В начале 1947 года владыка писал сыну о своей медицинской практике: «Мои доклады в Хирургическом обществе и на двух съездах врачей имели огромный успех. В Обществе все вставали, когда я входил. Это, конечно, многим не нравилось. Началась обструкция. Мне ясно дали понять, что докладов в своем архиерейском виде я больше делать не должен».
В ответ Лука заявил, что если собрание считает для себя оскорбительным присутствие архиепископа, то архиерей считает ниже своего достоинства выступать в таком собрании. В итоге его перестали приглашать, и владыка совсем покинул Хирургическое общество. Кстати, как свидетельствовал Г. Г. Карпов, имелось и официальное письменное, заверенное тогдашним министром высшего образования С. В. Кафтановым заключение о запрещении Луке чтения лекций в архиерейском облачении. Об этом Г. Г. Карпов известил крымского уполномоченного: «Совет по делам Русской православной церкви при Совете Министров СССР ставит Вас в известность о том, что министры здравоохранения и высшего образования СССР, товарищи Смирнов и Кафтанов, не считают возможным разрешать архиепископу Луке читать лекции и доклады по вопросам медицины в архиерейской одежде. Сообщая об этом, Совет предлагает Вам проследить за тем, как на это будет реагировать Лука, и информировать Совет».
Архиепископ-хирург нашел способ продолжить врачебную практику. На дверях его квартиры было вывешено объявление, что хозяин квартиры, профессор медицины, ведет бесплатный прием ежедневно, кроме праздничных и предпраздничных дней. К нему стекалось большое количество больных, которых врачи признавали безнадежными, и многие из них потом с благодарностью вспоминали своего исцелителя.
Возвращая людям здоровье и жизнь, сам владыка Лука также нуждался во врачебной помощи. Еще в Тамбове его здоровый глаз видел всё хуже. Осенью 1947 года архиепископу пришлось поехать на обследование в Одессу к академику В. П. Филатову, с которым он был дружен. Знаменитый окулист долго осматривал владыку и заверил, что до слепоты еще далеко. И действительно, четыре года спустя Лука все еще мог, хотя и с трудом, читать и писать. Но, будучи максималистом, владыка осознавал, что в силу своего физического состояния он уже не может в равной мере совмещать хирургию и церковное служение. В письме сыну он признает: «Хирургия несовместима с архиерейским служением, так как и то, и другое требует всего человека, всей энергии, всего времени, и Патриарх пишет, что мне надо оставить хирургию».
Отвергнутый медицинским сообществом Крыма, Лука в своих научных изысканиях был предоставлен сам себе, он мог действовать как ученый-одиночка. Владыка одновременно писал несколько книг. Он обращается к захватившей его теме «наука и религия», а от Медгиза поступило предложение о переиздании книги «Очерки гнойной хирургии». Готовил он новое издание своей диссертации «Регионарная анестезия». По-прежнему продолжал читать специальные журналы: «Советская медицина», «Вестник хирургии» и новейшие издания по хирургии.
Весной 1952 года владыка приехал в Москву, но его мало кто видел в патриарших и синодальных приемных. Пару месяцев, как всегда, с утра до вечера, архиепископ просиживал в научных библиотеках, работая с новейшей иностранной медицинской литературой. Правда, Лука сделал одно исключение из своего библиотечного затворничества – он участвовал 9 мая в работе Конференции всех церквей и религиозных объединений в СССР, посвященной вопросу защиты мира и проходившей в Загорске.
По возвращении в Крым Лука очень скоро столкнулся с медицинскими проблемами. Его здоровый глаз не выдержал нагрузки, и зрение стало падать буквально по неделям: исчезло ощущение цвета, предметы обратились в тени. Теперь на приеме профессору приходилось спрашивать у секретаря, какого цвета у больного опухоль, как выглядят кожные и слизистые покровы. В конце концов владыка вынужденно отказался и от приема больных, и от работы над книгами.
Осенью 1952 года профессор Филатов предложил срочно провести предварительную операцию – иридоэктомию. Владыка не согласился, поскольку боялся, что у него, как у диабетика, операция может привести к нагноению. Предвосхищая худшее, архиепископ стал учиться передвигаться по комнате ощупью, так же он подписывал бумаги, подготовленные секретарями.
31 мая 1953 года исполнилось 50 лет врачебной и научной деятельности архиепископа Луки. Хотя это и не нашло (да и не могло найти по тем временам) широкого отражения в публичном пространстве, все же в адрес юбиляра поступило несколько весьма знаковых поздравлений. Так министр здравоохранения А. Ф. Третьяков в поздравительном письме тепло отмечал:
«Работники медицинской науки хорошо знают Вас как одного из выдающихся деятелей советской медицины, создателя большого отмеченного Сталинской премией научного труда по важным вопросам хирургии.