Когда государь узнал о побеге сына, он направил на его поиски своего сподвижника П. А. Толстого. Толстой задачу выполнил, и 31 января 1718 г. Алексея Петровича с Евфросинией Федоровной доставили в Москву. Здесь Алексей Петрович отрекся от престола в пользу сводного брата, царевича Петра Петровича. Затем государь потребовал от сына выдать своих сообщников. Началось следствие по делу царевича Алексея. В марте 1718 г. царский двор переехал в Петербург, и там следствие продолжилось. В результате открылся заговор против государя. Заговорщиков казнили. Верховный суд из генералитета, сенаторов, членов Синода и офицеров гвардии, назначенный государем, также приговорил Алексея Петровича к смертной казни. 26 июня 1718 г. царевич Алексей Петрович скончался в Трубецком бастионе Петропавловской крепости при невыясненных обстоятельствах.
После смерти царевича Алексея Петровича государь забрал его детей в царский дворец, а дворец Алексея Петровича перешел в дворцовое ведомство. Со временем дворец превратился в здание для хозяйственных нужд царского двора. Автор книги «Описание Санкт-Петербурга 1749–1751» А. И. Богданов отметит: «Дворец Бывшей Государя Алексея Петровича, называемой Дворец Царевичев, в котором ныне варят про Дом Ея Императорского Величества меды, квасы, полпива и прочее; строен из мазанок». То есть к тому времени дворец будет перестроен под производственное помещение для приготовления различных напитков, подаваемых к царскому столу.
Федор Матвеевич Апраксин
Письмом от 7 марта 1712 г. государь потребовал от находившегося в Азове генерал-адмирала графа Федора Матвеевича Апраксина прибыть в Петербург. Летом того же года 50-летний граф прибыл на берега Невы. Он принял главное начальство над отвоеванными у шведов провинциями – Эстляндией, Ингерманландией и Карелией.
Это был представитель старинного дворянского рода, который возвысился после того как сестра Федора Матвеевича Марфа Матвеевна вышла замуж за государя Федора Алексеевича, сводного старшего брата царя Петра I. С 1681 г. Федор Матвеевич состоял комнатным стольником при Федоре Алексеевиче, а после его кончины поступил в том же звании к юному царю Петру. Находясь при нем, он участвовал в потешных забавах юного царя в селах Преображенское и Семеновское, где Петр создавал будущие гвардейские полки. Это предопределило его дальнейшую судьбу – он стал сподвижником Петра Великого.
В 1693 г. государь назначил его двинским воеводой и архангельским губернатором, называя его «мейн герр губернатор Архангел». В этом звании Апраксин руководил постройкой первого казенного торгового корабля на Соломбальской верфи, ведь Архангельск в то время был единственным торговым портом России. После постройки торгового судна Апраксин снарядил его российскими товарами и отправил за границу, чем доставил большую радость государю.
В 1696 г. Федор Матвеевич принял участие в Азовском походе русской армии, результатом которого стало взятие крепости Азов и создание российского военно-морского флота с базой в этой крепости. Ближайшим к Азову центром судостроения была Воронежская верфь, руководить которой государь поручил Апраксину, произведя его в полковники. В 1700 г. Федора Матвеевича назначили главой Адмиралтейского приказа и губернатором крепости Азов. До 1706 г. он проводил почти все время попеременно то в Азове, то в Воронеже, где у него был собственный дом, то на Азовском море, где обследовал фарватер. При этом основал город Таганрог, построил верфь в Таврове и пушечный завод в Липцах. С 1706 г. управлял Оружейным и Ямским приказами, а также Монетным двором.
В 1708 г. Апраксин прибыл на Балтику, где в сентябре и октябре успешно оборонял Петербург от нападения шведских войск под командованием генерала Г. Либекера. За это он получил графский титул, в его честь выбили медаль. В 1710 г. командовал войсками, которые содействовали взятию Выборга, за что пожалован знаками ордена Андрея Первозванного.
После Прутского похода, по заключении мира с турками, Федор Матвеевич вновь вернулся в Азов. На сей раз ему пришлось уничтожать все, что было сделано им с такими усилиями пять лет назад, – разрушить крепость и уничтожить корабли. Азовский флот в соответствии с мирным русско-турецким договором подлежал уничтожению. После этого Апраксин и прибыл в Петербург, где принял начальство над сухопутными войсками, назначенными для действий в Финляндии. Государь, находившийся тогда в Карлсбаде, отправил в Сенат указ от 30 октября 1712 г., где говорилось: «Понеже для важных дел приедет к вам господин адмирал, по которого предложению неотменно все исправьте, понеже зело нужно».
В 1712 г. Апраксин во главе армейского корпуса предпринял поход в Финляндию. В 1713 г., используя Галерный флот, захватил города Борго и Гельсингфорс, чем лишил противника маневренной базы в Финском заливе. Затем силами армейского корпуса разгромил войска шведского генерала Армфельдта при реке Пялькане.