Помимо этого, Я. В. Брюс неоднократно предупреждал дьяков и подьячих Приказа о возможных печальных для них последствиях в случае обнаружения в их среде случаев казнокрадства и принятия ими доли в казенных подрядах. Однако его сотрудники эти предупреждения проигнорировали.
Летом 1713 г., когда обер-комиссар Зыбин еще находился в Петербурге, а генерал-фельдцейхмейстер Брюс – в действующей армии, Приказ артиллерии подвергся фискальной проверке. 28 июня 1713 г. в помещения Приказа ворвались фискалы с солдатами, опечатали ящики с документами, амбары с материальными ценностями и арестовали часть старослужащих сотрудников. Затем в Расправной палате начался ежедневный допрос с пристрастием.
Розыск о хищениях и злоупотреблениях в Приказе артиллерии продолжался несколько лет. Его возглавил адъютант государя майор лейб-гвардии Преображенского полка Андрей Иванович Ушаков – будущий глава Канцелярии тайных розыскных дел. А через два года появится еще один донос на служащих Приказа артиллерии. В итоге часть подьячих была подвергнута штрафу, другая часть – телесным наказаниям, третья лишилась должности. Один из подьячих, Иларион Докукин, видимо, тронулся умом и стал открыто выступать против лишения царевича Алексея Петровича права на престол. Результатом этих выступлений стало его колесование в феврале 1718 г. на Красной площади в Москве. Дьяки Приказа сохранили свои должности.
Между тем в начале 1713 г. государь отправил из Петербурга Я. В. Брюсу письмо, где было сказано:
«Понеже здесь всем делами заводиться надо, где и ваша артиллерия имеет быть, того ради половину мастеровых людей немедленно вышли сюда… и сам к празднику приезжай».
Таким образом, Я. В. Брюс переселился на постоянное место жительства в Петербург и Приказ артиллерии в Москве лишился его личного присутствия.
В Петербурге Брюс на базе своей Походной артиллерийской канцелярии создал Санкт-Петербургскую артиллерийскую канцелярию, в итоге Приказ артиллерии утратил свое прежнее значение. В его ведении остались только московские учреждения – три Пушечных двора, Деловой двор, Лаборатория, склады и Оружейный завод в Туле. В ведение Санкт-Петербургской артиллерийской канцелярии вошли Литейный дом, Старый и Новый пушечные дворы, Оружейный двор, Пороховые заводы, Лаборатория, склады и Колесная слобода в Сольцах. Такое положение сохранилось до окончания Северной войны.
В соответствии с утвержденным государем Уставом воинским 1716 г. обязанности генерал-фельдцейхмейстера определены следующим образом: «…глава артиллерии называется генерал-фельдцейхмейстер, который от главного или от шефа войска зависит, и должен он полную и подлинную роспись иметь всем вещам и особам, которые при артиллерии обретаются. Також де надлежит ему знать по намерению государя своего и состоянию войска, какие и сколько пушек, також де амуниции и припасов на весь поход потребно…»
Артиллерийская школа
В подчинении генерал-фельдцейхмейстера Я. В. Брюса, помимо Санкт-Петербургской артиллерийской канцелярии и Приказа артиллерии, находился также Артиллерийский полк. В марте 1712 г. при этом полке, находившемся в то время в Петербурге, создана Артиллерийская школа. Начальником школы стал командир полка генерал-майор Иван Яковлевич Гинтер.
Уроженец Данцига Иоганн фон Гюнтер служил «в пушкарях и бомбардирах» в армии Голландии. В 1698 г. произошла его встреча с русским государем, находившимся в Нидерландах, который пригласил Иоганна и его родного брата Якоба к себе на службу «быть первыми бомбардирами и огнестрельными мастерами». Ознакомившись с условиями контракта (24 рубля жалованья в месяц), братья подписали его.
В России, на службу которой он поступил в чине артиллерийского капитана, Иоганн фон Гюнтер стал именоваться Иваном Яковлевичем Гинтером и под этим именем вошел в ее историю. Начал он службу в Бомбардирской роте Преображенского полка, который с 22 августа 1700 г. стал именоваться лейб-гвардией. Служил Гинтер исправно и за Нарвский поход 1700 г. получил чин артиллерийского майора, а за взятие Нотебурга (ныне Шлиссельбурга) в 1702 г. – подполковника артиллерии. Дальнейшие участия в сражениях при взятии Ниеншанца, Нарвы, Митавы принесли ему чин артиллерийского полковника, а командование полевой артиллерией в армии Б. П. Шереметева на Украине и сражения при Головчине и Лесной – чин генерал-майора от инфантерии, пожалованный в 1708 г.