Под давлением США в конституции не использовалось слово «шариат», но в Статье 3 применялись другие формулировки, гарантирующие, что управление осуществляется согласно исламскому праву. В соответствующем пункте о «неприятии» говорится, что «В Афганистане ни один закон не может противоречить убеждениям и положениям священной религии ислама». Это было значительно сильнее аналогичного места в конституции 1964 г., в которой говорилось: «Не должно допускаться ни одного закона, противоречащего основным принципам священной религии ислама и другим ценностям, воплощенным в этой Конституции». В конституции 1964 г. король был назван хранителем «основных принципов священной религии ислама». Однако в новой конституции полномочиями по судебному пересмотру законов и исполнительных действий, включая проверку того, соответствуют ли они Статье 3, обладал Верховный суд. Исламисты выступали за отдельный «Конституционный суд», который, по их словам, будет функционировать подобно Совету экспертов в Иране, но в редакции NSC это положение из проекта конституции было исключено. Конституционная Лойя Джирга вставила в него статью о создании Комиссии по применению Конституции, но у той были только совещательные, а не юридически обязывающие полномочия. Созданная после многих лет промедления, она оказалась бессильной.
Конституция учредила двухпалатный парламент, существовавший и в рамках конституции 1964 г., но предоставила президенту широкие законодательные полномочия в области исполнительной власти, осуществляемые путем издания президентских указов. Парламент получил право расследовать деятельность отдельных министров путем «интерпеллирования» (подачи запросов) и вынесения решений о ее неодобрении, но не получил полномочий выражать, как в парламентских системах, недоверие правительству в целом. Конституция предусматривала выборные провинциальные и районные советы, которые обладали скорее консультативными, чем законодательными полномочиями. Правительство сформировало провинциальные советы, но не смогло провести выборы на районном уровне.
Конституция сохранила афганскую традицию определения Лойя Джирги как высшего института государственной власти. Однако это больше не было собрание племен. Конституция 2004 г. последовала за своей предшественницей 1964 г., определив Лойя Джиргу как орган, состоящий из обеих палат парламента, представителей провинциальных и районных советов, членов правительства и представителей различных социальных групп, таких как женщины, исламские и светские ученые. Лойя Джирга имеет право вносить поправки в конституцию и вводить чрезвычайные меры.
Многие из этих положений были спорными, и проигравшие чувствовали, что результат протаскивался президентом Карзаем и его иностранными покровителями в США и ООН. Как показали последовавшие выборы, многие из основных вопросов, касающихся структуры и легитимности афганского государства, так и не были решены.
Конституция предусматривала прямые выборы президента республики на основе всеобщего избирательного права для взрослых каждые пять лет, выборы Волеси Джирги (нижней палаты парламента) каждые пять лет, выборы провинциальных советов каждые четыре года, выборы районных советов каждые три года и выборы муниципальных советов на сроки и с интервалами, которые будут впоследствии определены законом. Президентские выборы в стране состоялись в 2004, 2009, 2014 и 2019 гг., парламентские выборы в 2005, 2010 и 2018 гг. и выборы в провинциальные советы в 2005, 2009 и 2014 гг. Отсутствие конституционно избранных районных советов означало, что верхняя палата парламента (Сенат ⁄ Мешрано Джирга), как и Лойя Джирга, не могли быть сформированы конституционным образом.
Конституция требует, чтобы Афганистан провел больше выборов, чем он может на деле. Каждые выборы зависят от иностранной помощи и полученного опыта. Выборы намного дешевле в Индии, где их проводит государственная гражданская служба, но отсутствие в Афганистане хорошо функционирующей местной администрации на большей части территории страны означает, что для проведения выборов каждый раз требуется создание специального общенационального административного органа. Для обеспечения избирательных участков материалами для голосования поначалу требовалась материально-техническая помощь со стороны международных вооруженных сил. Избирательная комиссия, учрежденная конституцией, не может свободно назначать выборы, как того требует закон: сначала необходимо поступление достаточного финансирования, в основном получаемого за счет иностранной помощи, а ее невозможно обеспечить в соответствии с конституционным графиком.