В марте 1943 года сформировали 934- й кокутай, который прибыл на остров Амбон вместе с гидросамолетами A6M2- N. В конце апреля его перебазировали на аэродром Таберфан (острова Ару), где японцам пришлось вести постоянные бои с английскими самолетами «Beaufighter» из 31-го дивизиона RAAF, «Hudson» из 2-го и 13-го дивизионов RAAF. голландскими В-25 из 18-го (NE1) дивизиона и В- 24 из 319-го дивизиона USAAF. Первую победу японцы одержали 25 апреля, когда унтер-офицер 3-го класса Хиденори Мацунага сбил «Бьюфайтер» из 31-го дивизиона RAAF. На следующий день японцы сбили еще один «Бьюфайтер». 6 мая англичане нанесли ответный удар, когда дна «Бьюфайтера» уничтожили на воде семь гидропланов, в том числе четыре A6M2-N. Японским зенитчикам удалось сбить один английский самолет. На следующий день англичане повторили налет, па этот раз п нем участвовало пять «Гудзонов». 2 A6M2-N перехватили англичан и записали на свой счет два сбитых самолета. 24 июля 3 A6M2-N перехватили 8 «Бьюфайтеров» и сбили одного (по японским данным двух). 17 августа англичане сбили первый A6M2-N, который пилотировал рядовой Осаму Ёза. 21 августа 6 «Бьюфайтеров» снова атаковали японскую базу и сбили самолет унтер-офицера 3-го класса Тою Инохана, который попытался подняться в воздух. Сам Инохана умер от полученных ран. 31 августа японцы сбили один «Бьюфайтер». 21 ноября 1943 года 2 A6M2-N перехватили шесть «Бьюфайтеров», сопровождавших бомбардировщики В-25. Обе стороны потеряли по одному истребителю. В тот же день японцы атаковали семь В-24, бомбардирующих остров Ару. Сообщалось, что потеряв один гидроплан уоррент-офицера Т.Кавагучи (пилот погиб), японцы серьезно повредили один американский бомбардировщик. 10 декабря 934-й кокутай покинул аэродром Таберфан и перелетел на базу в Маноквари в западной части Новой Гвинеи. Новой задачей кокутая была защита строившегося там аэродрома. 21 декабря два A6M2-N перехватили группу В-24, бомбардировавших недостроенный аэродром и рапортовали об одном сбитом и двух поврежденных самолетах противника. 12 января шесть A6M2-N атаковали еще одну группу В-24 и сообщили о повреждении трех бомбовозов. Позднее 934-й кокутай переоснастили более современными гидропланами N1К1 «Кёфу».
30 марта самолеты с американских авианосцев нанесли массированный удар по Перелью. Несмотря на численное превосходство американцев, японские истребители из 201-го. 261-го, 263-го и 501-го кокутаев бросились отражать атаку. Пилоты 201-го кокутая докладывали о победе над 17 истребителями F6F Hellcat, потеряв при этом 9 самолетов сбитыми. 9 поврежденными и 2 разбившимися при вынужденной посадке. 251-й кокутай был здорово помят, потеряв 20 из 23 истребителей. поднявшихся в воздух и 8 машин на земле. Пилоты кокутая сообщили о 18 сбитых самолетах противника. Из 12 истребителей 501-го кокутая на базу не вернулось пять, в том числе самолет командира группы, капитана Томодзиро Ямагучи. Пилоты этого кокутая записали на свои счет четыре самолета противника. 263-й кокутай в этот день имел 25 боеспособных «Зеро». Потеряв 15 самолетов в воздухе и три на земле, летчики этого кокутая смогли сбить только 5 американских машин.
В конце мая 1944 года 202-й кокутай (командир – майор Хидеки Синго) был переброшен на остров Халмахера. В то время часть насчитывала в своем составе 50 истребителей. На новом месте кокутаю пришлось участовать в тяжелых боях за Биак, и до 10 июня численность кокутая сократилась на 21 машину. Оставшиеся 16 боеспособных самолета 17 июня перебазировали на Пелелью, откуда они участвовали в операции «А-ro». В боях за Биак участвовал и 343-й кокутай, который также понес значительные потери.