Согласно конституции президент должен набрать на выборах большинство поданных голосов, признанных действительными. Если этого не сделает ни один кандидат, правительство должно провести второй тур выборов с участием двух лидеров, набравших наибольшее число голосов. Эта система препятствует избранию слабого президента, против которого выступает большинство голосующих. Однако мажоритарный принцип, не разбавленный никакими требованиями к региональному или этническому представительству, фактически гарантирует, что на любых президентских выборах, где двумя основными получателями голосов являются пуштуны и таджики, главный вопрос заключается в том, составляют ли пуштуны большинство населения страны. Спорные президентские выборы в 2009 и 2014 гг. свелись к пререканиям о том, сколько голосов из пуштунских районов следует квалифицировать как мошеннические. Аналогичные проблемы возникли при определении результатов президентских выборов 2019 г. – но в совершенно иной форме, из-за использования биометрической идентификации избирателей, связанной с избирательными бюллетенями.
Для выборов в нижнюю палату парламента и советы провинций закон о выборах ввел систему Единого непередаваемого голоса (SNTV). Отсутствие точных данных о населении страны не позволило составить одномандатные округа с равной численностью голосующих. Альтернативой были многомандатные округа, и все согласились использовать в качестве единицы провинцию. Причина использования в провинциях SNTV, а не системы пропорционального представительства заключалась в том, что многие афганцы, и в частности президент Карзай, враждебно относятся к политическим партиям. Понятие «партия» в Афганистане ассоциируется с не признающей никаких правил вооруженной группировкой.
Каждая провинция получала в парламенте определенное количество мест пропорционально проживающей в ней предполагаемой доле населения страны. Кандидаты могли баллотироваться как независимые или имеющие партийную принадлежность, но эта принадлежность обозначалась только для их идентификации и не влияла на голосование, подсчет голосов или результат выборов. В каждом бюллетене перечислялись все кандидаты провинции, как общим списком, так и отдельным списком кандидатов-женщин. Каждый избиратель голосовал за одного общего кандидата и за одну женщину (например, если имеется N мест, то избираются N-2 общих кандидата с наибольшим числом голосов, а также две женщины-кандидата с наибольшим количеством голосов).
Президент Карзай и другие лидеры поддержали SNTV, систему, которая не используется ни в одной крупной стране и дает порочные результаты из-за ее ориентации на отдельных кандидатов, а не на партии. Эта система не предоставляет кандидатам никаких стимулов для сотрудничества. Она порождает законодателей-индивидуалистов без партийной дисциплины, которыми исполнительная власть может относительно легко манипулировать.
Хамид Карзай победил на первых президентских выборах в сентябре 2004 года, набрав 55,4 % голосов. Основными противоборствующими кандидатами были полевые командиры ⁄ политики от каждой из трех основных непуштунских этнических групп: Кануни (таджик), Дустум (узбек) и Мухаккик (хазареец). В преддверии выборов посол США Залмай Халилзад возглавил усилия по смещению Исмаил-хана с поста губернатора Герата, чтобы центральное правительство могло контролировать голосование в этой густонаселенной провинции.
После голосования проигравшие кандидаты опротестовали результат, и нет никаких сомнений в том, что при подсчете было учтено много голосов, поданных либо на племенной основе, либо обманным путем, но все-таки конфликт не обострился. Все знали, что при явной поддержке Соединенных Штатов президент Карзай все равно победит.
После избрания Карзай при международной поддержке сместил Фахима с поста министра обороны и заменил его генералом Абдулом Рахимом Вардаком, пуштунским профессиональным военным, прошедшим при Дауд-хане подготовку в Индии и США. Он служил командиром в группе сопротивления Пира Гайлани. Далее Карзай установил этнический баланс среди руководителей сил безопасности. Министрами обороны и внутренних дел всегда были один таджик и один пуштун, но представители этих народностей никогда не контролировали одно из этих министерств полностью. Не менее важно и то, что Карзай не назначил Ашрафа Гани министром финансов или на какой-либо другой правительственный пост, назначив его ректором Кабульского университета. Вскоре Гани подал в отставку и приготовился баллотироваться в президенты.