Хутор очень приглянулся польскому шляхтичу подстаросте Чаплинскому. Как-то во время отсутствия Хмельницкого Чаплинский напал на Суботов, разграбил его, приказал высечь 10-летнего сына Хмельницкого (после чего тот вскоре умер). Эти события ускорили кончину долго болевшей жены Богдана. Попытки Хмельницкого найти правду в суде вызывали у поляков только насмешки. Обращение к королю тоже ни к чему не привело, правда, тот высказал удивление, почему казаки, имея оружие, не защищают своих прав. В общем, насилие оказалось безнаказанным. Вот тогда, возвратившись из Варшавы, Хмельницкий и решил прибегнуть к оружию. Он тайно собрал казаков (до 30 человек) и стал с ними советоваться, как воспользоваться королевской грамотой, восстановить привилегии казаков, права православной церкви и оградить народ от своеволия польской шляхты. Возбужденные этим, казаки провозгласили Хмельницкого гетманом (от чего он тогда отказался) и согласились с его предложением начать переговоры с татарами, чтобы склонить их к союзу против Польши. Один из участников сходки, сотник Роман Пешта, донес об этом коронному гетману Потоцкому, и тот приказал арестовать Хмельницкого. Но Чигиринский полковник Кричевский, надзиравший за арестованным, освободил его, и он бежал, прибыв в декабре 1647 г. вместе с сыном Тимофеем в Запорожскую Сечь.
Вскоре Хмельницкий отправился в Крым к хану Ислам-Гирею и рассказал ему о планах польского короля в отношении Турции. Хан и без того был зол на короля, не получая уже несколько лет из Польши обычных денег, которые поляки называли подарками, а татары считали данью. Теперь у татар появился благовидный повод к приобретению добычи. Сам хан не решился на открытое выступление против Польши, но приказал перекопскому мурзе Тугай-бею (у того было 4 тыс. конников) идти вместе с казаками, не объявляя формально войны Польше. Между тем казаки, переодетые то нищими, то богомольцами, ходили по городам и селам, подбивая народ на восстание. 18 апреля Хмельницкий вернулся на Сечь, оставив заложником в Крыму сына Тимофея. Казаки избрали его старшим Войска Запорожского. Гетманом он стал называться позднее. К нему, по словам современника, стекалось «все, что лишь живо».
1648-1649 гг. были самыми удачными в полководческой биографии Хмельницкого. 22 апреля десятитысячное войско (включая татар) выступило из Запорожья и, обойдя крепость Кодак, подошло к урочищу Желтые Воды. Коронный гетман Потоцкий, не дожидаясь сосредоточения всех своих сил, отправил по суше против Хмельницкого четырехтысячный отряд под командованием своего сына Стефана и реестровых казаков по Днепру. «Стыдно, – говорил он, – посылать большое войско против какой-то презренной шайки безродных хлопов». Реестровые казаки между тем взбунтовались, перебили верную полякам старшину и под руководством Филона Джалалия присоединились к Хмельницкому. 6 мая они разгромили польский обоз и отрезали поляков от воды. За выдачу пушек Хмельницкий клятвенно пообещал отпустить их, но когда поляки, отдав пушки, стали уходить, на них напал Тугай-бей с татарами. Разгром был ужасен. Умер от ран Стефан, многие шляхтичи попали в плен. 16 мая произошло сражение у Корсуня, где сошлись казаки и польские войска под командованием коронного гетмана Потоцкого и польного гетмана Калиновского. По его приказу пути возможного отступления поляков были перекопаны глубокими рвами, завалены срубленными деревьями. Кроме того, Хмельницкий подослал к ним казака Галачана, который вызвавшись стать проводником, завел поляков в лесную чащу и дал возможность Хмельницкому истребить польское войско. Оба гетмана попали в плен и были отданы татарам для получения выкупа.
Эти победы вызвали всеобщее восстание в Украине. Крестьяне и мещане начали массами устремляться к Хмельницкому или, образуя партизанские отряды, захватывать города и замки с польскими гарнизонами. Гетман литовский Радзивилл так описывал происходящее: «Не только казаки подняли бунт, но и все наши подданные на Руси к ним пристали… и чем далее, тем больше прибывает к ним русских хлопов». Началась резня. Не было пощады польским шляхтичам, католикам и даже украинским шляхтичам, не присоединившимся к восстанию. А заодно было вырезано до 150 тыс. евреев.