Началом научной археологии в Афинах можно считать 1447 год, когда в городе появился некий Кириак из Анконы, который первым «ввел мир афинских развалин в область западной науки». Ученый потратил много лет на составление каталога надписей и местных названий памятников, но все документы погибли в турецкие времена. Современные историки знакомы с работой Кириака по пересказам позднейших авторов: «С течением времени первоначальное название большинства античных памятников афинских, от которых во многих случаях оставались одни развалины, было забыто. Фантазия любителей древности постаралась связать их с именами выдающихся мужей прошлого».
В археологических трудах начала XV века руины храма Зевса Олимпийского именовались то базиликой, то дворцом Адриана. Средневековые авторы помещали Лицей Аристотеля в развалинах театра Дионисия, в стое Аттала виделся дворец Перикла, в стенах Одеона Герода Аттика – жилище афинского полководца Мильтиада, Башня ветров именовалась гробницей Сократа, другие полуразрушенные строения – домами Солона, Фукидида, Алкмеона. Памятник Лисикрата ошибочно считался монументом прославленного оратора и долго фигурировал в хрониках под названием «фонарь Демосфена».
Благословенные франкские времена закончились в 1453 году. С падением Византийской империи и приходом турок Афины в очередной раз погрузились во мрак неизвестности. Историки той поры ставили перед собой трудные задачи и пытались их решать, но, наблюдая полное разрушение, ограничивались короткими заметками в хрониках. Именно так поступил известный немецкий гуманист, отметивший, что «Запад совершенно примирился с падением Греции и почти забыл ее. Город Афины когда-то был центром Аттики, а теперь от него остались немногие следы».
В XVI веке потребность науки иметь точные сведения о судьбе греческой столицы нашла выражение в странном вопросе: «Существует ли город вообще?». Поиском ответа на него занимался, в частности, немецкий историк Мартин Краус, обессмертивший свое имя… открытием Афин. В 1573 году он обратился к константинопольскому патриарху с письмом, спросив, «правда ли, что город Афины, хранилище античной мудрости, исчез с лица земли, а на его месте осталась только пара рыбацких хижин?». Ответ просвещенного византийца стал первым точным свидетельством, успокоившим немецкого ученого и вместе с ним всю европейскую общественность. Несколько страниц текста проливали свет на состояние древних памятников, указывая на жалкое существование города и крайнюю убогость его населения.
В следующем веке голландский историк Жан де Мэра документально опроверг предрассудок о гибели Афин. Немного позже представители монашеских орденов иезуитов и капуцинов составили первые планы города, таким образом заложив основу непрерывного, истинно научного изучения наследия Афин.
Единственным источником информации о положении города в конце XVIII века служит неподписанная рукопись, найденная в одном из афинских домов. Подтверждая рассказы иностранцев, местный хронист свидетельствует о трагедии народа, испытавшего немало бед в пору правления турецкого наместника Хасеке. Господствуя в Афинах более 20 лет, он превратил город в свою вотчину, незаконно отбирал имущество, облагал горожан непосильными налогами, бросая в тюрьму и предавая казни даже за мелкие провинности, а часто и без таковых. Еще хуже была политическая обстановка; разделившись на группировки, горожане враждовали друг с другом, поддерживая старейшин, воеводу либо епископа. Слабевшая партия отправляла в Константинополь посланцев с обвинениями против администрации. Иностранные державы считали своим долгом вмешиваться в афинские дела, поддерживая ту или иную сторону через своих дипломатов.
В греческой хронике описан случай с епископом Афанасием, в 1789 году восстановленным на кафедре после ссылки «по предписанию и под влиянием иностранного сановника», потратившего много сил на борьбу с православным священником. «Афанасий был глубоко сведущ в греческом, – записано в документе, – кроме того, что знал и турецкий язык. Прославив себя красноречием, он говорил без подготовки, читая проповеди выразительно, завораживая красивым, поставленным голосом». Впоследствии патриарха снова сместили, а приказ о его низложении доставил в Афины телохранитель английского посла.
В «Истории Афин во время османского правления» рассказывается о епископе Григории, принявшем афинскую епархию зимой 1800 года. В отличие от предшественника он стал гонителем просвещенной части местного общества. Все его усилия были направлены на уничтожение «Общества друзей наук и искусств», стремившегося к созданию школ и охране памятников. По свидетельству современников, Григорий «говорил как турок, считая ученых и художников порождением зла».