В тот же день состоялись выборы первого состава Священного синода. К трем постоянным членам: митрополиты Алексий (Симанский) и Николай (Ярушевич), архиепископ Горьковский Сергий (Гришин), добавились три временных: архиепископы Красноярский Лука (Войно-Ясенецкий), Куйбышевский Алексий (Палицын) и Ярославский Иоанн (Соколов).
Собор принял и несколько общественно значимых документов. Среди них Декларация (Обращение) с осуждением изменников вере и Отечеству. В ней отмечалось, что «среди духовенства и мирян находятся такие, которые, позабыв страх Божий, дерзают на общей беде строить свое благополучие: встречают немцев как желанных гостей, устраиваются к ним на службу и иногда доходят до прямого предательства, выдавая врагу своих собратий, например, партизан и других, жертвующих собою за Родину». Все таковые «изменники христианскому делу и предатели Церкви» не только осуждались, но и «как противники Креста Господня» отлучались от церкви и лишались сана.
В Обращении «Ко всем христианам мира», участники Собора призвали «дружно, братски, крепко и мощно объединиться во имя Христа для окончательной победы над общим врагом».
В Обращении к советскому правительству высказана была благодарность за предоставление возможности провести Собор и высказана уверенность, что церковь и далее продолжит свое участие в «общенародном подвиге за спасение Родины».
Под этими документами стояли подписи всех участников Архиерейского собора, в том числе и подпись архиепископа Красноярского Луки (Войно-Ясенецкого). Он в полной мере разделял все их положения. Можно уверенно утверждать, что представления Луки о жизни Русской православной церкви в Советском Союзе и за его пределами, о зверствах и издевательствах фашистов в отношении православной веры, о сложном процессе строительства новых отношений с советским государством, о патриотическом служении православной паствы в тяжкие годы войны самым существенным образом расширились, ибо что-то малое он знал, о чем-то мог догадываться, но об огромном массиве информации он не мог и предполагать!
Завершающим деянием Собора в эти сентябрьские дни 1943 года стала интронизация (возведение на престол) новоизбранного патриарха Русской церкви в Богоявленском кафедральном соборе. Провидчески она пришлась на день памяти святого князя Александра Невского, покровителя Земли Русской.
Встреченный всем Собором епископов (был среди них и архиепископ Лука) и представителями московского духовенства и паствы патриарх Сергий, приложившись к кресту, поднесенному кафедральным протоиереем, взошел на кафедру посередине храма. Протоиерей Колчицкий огласил Деяние Собора об избрании митрополита Сергия и присвоении ему звания Святейшего патриарха Московского и всея Руси. Весь сонм духовенства, а за ним и вся полная народу церковь провозгласили троекратное «Аксиос!». Митрополит Киевский Николай поднес патриарху куколь, тот возложил его на себя. Вслед за этим митрополит Ленинградский Алексий поднес святейшему патриарший жезл.
Затем последовали выступления маститых иерархов. Из их речей зримо предстал жизненный путь патриарха – выдающегося богослова и церковного деятеля. Особенно выделялась его деятельность во времена «раздора и разброда в церкви» в 1920—1930-е годы, заслуги его как «церковного кормчего» в период местоблюстительства.
В день интронизации Сергий обратился к пастве со своим первым патриаршим посланием. Извещая верующих о «восприятии патриаршего сана», Сергий призвал их «трудиться над очищением церковной ограды от всяких нестроений», устроять церковную жизнь по церковным правилам, охранять православную веру, всемерно участвовать в общецерковном подвиге противостояния захватчикам.
Сохранились, пусть и немногие, документальные свидетельства об участии архиепископа Луки в мероприятиях периода Архиерейского собора.
На первом заседании Священного синода было рассмотрено заявление архиепископа Луки о необходимости принятия мер к устранению вкравшихся в богослужебный и бытовой строй жизни и деятельности духовенства уклонений от нормы по местам (сокращение чина богослужения, недостаточное учительство, случаи побора и др.), а также о желательности снабжения духовенства апологетической литературой. Действительно, это было очень важно, и эти проблемы затронул патриарх Сергий в первом своем послании к духовенству.
В одном из своих писем Лука писал детям: «Две мои статьи переданы Всеславянским комитетом по радио в “Нью-Йорк Таймс”. Во время заседания Собора для выбора Патриарха и вчера во время торжественного богослужения нас без конца фотографировали, были члены дипломатического корпуса. Я состою членом Синода, и сегодня было первое заседание… В Чрезвычайной государственной комиссии зашел разговор обо мне, и акад[емик] Тарле сказал, что московские хирурги считают меня крупнейшим хирургом СССР. На Соборе я тоже был на первом месте после двух митрополитов».