Едва пакистанская делегация успела вернуться в аэропорт, как началось восстание, потеснившее талибов. Какие бы обещания ни давали Малику ISI и талибы, он ожидал, что фактическим правителем севера, заменившим Дустума, признают его. Вместо этого победители приступили к расширению полномочий Исламского эмирата. Талибы ходили от дома к дому, собирая оружие, как делали это в других местах. Малик не согласовал свою сделку с «Хизб-и вахдат», главной партией хазарейцев в Мазари-Шарифе, где ее возглавлял Мухаммад Мухаккик. Вместо того чтобы сдать оружие, хазарейцы подняли восстание против новой власти. Недовольный Малик вскоре присоединился к ним и разгромил талибов. Было убито около полутора тысяч взятых в плен боевиков «Талибана». Тела казненных разбросали в пустыне Дашт-и-Лайли. Талибы потребовали расследования ООН, однако Верховный комиссар ООН по правам человека, в конце концов, не стал его проводить.
В течение всего следующего года талибы укрепляли свои позиции в Герате и продвигались ближе к Мазари-Шарифу. Командиры «Хизб-и ислами», в основном принадлежащие к общинам пуштунов-поселенцев на севере, присоединились к талибам. Дустум вернулся на северо-запад Афганистана, и его войска также выдвинулись против Малика. В августе 1998 г. талибы быстро захватили не только Мазари-Шариф, но и Бамиан, и остальную часть Хазараджата. В Мазари-Шарифе они дали своим войскам разрешение на месть в течение нескольких дней, и число убитых, в основном хазарейцев, исчислялось тысячами. Многие погибли и в Бамиане, где местные таджики встали на сторону своих собратьев-суннитов из движения «Талибан», воюющих против шиитов-хазарейцев, которые ранее сожгли их дома при очередной смене власти. Поскольку различные части Хазараджата по нескольку раз переходили из рук в руки, талибы применяли там репрессии, в том числе хорошо документированные пытки, а также массовые убийства. Так в мае 2000 г. в Якавланге погибли по меньшей мере триста хазарейцев. Талибы еще больше расширили свой контроль, захватив штаб-квартиру Масуда в Талукане в сентябре 2000 г., вынудив Масуда отступить в Бадахшан и Таджикистан и изолировав Панджшер.
В октябре 1996 г., менее чем через месяц после захвата Кабула талибами, группы, потерявшие этот город, вновь встретились на севере Афганистана. При поддержке России и Ирана они сформировали альянс под названием Верховный совет по защите родины. Однако эта организация была почти чисто символической. В северных районах имелись четыре основных административных и политических центра: Мазари-Шариф, который некоторые хотели сделать временной столицей правительства Исламского Государства Афганистан, но который вместо этого стал ареной конфликтов между «Вахдатом», «Джамиатом» Дустума и движением «Джунбиш», а также межфракционной войны в «Джунбише»; Тахар, где находилась штаб-квартира Масуда; Шиберган в провинции Саманган, где разместил свою штаб-квартиру Дустум; и Бамиан, штаб-квартира сформированной партией «Хезб-и вахдат» администрации Хазараджата.
В июне 1997 г., через месяц после временного освобождения Мазари-Шарифа от талибов, Высший совет обороны был преобразован в Национальный исламский объединенный фронт спасения Афганистана (UF). Эта политическая группировка, обычно называемая (ошибочно) «Северный альянс», поддерживала Исламское Государство Афганистан (ИГА), которое продолжало занимать место Афганистана в ООН. В объединенный фронт входили «Джамиат», «Джунбиш», основная фракция «Хезб-и вахдат», шиитская партия «Харакат-и ислами», которая представляла скорее сайидов, чем хазарейцев, «Иттихад-и ислами» Сайяфа и остатки разогнанной джела лаб адской шуры.
Объединенный фронт должен был выступить в качестве механизма политической поддержки нового правительства, которое будет базироваться в Мазари-Шарифе, однако в августе 1997 года попытка создания такого правительства потерпела серьезную неудачу, когда самолет, на борту которого находились сорок лидеров Объединенного фронта, и в том числе Абдул Рахим Гаффурзай, назначенный премьер-министром, разбился. Все пассажиры погибли. Гаффурзай, представитель клана Мухаммадзаев, имевший обширный опыт в международных делах, придал бы этому альянсу национальный имидж и усилил его присутствие на международной арене. После него Объединенный фронт так и не смог договориться о кандидате на пост премьер-министра.