Взрывы посольств США в Африке привели к тому, что администрация Клинтона выпустила крылатые ракеты по тренировочным лагерям на востоке Афганистана и по фармацевтической фабрике в Судане, ошибочно принятой за завод по производству химического оружия. Эти теракты также заставили администрацию Клинтона осознать опасность, исходящую от организации, возглавляемой Усамой бен Ладеном. Результатом полученных разведданных стала серия все более ужесточавшихся санкций, введенных в отношении талибов. В 1999 г. санкции против контролируемого талибами Афганистана ввел и Совет Безопасности ООН. Также США начали сотрудничество с Масудом в области разведки против общего врага.
«Талибан» был фактически транснациональной организацией, продолжающей традицию многогранных связей, существовавших между афганскими пуштунами и пакистанским обществом, связей, которые еще более упрочились после 1978 г. По крайней мере, до изменения официальной политики Пакистана после 11 сентября 2001 г. в военную структуру талибов входили пакистанские офицеры. Процесс принятия решений талибами включал регулярные консультации с пакистанскими религиозными лидерами-деобандистами. Международные контакты талибов зависели от доступа к внешнему миру через Исламабад. Большое значение также имели консультации с Пакистаном и получение от него материально-технической помощи. Вооруженные силы «Талибана» набирали рекрутов из пакистанских медресе, студенты которых, оценочно, составляли 20–30 % от общего числа бойцов. Экстремистские пакистанские организации деобандистов («Сипах-и сахаба», «Лашкар-и джангви», «Харакат-уль-Муджахидин») имели базы в районах, находящихся под контролем талибов.
Источником экономических ресурсов талибов были сети, связанные с пуштунской диаспорой в Карачи и Дубае, а также с пакистанской администрацией в ФАТА, Северо-Западной пограничной провинции (ныне Хайбер-Пахтунхва) и Белуджистане. Пакистанская рупия использовалась в качестве валюты в районах, находящихся под контролем талибов, настолько широко, что банковские власти Пакистана начали изучать влияние этой практики на пакистанскую экономику. Интеграция пакистанских элементов в движение «Талибан» на всех уровнях была не просто результатом политики правительства и военных Пакистана. Пакистанское государство использовало транснациональные связи или реагировало на их давление – в зависимости от изменений в социальных и политических структурах региона.
Гражданская война с ее транснациональными связями поддерживалась ростом региональной военной экономики, включающей в себя контрабанду потребительских товаров, а также торговлю наркотиками и драгоценными камнями. Данная экономическая деятельность предоставляла воюющим сторонам ресурсы и укрепляла их связи с социальными группами, получавшими от нее прибыль. Как это бывает везде, военная экономика укрепляла заинтересованность в стимулировании социальных связей, которые поддерживали конфликт.
Безопасность, обеспечиваемая талибами, соответствовала экономическим потребностям. До их прихода к власти хищничество полевых командиров заставляло торговцев нести большие расходы, блокировало доступ Пакистана в Центральную Азию и препятствовало укреплению исламского или любого другого порядка. Таким образом, талибов поддерживала коалиция пакистанских властей, афганских и пакистанских торговцев и ультраконсервативных афганских и пакистанских религиозных лидеров. Контроль талибов, установленный к 1998 г. почти над всеми дорогами страны, а также городами, аэропортами и таможенными постами, резко снизил стоимость и риск перевозок и укрепил позиции Афганистана как центра региональной военной экономики.