В июле 1714 г., командуя Галерным флотом, Апраксин у полуострова Гангут (Ханко) одержал победу над шведским флотом под командованием контр-адмирала Эреншельда. После этой победы Балтийское море перестало быть «шведским островом». Государь повелел в честь этой победы выбить специальную медаль и построить в Петербурге храм у Фонтанки (Пантелеймоновская церковь). Однако для Апраксина радость победы омрачилась обвинениями в растрате казенных средств в период похода, хотя он был невиновен. Государь подверг его штрафу за злоупотребления подчиненных ему лиц. Позже, желая вознаградить Апраксина за эти потери, государь в 1716 г. подарил ему поместья, оставшиеся после смерти его сестры царицы Марфы Матвеевны.
В конце 1717 г. Федора Матвеевича назначили президентом вновь учрежденной Адмиралтейств-коллегии. Эту должность он занимал до конца жизни. В этом же году он получил звание сенатора.
В 1719 г. Апраксин сопровождал государя на Олонецкие минеральные воды. Его назначили ревельским губернатором, и в этом звании он, начальствуя Галерным флотом, из Аландских шхер перешел в Стокгольмские, высадил десант на берег Швеции, произведя разорение на всем протяжении от Гевеля до Нючёпинга, угрожая самому Стокгольму, к которому русские войска подойдут на 15 верст.
В 1720 г. Апраксин руководил укреплением Кронштадтской крепости и вооружением корабельного флота, во главе которого стал выходить в море, держа флаг на корабле «Гангут». После заключения Ништадтского мира Апраксин получил разрешение от царя носить на этом корабле кайзер-флаг.
В 1722 г. Федор Матвеевич принял участие в персидском походе, командуя морскими силами Каспийского моря. После возвращения в Петербург он возглавил Балтийский флот, который к тому времени состоял из 24 линейных кораблей и пяти фрегатов. Во время торжественного вывода на Котлинский рейд петровского ботика («дедушки российского флота») 11 августа 1723 г. генерал-адмирал Апраксин занял в экипаже почетное место.
В самом начале 1725 г. Апраксин посетил смертельно больного государя Петра Алексеевича, и тот напутствовал его на проведение экспедиции через Ледовитое море к далеким камчатским берегам. Экспедиция под руководством капитан-командора Беринга вскоре отправилась в путь.
После смерти государя Федор Матвеевич продолжил командовать Балтийским флотом и пользоваться влиянием. 21 мая 1725 г. он присутствовал на свадьбе царевны Анны Петровны с герцогом Голштинским в качестве посажёного отца невесты. Новая императрица Екатерина I даровала ему 30 августа 1725 г. орден Александра Невского.
В 1726 г. Федора Матвеевича назначили во вновь учрежденный Верховный тайный совет, который фактически руководил государством.
В 1727 г., тяготясь разгоревшимися дворцовыми интригами, граф Апраксин отошел от государственных дел и переехал в Москву, где скончался в возрасте 67 лет. Его похоронили в Златоустовском монастыре.
В 1712 г. генерал-адмирал Федор Матвеевич Апраксин перестроил свой деревянный дом в каменный двухэтажный. Его деревянный дом построили в июне – июле 1705 г. на берегу Невы, в северо-западном углу нынешнего Зимнего дворца. Выбор места строительства соответствовал нормам «фортификационной эспланады», то есть допустимому расстоянию между стенами Адмиралтейской крепости и объектами городской застройки, которое составляло не менее 200 саженей. С южной стороны к дому Апраксина примыкал дом олонецкого коменданта И. Я. Яковлева, руководившего возведением Адмиралтейской верфи и заготовкой материалов для строительства самой крепости-верфи и морских судов. После смерти Яковлева в 1707 г. его участок занял А. В. Кикин.
Каменный дом, построенный в 1712 г. Апраксиным по проекту Доменико Трезини по соображениям пожарной безопасности, недолго удовлетворял хозяина в плане комфорта. Приехавший в 1716 г. в Петербург знаменитый архитектор Ж.-Б. Леблон в ноябре того же года согласится сделать проект двухэтажного дворца Апраксина «на французский манер». Строительство закончилось к 1723 г. Специально для нового дворца Апраксин заказал римским художникам несколько новых картин, а в Гааге оригинальные водостоки в виде змеиных голов. При дворце построили два больших флигеля, разбили прекрасный сад, устроили оранжерею и галерею, где можно будет принимать гостей в хорошую погоду на свежем воздухе.
Ф. В. Берхгольц в своем «Дневнике» отметил, что дворец Апраксина «самый большой и красивый во всем Петербурге, притом стоит на Большой Неве и имеет очень приятное местоположение… Дом весь меблирован великолепно и по последней моде, так что и король мог бы прилично жить в нем…».
Дворец Апраксина, или, как его еще называли, «Адмиральский дом», обозначил красную линию застройки Верхней набережной, или Набережной линии, как тогда именовалась нынешняя Дворцовая набережная. Здесь селились царские любимцы – С. В. Рагузинский, П. И. Ягужинский, Г. П. Чернышев, К. Н. Крюйс, И. Д. Олсуфьев и Броун.