Первые серийные A6M2 использовались в Китае, и благодаря минимальным потерям более года использовались в заводской окраске. В дальнейшем возникла необходимость перекрасить самолеты, поскольку более светлые пятна новой краски, которую накладывали вместо сошедшей старой, создавали определенную путаницу. Поэтому у всех самолетов была перекрашена задняя часть фюзеляжа до середины Хиномару (так назывался государственный герб Японии – символ Восходящего солнца). Так появилась характерная двухцветная окраска некоторых первых A6M2. Когда возникла необходимость подновить заводскую окраску, то из-за отстутствия оригинальных красителей использовали бесцветный лак, который придал самолетам более темный и несколько смолисто-коричневый оттенок. Достоверно известно, что подобные методы уже не применялись после 1942 года.
Уже во время боев за Соломоновы острова (осень 1942 года), когда Япония постепенно начинала терять превосходство в воздухе, появилась необходимость ввести для «Зеро» защитный камуфляж. В частях верхние и боковые поверхности истребителей покрывали темно-зеленым цветом. Обычно это был цвет, уже применявшийся на флоте (примерно FS *4062), однако не исключалась возможность использовать трофейные американские или*голландские краски. Многое зависело и от личного «вкуса» людей, проводивших камуфлирование самолетов. Поэтому камуфляж машин колебался в значительных пределах, как по типу примененных красок, так и по типу самого камуфляжа. Одни самолеты были целиком перекрашены в зеленый цвет, на других машинах использовали пятнистый камуфляж, на некоторых – сетчатый и т.д. Иногда Хиномару обводили белой каймой, кок и лопасти пропеллера и дальше оставались цвета неокрашенного алюминия.
Летом 1943 года официально ввели новую схему окраски самолетов Императорского ВМФ. Следует заметить, что официальный приказ только закрепил схему, которую начали использовать значительно раньше, еще с весны 1942 года. Новый камуфляж был следующим: верхние и боковые поверхности фюзеляжа, а также верхние поверхности крыльев и хвостового оперения – темно-зеленый (UN Green: Мицубиси – FS *4092, Накадзима – FS *4058), нижние поверхности – светло-серые (UN Gray), кожух двигателя – черный. Передние кромки крыльев от фюзеляжа до середины длины – апельсиново-желтая узкая идентификационная полоска (эту полоску официально ввели несколько раньше остального камуфляжа). На некоторых A6M полосы были светло-серого цвета, ее часто дорисовывали на самолетах, несущих полевой камуфляж. Хиномару официально получил белую кайму шириной 75 мм. Кок и обе поверхносги винта – красно-коричневые (FS *0166 – эта краска также использовалась для защиты внутренних поверхностей самолета), однако попадались темно- зеленые и неокрашенные коки и винты.
В 1945 году от желтых идентификационных полос отказались (хотя их продолжали наносить на новые самолеты, а на старых самолетах не закрашивали), равно как и от белой каймы на Хиномару, которую наоборот в полевых условиях часто замазывали темно-зеленой или любой другой доступной краской темного цвета. В 1944-1945 годах уже не уделяли столько внимания качеству окраски самолетов, часто даже не использовали защитной краски, поэтому случалось, что в части поступали самолеты с неокрашенными нижними поверхностями фюзеляжа и крыльев.
Различия в окраске самолетов A6M, выпущенных фирмами Мицубиси и Накадзима
A6M2. выпускавшиеся Накадзимой. кроме мелких технических отличий можно было определить по белому ободку вокруг Хиномару на фюзеляже. Накадзима наносила белый ободок начиная с первого выпущенного самолета. Поскольку Накадзима выпускала A6M2 до поздней осени 1943 года, затем сразу перейдя на A6M5. большое количество A6M2 поздних выпусков носило официальный темно-зеленый/светло-серый камуфляж.
Новый камуфляж, применявшийся Накадзимой. также имел особенности. По- другому выполнялся цвегопереход между темно-зеленой и светло-серой краской, а окантовка Хиномару была более узкой, чем это предписывали правила (не 75 мм, а только 30 мм). Апельсиново-желтые полосы на передней кромке крыльев имели ту же длину, что и у истребителей, выпускаемых Мицубиси, но были уже. По-другому располагалась заводская маркировка, находившаяся в задней части фюзеляжа. Кроме того, краски применявшиеся обеими фирмами на протяжении всей войны имели несколько различные оттенки.
Черный кожух двигателя Многие источники утверждают, что черный кожух двигателя на самом деле имел заметный синеватый или сероватый оттенок. Вероятно, этот оттенок появлялся в результате выцветания краски. Снова можно говорить о различии заводских окрасок: кожух самолетов от Накадзимы был более темным и синий оттенок был более насыщенным, чем у кожуха самолетов, построенных Мицубиси. Так утверждают большинство источников. Однако есть и такие, что говорят прямо противоположное. Есть сведения, что начиная с A6M3. Мицубиси стала применять черную краску более светлого оттенка.