Звонок Н.Г. Кузнецова ненамного опередил телеграмму, она прибыла в 1:03. Уже с весомым документом на руках начальник штаба флота появился на командном пункте. В 1:15 по Черноморскому флоту была объявлена готовность № 1. На практике это означало необходимость вызова всего личного состава на корабли и части. Поначалу осуществлялся скрытый сбор с помощью посыльных. За командующим флотом была послана машина на дачу. Очевидно, это было одним из последствий второй директивы Н.Г. Кузнецова-, призывавшей «тщательно маскировать повышение боевой готовности». Однако скрытый сбор протекал слишком медленно, и в 1:55 И.Д. Елисеев берет на себя ответственность и объявляет «большой сбор». Ни о какой скрытности речи уже не было: загудели сирены кораблей и судоремонтного завода, загремели сигнальные выстрелы береговых батарей. Для находящейся в глубоком тылу базы это было вполне допустимым решением. Для маскировки Севастополя от воздушного противника были приняты куда более радикальные меры: последовало распоряжение отключить рубильники городской электростанции. Мрак ночи прорезали только вспышки одного из маяков. Связи с ним не было, и на маяк отправили мотоциклиста.
Кромешная темнота скрывала суету сотен людей на кораблях и в городе. Корабли принимали снаряды, торпеды и другие припасы. Артиллеристы береговых батарей и зенитчики готовили орудия к открытию огня боевыми снарядами. К 3:00 о переходе в полную готовность доложил 61-й зенитный полк, четыре дивизиона береговой обороны и одна из эскадрилий 32-го истребительного авиаполка. Хотя прошло уже больше часа с момента объявления «большого сбора», готовность большинства кораблей запаздывала.
Времени на размышления уже не оставалось. К Севастополю подходили бомбардировщики «Хей-нкель-111» из состава II группы 4-й бомбардировочной эскадры Люфтваффе. Их было меньше десятка, от пяти до девяти, по разным данным. Некоторые самолеты из-за затемнения цели просто не нашли. Разумеется, выделенных для удара по Севастополю сил немецкой авиации было недостаточно для погрома, подобного устроенному 7 декабря 1941 г. в Перл-Харборе даже с учетом разницы в размерах флотов. У немецких ВВС в тот момент были куда более важные задачи на сухопутном фронте, и пытаться уничтожить советские корабли было бы просто безумием. Советский ВМФ был все же куда менее опасен, чем многочисленные самолеты приграничных округов. Немецкое командование поставило перед летчиками задачу напугать противника, а не нанести уже первым ударом непоправимый ущерб. Вместо бомб «Хейнкели» несли мины, которые нужно было сбросить на выходе из Северной бухты. Для усиления психологического эффекта использовались парашютные мины LMB, а не беспарашютные ВМ-1000. Т.е мины сбрасывались так, чтобы их видели. Расчет, что их увидят, оправдался: от постов СНиС поступило множество сообщений о парашютистах. Затемнение существенно дезориентировало немецких пилотов, и две мины были сброшены на сушу. В 3:48 и 3:52 они самоликвидировались. Среди жителей города появились первые жертвы.
О том, что на город и гавань были сброшены мины, а не парашютисты или бомбы, в штабе флота догадались очень быстро. Уже в 4:35 командующий флотом Ф.С. Октябрьский приказал провести траление в бухтах и на выходном фарватере. Однако результат был разочаровывающим и даже пугающим: никаких мин обнаружено не было. Дело в том, что траление проводилось в расчете на обнаружение обычных якорных контактных мин, а немцами были сброшены неконтактные магнитные мины. Они взрывались под воздействием магнитного поля корабля. Более того, мины оснащались приборами срочности и кратности, т.е. могли взводиться не сразу, а через несколько суток и сработать не под первым кораблем, который над ними проплывал. Хуже всего было то, что у советского флота в первые дни войны просто не было тралов, способных бороться с новейшими минами противника. Первая трагедия произошла уже 22 июня. В 20:30 в Карантинной бухте подорвался и затонул буксир СП-12, прибывший туда в поисках якобы сбитого зенитчиками самолета. Из состава экипажа буксира погибли 26 человек, а спаслись всего 5. Подарок в лице упавшей на сушу, но невзорвавшейся мины попал в руки советских специалистов 24 июня. Тогда последние сомнения относительно типа примененных противником мин рассеялись.
Минное оружие занимало важное место в планах обеих сторон. В 6:00 22 июня Н.Г. Кузнецов отдает командованию Черноморского и Балтийского флотов распоряжение: «Приказываю произвести оборонительные минные постановки». Если для Балтийского флота это было вполне традиционное мероприятие, имевшее место в 1914 г., то минные постановки на Черном море вызывают неоднозначные оценки. Скорее всего, имела место инерция предвоенных планов, предполагавших ввод на черноморский ТВД итальянского флота. Никакой корректировке сообразно последним событиям на Средиземном море эти планы
Немецкие солдаты вламываются в крестьянский дом.