6 февраля 1960 года постановлением Совета министров СССР с поста председателя Совета по делам Русской православной церкви был смещен Г. Г. Карпов, а на его место назначен В. А. Куроедов. Новый председатель провел первое заседание членов Совета только 23 февраля. Оно продолжилось и на следующий день, 24 февраля. Стенограмма красноречиво отражает совершенно иную, чем при Карпове, атмосферу работы Совета. Новые задачи, новые подходы к их решению, новые установки и методы работы – все свидетельствовало о готовности председателя реализовать указания свыше и исправить «ошибки» прежнего руководства. Обращает на себя и тональность принятых формулировок («вызовем тех епископов, где больше нарушений законодательства, тех, кто больше сопротивляется»), и масштаб намечаемых мероприятий по реализации партийного постановления («речь должна идти о больших мероприятиях на длительный период времени»).
Совет разработал обширный план «больших мероприятий». В числе их были подготовка проекта инструкции по применению законов и постановлений правительства СССР, касающихся религиозных культов; подготовка «соответствующих изменений в законодательство о религиозных культах и в Положение о Русской православной церкви»; предложения в ЦК КПСС «по вопросу сокращения духовных семинарий»; и т. д. и т. п.
В апреле 1960 года было проведено всесоюзное совещание уполномоченных. Весь доклад В. А. Куроедова был посвящен нарушениям духовенством законодательства о культах. К ним были отнесены: благотворительная деятельность церкви, строительство и покупка домов и приобретение автотранспорта духовенством и общинами, отправление религиозных треб на дому, единовластие священника в общине – словом, все то, что в 1940-е и первую половину 1950-х годов было разрешено особыми постановлениями и распоряжениями правительства и что было естественным для нормальной деятельности православных общин и обеспечивало религиозные потребности верующих граждан. Досталось и прежнему руководству Совета, которое обвинялось в «попустительстве церковникам». Самым наглядным свидетельством жизнедеятельности Русской православной церкви являлось большое, с точки зрения власти, количество храмов и молитвенных домов. Председатель Совета Куроедов, выступая перед уполномоченными, сетовал: «…у нас в ряде областей и республик имеется слишком большая сеть церковных учреждений, не вызываемая никакой практической надобностью». Для «борьбы с излишками» Совет запланировал следующие меры:
а) закрытие незарегистрированных храмов;
б) сокращение числа так называемых «затухающих» приходов, не имеющих постоянного священника и в силу этого не проявляющих особой религиозной активности;
в) сокращение сети «приписных» церквей, то есть обслуживаемых наезжающим священником;
г) объединение приходов, расположенных на небольшом расстоянии друг от друга.
Первая встреча В. А. Куроедова с патриархом Алексием состоялась 11 марта 1960 года. На ней церковному руководству было рекомендовано «принять решительные меры к устранению нарушений духовенством законодательства о культах и недопущению этих нарушений в дальнейшем». Патриарх соглашается, и 22 марта Синод принимает постановление «Об укреплении церковной дисциплины в епархиях, благочиниях и приходах». По этому же вопросу в апреле – мае 1960 года в Совет были приглашены 13 архиереев, которые, с точки зрения Совета, допускали наибольшее число нарушений законодательства о религиозных культах. С остальными поручено было уполномоченным провести «воспитательную работу» в рамках инструктивного письма Совета «О порядке и характере проведения бесед с правящими архиереями и благочинными по фактам нарушений духовенством советских законов».
Некоторые архиереи соглашались с наличием нарушений законодательства о культах со стороны духовенства и сами под тяжким давлением власти принимали меры к ограничению деятельности церковных общин и монастырей. Однако отдельные архиереи «усиление контроля» расценивали как вмешательство в церковные дела. В отношении них началась работа с целью «пресечения дальнейшей деятельности». Архиепископы Ташкентский Ермоген (Голубев), Львовский Палладий (Каминский) «по рекомендации Совета» были отстранены от управления епархиями; был арестован и приговорен к трем годам тюрьмы по весьма сомнительному обвинению в «неуплате налогов» архиепископ Казанский Иов (Кресович); за столь же бездоказательные обвинения в «растрате церковных денег» арестован и осужден на восемь лет архиепископ Черниговский Андрей (Сухенко).
В мае 1960 года, не отставая от общей линии, рапортовал в Москву о своей работе по «ограничению деятельности церкви» и уполномоченный по Крымской области А. Гуськов:
«…Выполняя постановления ЦК КПСС и ЦК КП Украины “О ликвидации нарушений духовенством советского законодательства о культах”, мной были проведены с архиепископом Лукой три беседы. В беседах я широко использовал местные факты нарушений советского законодательства по культам по Крымской епархии как правящим епископом, так и священнослужителями.