-Бору в Кремле, помешав уже Иоанну III своими постройками. Крепнувшему государству потребовалось расширение «государева двора», соответствовавшего авторитету державы, и монастырское кладбище под окнами великокняжеского дворца никак не соответствовало новому статусу И тогда обитель Спаса в 1490 г. была переведена на Васильцев стан, на дальние предместья столицы. Это местечко на берегу Москвы-реки было знаменито тем, что здесь в 1445 г. стоял со своей ратью Василий II Темный, готовый выступить против татарского хана Улу-Махмета, основателя Казанского ханства. По своему новому расположению монастырь стал называться Спас на Новом, или Новоспасским монастырем.