Обе державы обязывались соблюдать благожелательный нейтралитет в случае войны одной из них с третьей державой. Но это правило не касалось войны против Австрии или Франции. Германия не гарантировала свой нейтралитет при нападении России на Австрию, а Россия — в случае нападения Германии на Францию. Германия признавала права, приобретённые Россией по Берлинскому трактату на Балканском полуострове. Обе стороны обязывались сохранять статус-кво на Балканах. Союзники признавали прежний принцип закрытия проливов Босфор и Дарданеллы для военных судов всех наций. Кроме того, по приложенному к договору секретному протоколу Берлин обязался соблюдать благожелательный нейтралитет и оказывать моральную и дипломатическую поддержку России, если бы та оказалась вынужденной «принять на себя защиту входа в Чёрное море» в целях ограждения своих интересов, а также ни в коем случае не давать согласия на реставрацию на болгарском троне принца Баттенбергского. Этот протокол Бисмарк предлагал «спрятать под двойное дно», т. е. хранить в особой тайне. Отсюда встречающееся название «перестраховочного договора», как договора с «двойным дном». К слову сказать, соглашение 1887 г. не улучшило русско-германских отношений. Берлину не удалось перехитрить Россию и добиться от неё обязательства сохранить безусловный нейтралитет в случае войны с Францией. Петербург оставил за собой право быть арбитром франко-германских разногласий. Немецкая и русская пресса продолжали вести друг против друга недобрую, ожесточённую кампанию. Ухудшались русско-германские экономические отношения. Прусское юнкерство всеми фибрами сопротивлялось ввозу русского хлеба, а русские промышленники — ввозу немецких индустриальных товаров. Последовало одно за другим взаимное повышение таможенных пошлин. Введённые Германией в 1885 и 1887 гг. новые повышенные ставки на сельскохозяйственные товары, вызвали недовольство русских помещиков. 12 (24) мая 1887 г. петербургский кабинет обнародовал указ о запрещении иностранным подданным владеть недвижимостью в западных губерниях России. Им возбранялось также занимать должности управляющих имениями. Меры эти в основном были направлены против немцев.
Кроме того, Россия приняла новые протекционистские тарифы, по которым ввела высокие пошлины на железо, сталь и металлические зарубежные изделия, на уголь и кокс, что привело к сокращению немецких товаров на русском рынке. Вслед за этим Бисмарк закрыл доступ русским биржевикам на немецкий денежный рынок. Узнав, что двери берлинских банков перед ним закрыты, царское правительство обратилось к французским денежным магнатам. Это ускорило сближение русского капитала и французской биржи. На горизонте европейской политики стали вырисовываться первые контуры будущего франко-русского союза.