Афганские правители в союзе с имперскими державами создали эту централизованную структуру для обеспечения контроля над территорией и населением, хотя она совершенно не приспособлена для управления такой территорией и предоставления услуг разнообразному и рассеянному по стране населению. Эта структура предназначалась для всеохватного наблюдения и обеспечения способности к принуждению, чтобы предотвратить проникновение на территорию страны врагов или создание на этой территории опорных пунктов мятежников. Она отвечала потребностям британских и всех последующих международных гегемонов, поскольку позволяла им преследовать свои интересы в области безопасности посредством построения отношений с единым центром и лишало конкурентов возможности обеспечивать подрывную деятельность, используя субнациональные подразделения.
Для более эффективного предоставления услуг государству потребуется принять некоторые меры по передаче или децентрализации власти, чтобы обеспечить ее определенную подотчетность местному населению, которому оно предоставляет услуги в области безопасности, образования, здравоохранения и так далее. Однако по мере того, как местные администрации становятся более автономными, они также легче поддаются захвату независимыми лицами, обладающими властью, а иногда вступающими в союз с иностранными государствами.
Правление и управление всегда осуществлялись светскими элитами, однако легитимность правителя зависела от его личного благочестия и соблюдения исламских законов. Придя к власти силой, правители стремились к легитимности, создавая шариатские суды, строя мечети, поддерживая медресе и покровительствуя духовным (суфийским) лидерам.
В девятнадцатом веке правители Мухаммадзаи, сменившие Саддозаев империи Дуррани, добавили к обязанностям правителя ведение (оборонительного) джихада (борьбы). В 1836 г. эмир Дост Мухаммад-хан сражался против базирующейся в Пенджабе сикхской империи махараджи Ранджита Сингха, который захватил Пешавар, зимнюю столицу Дуррани. Британская Ост-Индская компания, базирующаяся в Калькутте, еще не расширила свою территорию на северо-запад от Дели. Когда Дост Мухаммад отвоевал Пешавар у сикхов, он сменил свой титул короля (падишаха) на титул «эмир аль-муминин» («повелитель правоверных»), обозначив свою роль лидера джихада в защите мусульманской территории. Чтобы подтвердить свою исламскую роль, он надел «Плащ Пророка», одежду, которую, как говорят, носил пророк Мухаммед. Ахмад-шах Дуррани привез плащ из Бухары в Кандагар, где построил в центре города Святилище Плаща
Правители Мухаммадзаи, последовавшие за Дост Мухаммад-ханом, продолжали использовать титул эмира, который был подтвержден в двух англо-афганских войнах. Эмир Абдуррахман-хан, уладивший конфликт с англичанами в конце Второй англоафганской войны, изображал себя лидером джихада, поддерживающим независимость Афганистана от иностранных держав. Он учредил по всей стране шариатские суды и пытался регулировать их, издав письменные руководства о том, как они должны функционировать. Тому же была посвящена ранняя научная статья президента Афганистана Ашрафа Гани. Подобные руководства были призваны снизить автономию улемов и сделать судебную власть частью государственной.
Эмир пытался получить контроль над муллами (исламскими проповедниками), которые усилили свою власть во время анти-британского сопротивления, точно так же, как они сделали это позже в ходе антисоветского сопротивления. Абдуррахман-хан в своей автобиографии много раз упоминает о проблемах, вызванных невежественными муллами, которые не раз объявляли джихад своей властью. Он пытался выстроить систему права ханафитской школы, согласно которой джихад мог объявить только законный мусульманский правитель.
В 1928 г. муллы и исламские ученые объявили джихад против внука Абдуррахман-хана, Амануллы-хана, и свергли его. Затем был короткий период правления таджикского эмира Хабибуллы Калакани. Следующая династия, Мусахибан, использовала для кооптации улемов более мягкий подход. Поскольку ее представители были обеспокоены тем, что улемы обучаются под иностранным влиянием за границей, они создали факультет шариата в Кабульском университете, побратиме университета Аль-Азхар в Египте. В то время Аль-Азхар был известен как обитель исламских модернистов, таких как шейх Мухаммад Абдух, живший в конце XIX в., дух которых монархия надеялась привить афганским улемам. Однако вместо этого вернувшиеся из Египта студенты стали представителями идеологии «Братьев-мусульман».