Однако эмир Абдуррахман-хан, используя деньги англичан, поселил старейшин Мухаммадзаев в Кабуле и наделил их статусом «шарик-аль-давлат», то есть партнеров государства. Вместо того чтобы назначать их губернаторами и сборщиками налогов, которые могли бы бросить вызов правителю, он обучал их и платил им за службу в администрации. На полученные от британцев субсидии он создал большую армию, что позволило ему лучше контролировать территорию. Помощь со стороны Великобритании не вызвала враждебной реакции со стороны русских, потому что Великобритания и Россия достигли соглашения, закрепленного в англо-российской конвенции 1907 г., которая обеспечивала взаимоприемлемый режим существования пограничных районов Британской и Российской империй. Согласно условиям этого соглашения, Афганистан становился частью британской зоны влияния, но не находился под прямым британским контролем, и там не должны были присутствовать британские войска.
Это соглашение было связано с двумя двусторонними пактами, заключенными эмирами Якуб-ханом и Абдуррахман-ханом с Британской Индией, а именно Гандамакским договором 1879 г. и Соглашением Дюранда 1893 г. В соответствии с договором Кабул передавал Британской Индии большую часть территории к востоку от Кабула, которой он управлял ранее. Эмир Якуб-хан согласился не иметь никаких отношений с иностранными государствами без согласия британского правительства, уступив контроль над внешними связями страны. Британское правительство пообещало, что «его агенты никогда и никоим образом не будут вмешиваться во внутреннее управление владениями Его Высочества». Афганистан никогда не находился под прямым управлением европейской колониальной державы, но он потерял свой международный суверенитет.
Соглашение Дюранда официально закрепило «линию Дюранда», границу, за пределами которой эмир Афганистана и британцы договорились воздерживаться от взаимодействия. Она носит имя сэра Мортимера Дюранда, британского чиновника, который демаркировал ее вместе с представителями эмира. После раздела британских владений и обретения независимости Индией и Пакистаном в 1947 г. Кабул заявил, что не признает эту линию в качестве законной международной границы с Пакистаном.
Эмир Абдуррахман-хан изменил способ управления Афганистаном: с племенной монархии с военно-феодальной администрацией он перешел к династической абсолютной монархии, возглавляемой централизованной администрацией. Он также попытался централизовать судебную власть и институт улемов (мусульманских ученых в области религии и права), хотя и с меньшим успехом. Он создал первую в Афганистане службу внутренней разведки «Наиб Котвал», которая накрыла элиту страны сетью информаторов.
Абдуррахман подавил более сорока восстаний, четыре из которых он охарактеризовал как гражданские войны. Он часто выносил смертные приговоры. Он включил в состав страны новые регионы, племена и этнические группы, женившись на дочерях их лидеров лично или отдав соответствующих невест замуж за членов своей семьи. Он принял к своему двору сыновей и дочерей подчинившихся ему лидеров, создав общенациональную политическую элиту, скрепленную родством с королевской семьей.
Он сделал Мухаммадзаев своими партнерами в государстве, не делегируя власть их лидерам, а предлагая им высокие должности в государстве, которое он контролировал лично. Когда он завоевал хазарейцев, то, объявив их немусульманами, проявил к ним особую жестокость. Тысячи людей были убиты или обращены в рабство. Однако когда он завоевал Нуристан, то, как только языческое население этой территории приняло ислам, он проявил к нему снисходительность и включил отдельных нуристанских лидеров в элиту страны.
Все это государственное насилие привело к «стабилизации» страны. Уровень убийств (не совершаемых властью) снизился. Эмир умер в своей постели в 1901 г., оставив не оспариваемый никем трон своему сыну Хабибулле.
Эмир Хабибулла унаследовал владения, которые были в значительной степени покорны, в связи с чем у него не было необходимости применять, подобно своему отцу, насилие. Он продолжил практику интеграции элит в государственную машину посредством политических браков – у него было более ста жен и наложниц. Однако Первая мировая война, революция в России и растущее движение за независимость Индии накалили обстановку.