Под властью Птолемеев Кирена оставалась до 96 г. до н. э., после чего вошла в состав Римской империи, а в 74 г. до н. э. стала центром провинции Киренаика. Римский период в истории Кирены стал наиболее мирным и спокойным. Сюда переселилась некоторая часть иммигрантов из Италии, а часть киренских греков получила римское гражданство. На средства императора Августа в городе был построен новый храм Зевса (с точной копией известной статуи Зевса Олимпийского работы Фидия), другие императоры также не скупились на щедрые подарки. II столетие н. э. стало вторым периодом расцвета города. Мирная жизнь была ненадолго прервана в правление императора Траяна, в 115 г., когда еврей по имени Лукуас объявил себя мессией и поднял восстание. В Кирене к тому времени сложилась крупная еврейская община. При императоре Веспасиане (73 г. н. э.) среди киренских евреев уже были волнения, но восстание 115–117 гг. оказалось намного серьезней. Его подавление привело к значительным разрушениям в городе и гибели многих сотен людей.
В Кирене довольно рано появилась и христианская община. Уроженец Кирены, Симон Кирениянин, упоминается уже в Новом Завете: он нес крест Христа (см., например, Мк. 15, 21). Кирена – родина философа Синезия, уже в зрелом возрасте принявшего крещение и ставшего в 410 г. епископом Птолемаиды. Археологические раскопки в городе и окрестностях выявили остатки множества христианских церквей; некоторые из них были богато украшены.
Хотя из-за появления новых крупных коммерческих центров на побережье Северной Африки – в первую очередь Александрии и римского Карфагена – обороты киренских купцов значительно уменьшились, Кирена и ее порт Аполлония сохраняли свое важное экономическое значение вплоть до катастрофического землетрясения 262 г. После этого бедствия император Клавдий II восстановил Кирену переименовав ее в свою честь – Клавдиополис, однако начавшийся упадок города был уже необратим. Новое разрушительное землетрясение, произошедшее в 365 г., окончательно подвело черту под тысячелетней историей Кирены. В конце IV столетия начались набеги кочевых племен пустыни на Киренаику и Триполитанию. Большинство жителей покинуло ставший небезопасным город. Уже в IV в. Аммиан Марцеллин описывал Кирену как почти опустевшую, а в следующем столетии упоминавшийся выше епископ Синезий говорит о ней как об обширных развалинах, находящихся во власти кочевников. Точку в истории Кирены поставило вторжение арабов в 643 г. Окончательно разрушенный город после этого уже никогда не восстанавливался.
Ныне на руинах Кирены располагается небольшое ливийское селение Шахат. Много лет учеными из разных стран здесь ведутся археологические раскопки, позволившие во многом воссоздать судьбу древнего города.
Руины Кирены занимают территорию приблизительно 1 × 1,2 км. Ее храмы, агора, гимнасий и театр были первоначально смоделированы по образцу аналогичных построек в греческих Дельфах. В самом центре города, на агоре, расположена гробница легендарного Батта, основателя Кирены. Когда-то ее окружало множество прекрасных памятников и храмов. До наших дней уцелело несколько великолепных мраморных статуй, выделяющихся своей белизной на фоне золотисто-коричневого камня, из которого сооружены основные постройки города. В их числе – две статуи богинь изобилия, когда-то украшавших храм Деметры и Коры, а также статуя крылатой богини победы Ники, воздвигнутая в память о морской победе Птолемеев в III столетии до н. э.
В римскую эпоху общественный центр города переместился на форум. Форум Кирены имеет поистине гигантские размеры – 96 × 85 м, и, лишенный сегодня некогда украшавших его построек и статуй, выглядит еще большим. Во II столетии до н. э. Птолемей VIII построил на этом месте гимнасий – площадь для спортивных состязаний, а в I в. н. э. римляне преобразовали его в форум. В его центре высился храм, а на противоположной стороне – базилика, где заключались торговые сделки и устраивались судебные заседания.
Одна из главных достопримечательностей Кирены – храм Аполлона, бога-покровителя города. Он был первоначально построен уже в VII столетии до н. э., но в IV в. до н. э. был разрушен землетрясением. Восстановленный храм был повторно разрушен во время еврейского восстания 115 г. н. э. Приблизительно в 50 м от храма сохранился священный источник Аполлона, вода которого считалась целебной. Здесь до сих пор можно видеть каменные ванны для пациентов, приезжавших сюда для лечения. Храмовая статуя Аполлона, играющего на лире, ныне экспонируется в Британском музее в Лондоне.
Ансамбль храма Аполлона в конце I в. н. э. пополнился римскими термами, известными как термы Траяна. Вода сюда поступала из источника Аполлона. Водопровод римских времен сохранился до наших дней, и вообще здание терм находится в прекрасном состоянии. К числу других памятников античной Кирены принадлежат храм Деметры и храм Зевса (последний был преднамеренно поврежден по приказу ливийского диктатора Муаммара Каддафи в 1978 г.).
Руины храма Аполлона