В сентябре 1944 года фирма Хитачи разработала вариант учебного самолета на базе модификации A6M5. Первый прототип был готов в марте 1945 года. До конца войны успели построить только семь экземпляров машины A6M5-К. На самолеты A6M5-К устанавливали двигатели Сакаэ-21.
В мастерских Кокоике Кокутай несколько самолетов A6M2-К переделали в самолеты-буксировщики воздушных целей. Заднюю часть фонаря сняли, и на ее место установили гак. для буксирования мишеней. При старте самолета мишени находились в свернутом состоянии под крыльями. Набрав высоту, инструктор выпускал мишени, которые крепились к длинным тросам, позволявшим самолету держаться на достаточном расстоянии от мишеней. При посадке мишени отстреливались. Количество самолетов, переделанных подобным образом, точно не известно.
В конце войны большинство учебных самолетов передали пилотам-камикадзе.
Следует упомянуть еще об одной модификации самолета A6M «Зеро» – об одноместном гидросамолете. История появления гидросамолета на базе «Зеро» была нетипична. Осенью 1940 года Штаб морской авиации выдал техническое задание 15-Си на одноместный гидросамолет. предназначенный для поддержки японских войск при отсутствии аэродромов (десантные операции, действие в районе маленьких островков и атоллов). Техническое задание выдали фирме Каваниси, которая было начала работы над заказанным гидросамолетом, получившим обозначение морской 15-Си экспериментальный гидросамолет-истребитель Кёфу (в дальнейшем обозначение сменили на N1К1 Кёфу. союзники называли этот гидросамолет «Рекс»/»Rex»). Вскоре выяснилось, то Каваниси «не тянет» столь сложный проект, поэтому разработку гидросамолета передали Накадзиме. которая в это время разворачивала лицензионный выпуск A6M2. Поэтому в качестве основы для будущего гидросамолета и был выбран «Зеро». В феврале 1941 года инженеры Ниитаке и Тадзима приступили к выполнению заказа (пересмотренное техническое задание 16-Си). Рабочее название будущего гидросамолета было AS-1. а затем морской 16-Си экспериментальный гидросамолет-истребитель (A6M2-N). Планер и двигатель самолета остались практически без изменения. Несколько увеличили площадь хвостового оперения, чтобы обеспечить достаточную маневренность самолета с большим поплавком. С машины сняли шасси, включая посадочный гак. отверстия заделали стальным листом. Оконечности крыльев не складывались. Под фюзеляжем разместили большой центральный поплавок, который крепился к корпусу самолета посредством большой профилированной опоры и двух V-образных раскосов. В передней опоре разместили воздухозаборник маслорадиатора. сам маслорадиатор также перенесли в опору. В главном поплавке расположился большой топливный бак. топливопроводы проходили все по той же передней опоре. Под крыльями разместили два свободнонесуших поддерживающих поплавка. Вооружение осталось прежним: две пушки и два пулемета. Первый из четырех прототипов поднялся в воздух 8 декабре 1941 года, в день налета на Перл- Харбор (Япония и Перл-Харбор лежат в разных часовых поясах, поэтому в Перл- Харборе было еще 7 декабря). Испытания прошли успешно, и 2 июля 1942 года гидросамолет приняли на вооружение под названием морской Тип 2 гидросамолет-истребитель модель 11 – Ни-Сики Суйдзё Сентоки (коротко Ни-Сики Суйсен или A6M2-N модель 11) и начался его серийный выпуск.
Несмотря на сравнительно большой взлетный вес и большое лобовое сопротивление, гидросамолет был на удивление быстрый и маневренный. Союзники присвоили ему идентификационный код «Руфь» («Rufe»). На заводе Накадзимы в Коидзуме за годы войны построили 4 прототипа и 327 серийных экземпляров этой машины.
Окраска и опознавательные знаки самолетов Мицубиси A6M