Между тем, для папства новый век начался с кризиса. Открылся он одним из самых противоречивых понтификатов в истории Римской церкви: глава Католической церкви Бонифаций VIII, объявив 1300 год юбилейным, провозгласил всемирное превосходство папства над всеми королевствами и подверг гонениям «францисканцев-спиритуалов». Лично втянутый в разного рода политическую борьбу того времени, он сошелся в жестокой схватке с Филиппом Красивым Французским, чей канцлер в 1303 году заключил Папу под стражу и тяжко оскорбил его. Вскоре после перенесенного бесчестья Бонифаций умер. Несколько лет спустя Филипп Красивый добился от нового Папы француза Климента V уничтожения ордена тамплиеров (чье имущество король присвоил себе) и перемещения папской резиденции во французский город Авиньон.
«Авиньонское пленение» (1309-1377) станет для папства временем сильной зависимости от французской короны и как реакции на нее — сосредоточенности на себе. Папский двор становится сложнейшей и жесткой бюрократической машиной. Он нетерпим ко всему, что не соответствует латинским юридическим канонам, и стремится восстановить свое влияние на христианском Востоке путем мощного экспансионизма.
Именно в этот период папа Иоанн XXII учредил католическую миссию в Великой Армении. Вначале сюда направили францисканцев. Затем, из-за внутренней борьбы в ордене и из-за осложнений с церковной иерархией в связи со «спиритуалами», францисканцев сменили доминиканцы — братья-проповедники, которые проводили политику гораздо более агрессивного прозелитизма и имели успех, особенно в Нахичеване. В 1330 году был создан как ветвь доминиканцев армянский католический орден братьев-объединителей —
Братья-объединители стали переводить на армянский язык и распространять среди верующих труды по латинской теологии. Они проповедовали и писали, и, на первых порах, поддерживали, в целом, добрые отношения с иерархами Армянской церкви. Однако с годами они начали навязывать своим новообращенным латинский обряд, призывать армян отказаться от своих традиций; они выражали сомнение в действенности таинств, преподаваемых народу армянским духовенством, и перекрещивали верующих, которые хотели присоединиться к Римской церкви.
Чтобы придать новый, более сильный импульс объединению с Римом, католические миссионеры стали тенденциозно истолковывать историю обращения Армении. Они подчеркивали и символически интерпретировали приход Григория Просветителя в Рим перед его проповедью христианства на родине. Порой они сознательно прибегали к обману. Примером этого служит широко известное «Послание о дружбе и единстве между великим Кесарем Константином, Верховным Понтификом св. Сильвестром, Тиридатом, царем Армянским и св. Григорием, Просветителем армянского народа, писанное в лето Господне 316» — средневековая подделка, призванная доказать подчиненность армян Риму во времена крещения царя Трдата.
Виднейшие армянские епископы и монахи были крайне возмущены таким поведением католиков. Те, кто прежде высоко ценил богословские знания братьев-объединителей, решительно выступили против них. Исайя Нчеци обвинил своего бывшего ученика Иоанна Кернаци в том, что он смущает души армянских верующих. Сопротивление действиям братьев-объединителей и их стремлению к латинизации Армянской церкви сосредоточилось вокруг вардапета Григория Татеваци (1346-1410).
Григорий был человеком широко образованным; он составил философскую энциклопедию, написал толкования на Священное Писание и на некоторых греческих философов, а также обширный сборник проповедей. При нем монастырь в Татеве достиг высокого духовного и культурного уровня; Григорий воспитал целое поколение образованных монахов, ревностных защитников национальной самобытности Армянской церкви, способных представить убедительные аргументы при обсуждении вопросов, которые поднимали братья-объединители.
Через несколько лет после того, как объединители начали активно проповедовать, напряженность в отношениях между их сторонниками и противниками достигает такой остроты, что не только католикос Иаков, но и сам Бартоломео да Поджо, и даже папа Иоанн XXII призывают стороны к примирению.
В 1336 году Иоанн Кернаци написал трактат