Понять значение, принадлежавшее изучению природы в учебной программе Славяно-греко-латинской академии, можно, ознакомившись сперва с тем, как было поставлено преподавание философии в иезуитских учебных заведениях. В XVII веке типичный курс философии в иезуитской коллегии начинался с логики, затем переходил к физике и завершался метафизикой. Или, точнее, первый год курса философии включал логику и вводные уроки физики. На второй год студенты знакомились с восемью книгами Аристотеля по физике, его космологией и первой книгой его труда «О возникновении». Третий, последний год начинался с изучения второй книги этого труда, за которой следовала психология, затем – нравственная философия и, наконец, метафизика. Учителя-иезуиты обычно делили раздел физики на две части. Первая, называвшаяся physica generalis (общая физика), была посвящена изучению De naturali auscultatione Аристотеля, то есть его восьми книгам по физике. Ее цель состояла в том, чтобы ознакомить студентов с элементарными представлениями о физическом мире и изложить общие принципы, касающиеся природы и свойств движущихся тел. Вторая часть, которая называлась physica particularis (специальная физика), сводилась к изучению конкретных аспектов мироздания, рассматриваемых Аристотелем в отдельных трактатах, таких как De caelo («О небесах»), De generatione et corruptione («О возникновении и уничтожении») и De anima («О душе»). Курс философии завершался рассмотрением этических и метафизических вопросов, опять же на основе соответствующих трудов Аристотеля.
На уроках логики учителя-иезуиты обычно сперва обращались к специально подготовленным вводным учебникам и/или подробным комментариям к отдельным вопросам, касавшимся искусства рассуждения, прежде чем переходить к более углубленному изучению конкретных частей «Органона» Аристотеля561
. С другой стороны, на занятиях физикой преподаватели, помимо своих собственных учебников и комментариев, более широко обращались к оригинальным аристотелевским текстам. Иезуитская учебная программа (Ratio Studiorum) строго предписывала порядок преподавания курса философии и продолжительность его частей, как и других курсов. Впрочем, на практике учителя приспосабливались к местным обстоятельствам и нуждам, как и (по крайней мере в некоторых случаях) к своим личным предпочтениям, особенно в том, что касается «специальной физики». Тем не менее оставалась неизменной общая структура курса в целом: от общего к частному, от произведений Аристотеля по логике к его восьми книгам по физике, а затем к подробному изучению его отдельных трактатов, посвященных тем или иным аспектам устройства мира562.В том, что касается Славяно-греко-латинской академии, дошедшие до нас источники, относящиеся к периоду преподавания в ней Лихудов, не содержат подробных сведений о взаимном соотношении различных частей курса философии. Тем не менее все свидетельства указывают на то, что Иоанникий и Софроний, разъясняя тонкости науки о верных суждениях и мироустройстве, в целом применяли тот же подход к преподаванию, какой практиковался и в иезуитских коллегиях. Они, несомненно, начинали с логики как введения в искусство умозрительного мышления563
. Бесспорно и то, что далее оба брата переходили к собственно натуральной философии. Соответственно, они начинали с комментариев к De naturali auscultatione Аристотеля, а затем преподавали отдельные части «специальной физики», хотя какие именно, не вполне ясно. Далее следует попытка реконструировать читавшийся в академии курс «специальной физики», исходящая из соответствующих текстов, содержащихся в рукописях, которые были написаны Лихудами или были им доступны в годы их работы в академии.