Чрезвычайная Лойя Джирга созывается в течение шести месяцев с момента создания Временного органа. Чрезвычайную Лойя Джиргу откроет Его Величество Мухаммед Захир, бывший король Афганистана. Чрезвычайная Лойя Джирга примет решение о создании Переходного органа, включающего переходную администрацию, образованную на широкой основе, для руководства Афганистаном до тех пор, пока не будет избрано репрезентативное правительство путем свободных и справедливых выборов.
Чрезвычайная Лойя Джирга должна была «принять решение о создании Переходного органа» путем избрания главы государства и утверждения предложений по структуре и персоналу администрации (кабинета министров). В отличие от временного органа, администрация должна была иметь «широкую основу». Управление на широкой основе становилось еще одним шагом перехода к «полностью репрезентативному правительству». В соглашении указывалось, что у Чрезвычайной Лойя Джирги будут иметься механизмы для представления «оседлого и кочевого населения», афганских беженцев, гражданского общества, ученых, торговцев, интеллектуалов и «значительного числа женщин».
Основным поводом для напряженности вокруг «непредставительного» характера временного органа был контроль над силами безопасности, осуществляемый представителями SCN из Пандж-шера. Многие понимали, что основной способ, с помощью которого Чрезвычайная Лойя Джирга создаст правительство на широкой основе, будет заключаться в сокращении преобладания панджшерцев в силах безопасности.
Возвращение Захир-шаха из его двадцатидевятилетнего изгнания в Риме сразу после навруза 1381 г., то есть в марте 2002 г. по грегорианскому календарю, породило предположения о восстановлении монархии и прекращении господства северян в Кабуле. Вспоминали, как в 1929 г. их изгнал из столицы его отец. Роль, которую Захир-шах сыграл в открытии Лойя Джирги, явилась причиной ожиданий, особенно среди пуштунских делегатов, что он сможет занять официальную должность, восстановив старый порядок, по крайней мере символически. Фахим решительно выступал против любой реставрации, и после переговоров с Захир-шахом Халилзад объявил, что бывший монарх не заинтересован в официальной должности, но поддерживает кандидатуру Хамида Карзая на пост президента.
Чрезвычайная Лойя Джирга вошла в историю как первое за последние десятилетия представительное национальное собрание, но не оправдала возлагавшихся на нее ожиданий. Присутствие МССБ в Кабуле позволило афганцам выражать различные мнения, правда, не без некоторого риска подвергнуться запугиванию, как случилось, например, накануне собрания, когда военные и разведывательные службы Фахима забрали контроль над обеспечением безопасности этого собрания у МССБ, что явилось явным нарушением Приложения I Боннского соглашения.
Согласно правилам, разработанным под наблюдением ООН Независимой комиссией по созыву Чрезвычайной Лойя Джирги, лидеры вооруженных группировок не могли участвовать в ее заседаниях. Тем не менее главные военачальники и командиры, которые не были избраны делегатами, заняли зарезервированные места в первом ряду. Они доминировали на собрании, настаивали на изменении названия государства на Переходное Исламское Государство Афганистан и требовали официального статуса «моджахедов». Талибы или лица, подозреваемые в принадлежности к талибам, не могли участвовать в собрании, не рискуя быть арестованными и задержанными. Следовательно, в направлении национального примирения и расширения состава правительства Чрезвычайная Лойя Джирга добилась лишь ограниченного прогресса. Вопреки ожиданиям, она укрепила позиции полевых командиров и подтвердила исключение талибов из общественной жизни. Некоторые утверждают, что этот результат способствовал росту возглавляемого последними повстанческого движения.
Делегаты без особых споров избрали Хамида Карзая председателем (президентом). После двух недель секретных переговоров Карзай представил список членов правительства. Кануни ушел с поста министра внутренних дел и был заменен маловлиятельным пуштуном из Вардака. Кануни стал министром образования. Фахим остался на прежнем месте. Министром финансов Карзай сделал Ашрафа Гани, бывшего высокопоставленного чиновника Всемирного банка. Гани превратил этот пост во влиятельную должность.
Боннское соглашение предусматривало: