Столь же немногочисленны данные о положении Греции на рубеже тысячелетий: «Ни история, ни легенды не нарушают безмолвия, окутавшего бытие достославного города. Молчание хронистов настолько непроницаемо, что те, кто исследовал следы жизни Афин в упомянутые столетия, радовался, словно открытию, ничтожным фактам, относительно посещения города учеником Иисуса Христа». Судьба многих афинских памятников осталась тайной. Никто не знает, какой языческий храм первым превратился в христианскую церковь, но можно предположить, что это был Парфенон. Вероятно, именно его имел в виду византийский летописец, утверждая, что «афиняне построили красивую церковь, водрузив на ней образ Богоматери, нареченный Атенайя (Афина)». Водруженная на место Афины Парфенос статуя Девы Марии, безусловно, не походила на знаменитое произведение Фидия. С того же времени в здании Эрехтейона действовал второй католический храм, почему-то называвшийся вновь построенным.
Согласно византийским хроникам, «новая религия обратила на свои потребности храм античной богини на Акрополе, нисколько не повредив зданию. В истории преобразования античных святынь не найдется примера столь легкого замещения, какое постигло Афину Палладу, преображенную в Деву Марию. Афинскому народу не потребовалось менять прозвище своей божественной покровительницы, ибо христианская богиня тоже именовалась Parthenos».
Средневековые историки нередко задавали себе риторический вопрос: «Куда исчезли классические греки с их мудростью и новаторскими идеями?». Судя по официальным документам, византийские владыки не были гонителями, поскольку не старались уничтожить искусство, не преследовали науку и даже новую веру не пытались вводить насильно. Наверное, закрытие знаменитых академий произошло самой собой, поскольку в тяжелых условиях медленно исчезала классическая мысль, а вместе с ней уходил в прошлое былой потенциал Афин. Короткий расцвет эллинистической идеи произошел в XV веке, когда при дворе Иоанна Палеолога находился фанатичный поклонник языческих богов Георгий Гемист Плифон (Плетон). Выдающийся византийский философ-гуманист именовал себя «воскресшим эллином». Призывая греков к единению против завоевателей, он, однако, не пошел дальше литературы и красивых речей, хотя косвенно повлиял на возрождение идеи платонизма в Западной Европе. Его трактат «О различии между Аристотелем и Платоном» вызвал интерес итальянских ученых к философии Платона и даже вдохновил Козимо Медичи на создание платоновской Академии во Флоренции.
Авторы хронологии Скалигера выдвинули теорию о слиянии греческой цивилизации с культурой аварославян. Действительно, в XII–XIII веках в летописях часто встречались славянские названия рек, возвышенностей и городов Греции: Волгаста, Горицы, Границы, Кривицы, Глоховы, Подагоры.
В пору Крестовых походов Афины ненадолго приобрели значение культурного центра. Известно, что в полуразрушенном городе жили англичане, постигавшие философию у местных мудрецов. Войсками крестоносцев командовала высшая знать Европы, то есть люди, казалось, образованные и разбиравшиеся в искусстве. На самом деле латинские завоеватели почти не отличались от варваров и не менее жестоко обращались с античным наследием. Некоторые писатели ставили в заслугу европейцам создание новой истории Афин, хотя и оговаривались, что преобразования выражались всего лишь учреждением феодальных государств, значение которых оценивалось негативно.
Средневековые поэты сравнивали венецианцев с аргонавтами, «бороздившими греческие моря в поисках приключений». Если верить редким описаниям, то в истории латинской Греции были времена, когда сказки превращались в быль. Примерно так произошло и с княжеским двором Готфрида II Вилльгардуэна, где приветствовались самые утонченные нравы. Поселившиеся в языческих храмах крестоносцы вели блестящую рыцарскую жизнь. Ранее в священной сосновой роще проходили игры Посейдона, а рыцари устраивали там скачки, ломая копья в честь прекрасных дам. Все же нельзя не отметить, что пребывание европейской аристократии в Афинах дало толчок расцвету литературы и искусства. Кроме того, мирные сражения генуэзских и венецианских купцов способствовали развитию торговли.
Франкские правители оставляли на своих зданиях короткие тексты на греческом языке. Воздействие природы и времени сильно затруднило разбор этих надписей. Более того, почти не дополнив историю средневековых Афин, они внесли путаницу в архитектурные понятия. Христианская эра в Греции началась лишь в 1600 году: именно в это время хронологические даты начали представляться в новом порядке, хотя и арабскими цифрами. «В отличие от древнего Рима высеченная на камне летопись мертвецов в Афинах совершенно отсутствует, – писал один из европейских историков. – От прошлого великих Афин, не считая жалких развалин, остались редкие надгробные камни, несколько саркофагов без статуй и непонятные надписи».